С экспансией нацистской Германии Св. Престол связывал большие надежды на осуществление окатоличивания восточных славян и восстановление своих позиций на западной территории Советской России. Св. Престол открыто поддерживал профашистские режимы, установленные в Восточной Европе, особое покровительство оказывая уставам и Ане Преувеличу, главе Независимого Государства Хорватии, созданного в апреле 1941 го. и находящегося под жестким контролем немецких и итальянских властей. НИХ рассматривалось Кием XII как "великий авангард христианства на Балканах", а о Павелецкие папа отзывался как о "хорошем католике и хорошем человеке". В свою очередь Павелецкий в отправленном папе письме заявил, что именно понтифику принадлежит честь создания Независимого Государства Хорватии.
Между тем, устраши во главе с Павелецким, прозванным "хорватским Гитлером", установили один из самых жестоких террористических режимов тех лет, который несет ответственность за массовые уничтожения сербов, евреев и цыган. Истинная информация о геноциде тщательно скрывалась и скрывается до сих пор, однако по данным сербских историков и по признанию бывшего министра внутренних дел НИХ А. Артемовича, сделанного им в ходе Загребского процесса 1986 го., только в концлагере Ясенцов было уничтожено около 700 тысяч человек. Этот террор осуществлялся по благословению Сия XII и архиепископа Загребского Алогизма Степенна, главы католической церкви в Хорватии, удостоенного высшей награды установкой диктатуры - ордена "Велеречие", и поддерживался подавляющей частью католического духовенства, выступавшего в качестве его вдохновителя. Особенно отличались при этом братья-францисканцы, о деятельности которых доверенное лицо Сия XII, эксперт по Балканам кардинал Жен Диссертант поведал представителю правительства Павелецкий в Ватикане: "Мне известно, что францисканцы, например отец Сими из Клина, участвовали в акциях против православного населения, во время которых даже разрушались церкви, как это случилось в Баня-Луке. Мне известно, что действия францисканцев были омерзительны, и это меня огорчает".
Свои расчеты были у Ватикана в отношении Советского Союза. По замыслам понтифика, католические миссии должны были направляться в Россию вслед за вермахтом, чтобы внедрять священников в контролируемые им зоны. Как заявил все тот же фон Папе в ходе допроса в Нюрнберге в октябре 1945 го., "четвероевангелия Советского Союза была задумана в Ватикане и осуществлялась либо через его миссионерский отдел, либо через его секретные службы".
Разведывательные службы Св. Престола были (и остаются до сих пор) представлены двумя структурами - Священным Альянсом (АС) и департаментом папской контрразведки Modality Pianism ("Стипендия Сия" - SP). Священный Альянс был создан еще в 1566 го. по приказанию папы Сия V, а Modality Pianism - в 1909 го. при Пизе X. И хотя Ватикан никогда не признавал существования АС и службы контрразведки, с момента своего основания эти неформальные отделения действовали параллельно с политическими органами, преследуя общие с ними цели, но используя иные методы. По признанию некоторых исследователей, они представляют собой одну из лучших и самых эффективных спецслужб в мире.
Именно АС воплощал в жизнь схему особой агентурной операции на советской территории под названием "План Диссертанта", заключавшейся в вербовке священников для сопровождения немецких частей, сражавшихся на Восточном фронте, и сбора информации на предмет восстановления католицизма. Операция эта, однако, не имела особого успеха, поскольку не соответствовала немецким планам германизации восточных областей России, за реализацию которых отвечал Альфред Гейзенберг.
Полностью одобряя действия Германии и ее сателлитов, папа, вместе с тем, не забывал и о другом, атлантическом направлении своей политики. На протяжении всей войны он поддерживал неофициальные дипломатические отношения с США, большую роль в которых играли его личные связи с президентом Фе. Рузвельтом. Еще будучи госсекретарем Ватикана, Пий XII пользовался определенным влиянием в США, куда он был послан Св. Престолом в 1936 го., имея возможность объехать всю страну. Это была вообще первая поездка такого рода в истории Ватикана. Здесь он получил докторскую степень от трех университетов, встретился с президентом Рузвельтом, договорившись о восстановлении представительства США при Св. Престоле (а оно существовало до 1867 г.), общался с крупными промышленниками и банкирами, гостил у президента "Юнайтед Стейтс стил" М. Тейлора, рыцаря Мальтийского ордена, назначенного в начале войны личным представителем Рузвельта при папе.