От официальных комментариев в «Русснефти» воздержались, лишь подтвердив факт предъявления обвинения. Неофициально же близкие к Гуцериеву источники связывали уголовное дело с политическими проектами президента «Русснефти» на Кавказе. Они утверждали, что после «общения на самом верху» все эти проекты были свернуты. Именно после этого Генпрокуратура передала дело в СК, где его переквалифицировали с части 2-й статьи 199 УК («уклонение от уплаты налогов с организации путем включения в бухгалтерские документы заведомо искаженных данных о доходах», санкция до шести лет заключения) на менее тяжкую статью УК, максимальное наказание по которой ограничивается пятью годами.
В «Русснефти» конфликт с Кремлем считали давно исчерпанным, объясняя происходившее инерцией правоохранительных органов. Рынок, впрочем, это объяснение не удовлетворило, и на следующий день котировки облигаций «Русснефти» рухнули более чем на 20 %, до 65 % от номинала. Оптимисты, впрочем, считали, что судьба «ЮКОСа» «Русснефти» еще не грозит, особенно в случае ее перехода под контроль какой-либо госкомпании, например «Роснефти» или «Газпрома» (в чем принципиальное отличие такого сценария от перехода того же «Юганскнефтегаза» под контроль «Роснефти», они не объясняли). Но даже оптимисты заговорили о скорой смене собственника «Русснефти». Экономическая составляющая вопроса на время взяла верх над политической.
Впрочем, обе эти составляющие переплелись в деле «Русснефти» настолько тесно, что разделять их уже не имело особого смысла. Гуцериеву припоминали все новые провинности – истинные или мнимые. Прошел слух о том, что в марте 2007 года он отказался продать «Русснефть» госструктурам, назвав якобы предложенную ему цену в $1 млрд смешной (сам он оценивал свою компанию раз в десять дороже; эксперты в оценках расходились, называя цифры в пределах от $5–6 до $11 млрд). В совокупности все «прегрешения» бизнесмена выглядели совершенно недопустимой фрондой, которую необходимо пресечь. Не только из педагогических, но и из фискальных соображений: в конце концов, сам же Гуцериев в свое время сказал, что на месте Михаила Ходорковского «заплатил бы государству столько, сколько оно бы попросило, и даже еще от себя бы добавил, чтобы спокойно работать».
Летом 2007 года налоговики, видимо, решили припомнить Михаилу Гуцериеву это высказывание. 14 июня Арбитражный суд Москвы провел заседание по делу о взыскании с ОАО «НК «Русснефть» свыше 3,5 млрд руб. В конце 2006 года Федеральная налоговая служба (ФНС) провела проверку и 16 января 2007 года вынесла решение о начислении «Русснефти» около 3 млрд руб. претензий по налогу на прибыль и НДС. Компания попыталась обжаловать это решение в суде, и ФНС предъявила ей встречный иск о взыскании дополнительных 500 млн руб. штрафов, увеличив тем самым размер претензий.
Суть претензий налоговиков вкратце сводилась к следующему. «Русснефть», контролировавшая добывающие компании, покупала у них нефть не напрямую, а через нефтетрейдеров, завышавших цены. Эту цену «Русснефть» относила впоследствии на расходы, занижая базу по налогу на прибыль, а также завышая вычеты по НДС. Прибыль трейдеров исчислялась миллиардами рублей и была сопоставима с прибылью самой «Русснефти». Впоследствии прибыль попадала в том числе в офшорные компании, которые покупали доли участия в компаниях-трейдерах за 10 тыс. руб. Это позволило налоговикам утверждать в суде, что «система пропуска нефти позволяла выводить прибыль в офшор».
Представители «Русснефти» в суде заявили, что трейдеры уже уплатили налоги с полученной прибыли и удовлетворение претензий к головной компании приведет к двойному налогообложению. ФНС настаивала на том, что участие трейдеров не было направлено на получение доходов, поэтому относить завышенную цену на себестоимость компания не вправе.
Схему покупки нефти своих добывающих компаний через нефтетрейдеров в разное время использовали ОАО «Сибнефть» и НК «ЮКОС». Налоговое дело «Русснефти» весьма походило на налоговое дело «ЮКОСа». Однако использовавшаяся в «ЮКОСе» налоговая схема строилась на том, что центры прибыли находились в зонах со льготным налогообложением. Главной ее целью было стремление вывести активы из России, вероятнее всего, с целью их защиты. Схема же «Русснефти» была ориентирована на уменьшение налогов у головной компании за счет их переноса на незначимые структуры, в чем эксперты усматривали признаки защиты от рейдерства. При этом использование региональных посредников позволяло «Русснефти» одновременно занижать налоги.