Организационное оформление экуменического движения завершилось в первые послевоенные годы. В августе- сентябре 1948 г., в Амстердаме представители 47 церквей из 44 стран мира приняли решение об официальном создании Всемирного совет церквей (ВСЦ) со штаб-квартирой в Женеве. Участники движения не стали рассматривать новый Совет как сверхцерковь, но заявили, что его целью является поиск объединения, а главными задачами - содействовать росту экуменического сознания среди членов отдельных церквей, созывать всемирные конференции и проводить общие собрания каждые пять лет. Места в собраниях распределялись следующим образом: 110 - для церквей континентальной Европы, 90 - для церквей США и Канады, 85 - для всех Православных церквей, 60 - для церквей Великобритании и Ирландии, 50 - для церквей Азии, Африки и Латинской Америки. Одна треть должна была быть представлена мирянами. Во главе Совета встали пять сопредседателей (архиепископ Кентерберийский Космо Ланг, д-р Джон Мотт, д-р Марк Бэгнер, президент Федерации протестантских церквей Франции, митрополит Фиатирский Германос) и генеральный секретарь голландец д-р Виссерт Хуфт.
Вступить в движение тогда же было предложено и Русской православной церкви, которая отнеслась к этому отрицательно, дав оценку экуменизма на проходившем в июле 1948 г. Совещании глав и представителей автокефальных православных церквей, посвященном 500-летию провозглашения автокефалии РПЦ. Позиция церкви, высказанная в докладе протоиерея Григория Разумовского и в выступлении архиепископа Серафима (Соболева), сводилась к тому, что ВСЦ, являясь псевдорелигиозной организацией, ставит своей целью "создание сверхнациональной экуменической церкви для приобретения международного влияния на мирскую, в частности - экономическую жизнь народов". То есть речь шла о создании новой псевдоцеркви, которая заменила бы собой Церковь Христову и стала влиятельной международной силой для духовного овладения миром. Как подчеркивал Разумовский, "в нашем понимании политической современности экуменическая церковь хочет стать ни более ни менее как общественным органом, параллельным ООН... Совсем недавно "Экуменический Совет" утвердил положение о своем представительстве в ООН". Для утверждения нового подхода в широкий обиход стали вводить новые понятия и термины - "мир без границ", "защита прав человека", "единое экономическое пространство" и др.
Давая оценку происходящему объединительному процессу, Разумовский заключил: "Намереваясь устроить экуменическую церковь, мы вправе спросить себя: какие плоды она даст и какие признаки готовности их... Скажем прямо, экуменическая церковь может быть корпоративно единой и по внешнему устроению - вселенской, но Святой и Апостольской она не будет. Нам не по пути с такой церковью". В соответствии с этим в докладе был сделан вывод, что Русская православная церковь не может согласиться на участие в экуменическом движении в той его установке, какая имеет место после 1937 г. и теперь, так как убеждается
1) в коренном противоречии экуменических доводов учению Православной церкви в деле понимания высших целей Христианской Церкви;
2) в необеспеченности дела (догматического и вероучительного) соединения церквей путем и средствами движения;
3) в близком сродстве экуменической деятельности с другими современными нам не-церковными, политическими, иногда - тайными международными движениями. Наша Церковь не хочет, не может и не должна быть под влиянием не-церковных организаций. Мы будем оберегать свою духовную свободу, как неоценимое сокровище". Эти положения и легли в основу резолюции "Экуменическое движение и Православная Церковь", изложившей мнение всех присутствовавших на Соборе поместных церквей.
Однако со временем под давлением политических обстоятельств позиция Православных поместных церквей изменилась. В 1954 г. Константинопольский патриарх Афина гор, известный своими про экуменическими взглядами, издал энциклику, которая призывала главы всех поместных
Православных церквей присоединиться к ВСЕ для решения "глобальных проблем современности", и уже в 1955 го. Константинопольская патриархия посылает своих представителей в Женеву. В 1959 го. Центральный комитет ВСЕ организует на Родосе встречу с представителями всех Православных церквей, а с 1961 го. православные экуменизм созывают ряд конференций в целях реализации экуменических идей.