Следующей боевой операцией стало потопление флагмана египетского флота эсминца «Эмир Фарук», который был взорван с помощью заминированных лодок.
В 1949 году, по окончании Войны за независимость, из подразделений морских коммандос было сформировано соединение в составе Военно-морского флота, получившее название 13-я флотилия. До 1959 года ее существование было строго засекречено, только позднее сведения о ней стали просачиваться в открытую печать. Тогда же бойцы флотилии получили отличительный нагрудный знак — щит и меч на фоне крыльев летучей мыши.
Морские коммандос 13-й флотилии выполняли и выполняют широкий круг боевых задач, требующих личного мужества, отличной физической подготовки и высокого профессионализма.
В ночь на 21 июня 1969 года израильские морские коммандос на десантных катерах атаковали египетскую радиолокационную станцию Ra'as Adbia в северной части залива Суэц. Бой продолжался двенадцать минут — были уничтожены несколько десятков солдат противника, взорвана радиолокационная станция, после чего израильский десант без потерь вернулся на свою базу.
В ночь с 19 на 20 июля 1969 года израильские десантники высадились на Зеленом острове, в северной части Суэцкого канала, где находилась военно-морская база противника, включавшая батареи береговой артиллерии, катерную пристань и радиолокационную станцию. В ходе скоротечного боя были уничтожены все объекты и гарнизон военно-морской базы. Потери израильских десантников составили шесть человек.
В ночь на 8 сентября 1969 года подразделение морских коммандос атаковало военно-морскую базу противника в Рас Саадат. В ходе боя были потоплены два египетских ракетных катера типа Комар С-183.
На следующую ночь на египетском берегу Суэцкого канала с десантных судов были скрытно высажены танковые подразделения Израильские танкисты прошли огненном валом по территории врага — на своем пути они уничтожали командные пункты, позиции ракетных войск и артиллерии, центры связи и радиолокационные станции. Враг понес катастрофические потери в живой силе и технике.
21 января 1970 года израильские морские десантники высадились на острове Шедуан, что расположен к югу от Шарм-аш-Шейха. В течении 2-х суток израильские бойцы удерживали остров, уничтожив его гарнизон все находившиеся на нем военные обьекты.
С особой интенсивностью проводились морские десантные и диверсионные операции в период войны Судного дня в 1973 году. В ночь на 17 октября 1973 года группа боевых пловцов была доставлена подводной лодкой в акваторию египетской военно-морской базы в Порт-Саиде.
Аквалангистам удалось скрытно проникнуть на тщательно охраняемую территорию базы, и взорвать военные корабли противника, построенные в СССР и находившиеся под командой советских офицеров. Тогда были потоплены ракетоносец и два торпедных катера.
В ночь на 21 октября 1973 года египетская военно-морская база была вновь атакована штурмовыми группами израильских боевых пловцов. На этот раз они использовали противотанковые гранатометы, из которых прямо у причалов были расстреляны вражеские ракетоносцы. Огонь велся по ракетным шахтам, где находились советские ракеты П-15. Итогом боя стало потопление двух вражеских ракетоносных кораблей. Это были египетские ракетные катера типа «Комар», потопившие в октябре 1967 года израильский эсминец «Эйлат»...
Подразделения 13-й флотилии действовали и на Красном море. В ночь на 17 октября 1973 года отряд боевых пловцов атаковал морскую базу спецназа противника. В ходе скоротечного боя израильские бойцы потопили четыре боевых катера и до четырнадцати вспомогательных судов врага.
Израильский морской спецназ ведет беспощадную войну против исламских террористов и их пособников.
В ночь с 3 на 4 января 2002 года в ходе по настоящему акробатической операции подразделением морских диверсантов был осуществлен захват судна «Карин А», на борту которого находились тысячи тонн оружия русского и иранского производства.
Оружие предназначалось террористам Хамаса в Газе.
Операция, получившая название «Тейват Ноах», была проведена в открытом море на расстоянии пятисот километров от израильских территориальных вод, где-то между Саудовской Аравией и Египтом. Проведению операцию предшествовал многомесячный сбор разведывательной информации в логове террористов, позволивший подразделениям морского спецназа точно выйти на цель в океане за сотни километров от Израиля.
В операции по захвату судна террористов вместе с морскими диверсантами участвовала флотилия сторожевых катеров «Супер Двора» израильского ВМФ.