Еще одно направление в научной деятельности Я. М. Магазинера – международное частное морское право. В 1940 г. он защитил докторскую диссертацию на тему «Договор морской перевозки в капиталистических странах», а в дальнейшем опубликовал по этой тематике серию статей.
Многие годы Я. М. Магазинер преподавал правовые дисциплины (теорию государства и права, государственное право, международное частное право и др.) в высших учебных заведениях Петрограда – Ленинграда: в Психоневрологическом институте (1911–1919), Государственном университете (1918–1970), Институте народного хозяйства (1930–1931), Восточном институте (1925–1937), Торговом институте (1933–1936), Институте внешней торговли (1935–1938), Ленинградском юридическом институте (1936–1941), Инженерно-экономическом институте (1938–1941). В некоторых из них он заведовал правовыми кафедрами, был деканом.
В трагические для всей страны 30-е годы прошлого века и на долю Я. М. Магазинера выпали тяжкие испытания. Один из юридических журналов в адрес раннего российского социал-демократа упоминает зловещее «этот контрреволюционер Магазинер». Некоторое время он был в заключении.
В 1941–1944 гг. Я. М. Магазинер работал в Свердловском юридическом институте. В 1944 г. он награжден за заслуги в подготовке специалистов орденом «Знак Почета». В 1944–1949 гг. – заведовал кафедрой государственного права ЛГУ. В 1949 г. по обычным в то время идеологическим обвинениям («большие пробелы в знании основ ленинизма», «в читаемых лекционных курсах обнаружил методологическую неподготовленность, допустил отдельные политические ошибки, аполитичность, догматизм» и т. п.) был освобожден от заведования кафедрой, а затем и уволен. Незадолго до этого, в 1948 г., упоминавшуюся выше работу «Общее учение о государстве» по указанию Главлита изъяли из библиотек. Однако благодаря помощи сочувствующих ему коллег Я. М. Магазинер до конца своей жизни не порывал связей с юридическим факультетом ЛГУ, работая, когда была возможность, на почасовой основе. Он был популярным лектором. Некоторые из его учеников стали на стезю науки и достигли выдающихся успехов. Так, в свое время в ответ на наш вопрос к Олимпиаду Соломоновичу Иоффе, кого он считает своим учителем, были названы два имени, в том числе – Яков Миронович Магазинер.
Заметное место в жизни Я. М. Магазинера занимала также практическая работа. В 1918–1937 гг. он работал на юрисконсультских должностях в Волховстрое, «Аркосе», «Экспортлесе» и т. д. В 1956–1959 гг., будучи уже в преклонном возрасте, руководил сектором морского права ЦНИИ морского флота (Ленинград). К тому времени им было опубликовано свыше 60 научных работ.
Я. М. Магазинер скоропостижно скончался 27 апреля 1961 г. Но спустя годы после его смерти судьба сделала многозначительный жест в отношении выдающегося ученого, подтвердив, что рукописи действительно, по крайней мере иногда, не горят.
В 1987 г. в ходе подготовки нами для журнала «Правоведение» мемориальной статьи «К 115-летию Якова Мироновича Магазинера», мы обнаружили в архивных материалах упоминания о завершенной Я. М. Магазинером рукописи книги, называемой двояким образом – «Общая теория права на основе советского законодательства» и «Элементы права на основе советского законодательства». В результате предпринятых поисков выяснилось, что таковая машинописная рукопись с некоторой собственноручной правкой автора, датированная апрелем 1925 г., сохранилась у дочери Я. М. Магазинера – Нины Яковлевны Дьяконовой.