28 января Роммель вернул Бенгази, но в бою зенитной артиллерией был сбит Ju 87 из I./StG 3 (пилот унтер-офицер Рех и бортстрелок погибли).
3 февраля Африканский корпус застрял у оборонительных позиций британцев под Газалой, и фронт застыл здесь вплоть до конца мая 1942. Воздушные сражения, однако, продолжались и дальше, хотя и с меньшим напряжением. 27 марта 15 Ju 87 из I./StG 3, сопровождаемые десятью Bf 109, бомбардировали Тобрук. Командир I./StG 3 капитан Гельмут Науман был ранен в воздушном бою с южноафриканскими истребителями из 2-го дивизиона SAAF. 2 апреля 12 Ju 87 из I./StG 3, сопровождаемые 31 Bf 109 из JG 27, атаковали британский конвой на высоте Тобрука. Один пикировщик был сбит, а его экипаж (пилот лейтенант Ретдорф) спасли англичане. 11 апреля 18 15 Ju 87 из I./StG 3 атаковали транспортную колонну союзников в районе Сиди Мосур — Бир Хабекс. «Штуки» летели под эскортом 12 Bf 109 из I./JG 27 и еще восьми из II./JG 27. Немецкое соединение контратаковали семь «томахоков» из 4-го дивизиона SAAF. «Мессершмитты» сбили пять из них, потеряв один «Юнкерс» из I./StG 3 (пилот фельдфебель Нойман). 25 апреля 12 Ju 87 из I./StG 3 бомбили суда, стоящие в порту Тобрука. Одна «штука» совершила вынужденную посадку под Тмими (пилот лейтенант Рудольф Браун был ранен). «Мессершмитты» из JG 27, сопровождавшие пикирующие бомбардировщики, сбили восемь и тяжело повредили два союзных истребителя. 26 мая 1942 началось следующее наступление Роммеля. Оснащенная новыми «юнкерсами» Ju 87 D, III./StG 3 с большим успехом атаковала британские укрепления у Гот-эль-Улеб, которые были захвачены немцами 2 июня. «Штуки» сыграли значительную роль во взятии Бир-Хакейма 10 июня 1942. За эти успехи пришлось, однако, заплатить. Лейтенант Хубель и его бортстрелок погибли 4 июня, сбитые силами ПВО, и в тот же день южноафриканские истребители сбили самолет S7+AB (на нем погиб командир I./StG 3 капитан Генрих Эппен). 11 июня пикировщики из StG 3 провели три налета на союзные позиции под Эль-Адемом. 14 июня конвой, плывущий на Мальту, стал целью «юнкерсов» из StG 3, потерявшей во время атаки три машины (экипаж из III./StG 3 — пилот обер-фельдфебель Пантель — погиб, а две других «штуки» были сбиты над морем — их пилотами были обер-лейтенант Остер, командир эскадрильи 6./ StG 3, и унтер-офицер Купперс из П./ StG 3). Непрерывные атаки пикирующих бомбардировщиков на Тобрук внесли выдающийся вклад в захват Тобрука, сдавшегося 21 июня 1942.
Следующей целью был Мерса-Матрух. Во время большого танкового сражения, закончившегося успехом немцев, самолеты из StG 3 действовали отчаянно, доходя до самопожертвования. Капитан Пашковски (Patschkowski), командир эскадрильи в III./StG 3, был сбит, но сумел возвратиться в свою часть после трех дней скитаний по пустыне.
Ju 87 D-1 на Восточном фронте осенью 1942. Под крыльями на земле лежат дополнительные топливные баки вместимостью 300 л.
Ju 87 В-2 в действии на Восточном фронте летом 1941.
1 июля 1942 началась первая битва под Эль-Аламейном. Ju 87 вновь, как и всегда, висели над передним краем, поддерживая немецкое наступление. 3 июля I./StG 3 потеряла три экипажа: лейтенант Йозеф Венигман и обер-лейтенант Шувара (Schuwara) погибли, а фельдфебель Шпис попал в плен. 8 июля в воздушном бою погиб фельдфебель Ульрих из III./StG 3. 15 июля «штуки» провели четыре больших налета на союзные позиции под Эль-Аламейном. Один Ju 87 из I./StG 3 (пилот унтер-офицер Пекар) был сбит зенитным огнем — экипаж погиб. На следующий день «штуки» провели очередные четыре налета. 17 июля самолет из III./ StG 3, поврежденный союзными истребителями, совершил вынужденную посадку на своей территории, а его пилот (обер-лейтенант Гобель) был ранен. Три других пикировщика получили повреждения на земле во время атаки «киттихоков» из 250-го дивизиона RAF на аэродром в Бир-эль-Абд 19 июля 1942.
В конце августа произошла следующая попытка взломать оборону союзников, однако в сражении под Алам-эль-Хальфой немецкие войска были остановлены. 31 августа II./StG 3 потеряла еще два экипажа: унтер-офицер Штольп и его бортстрелок погибли, а фельдфебель Уль со своим стрелком попали в плен. 6 сентября потери понесла I./StG 3 — один из экипажей, выпрыгнув на парашютах из горящей машины, попал в плен (пилот унтер-офицер Лотц). 14 сентября два Ju 87 из I./StG 3 столкнулись в воздухе над Куасабой — оба экипажа погибли (пилоты лейтенант Кениг и унтер-офицер Шнурр). 1 октября в воздушном бою погибли следующие два экипажа из III./StG 3 (пилоты унтер-офицер Ледхезер и унтер-офицер Лишке).
24 октября 1942 началась вторая и решающая битва под Эль-Аламейном. «Штуки» пытались, как обычно, действовать над передовыми позициями, однако из-за превосходства союзной авиации они не были так эффективны, как в предыдущих кампаниях. 26 октября «харрикейны» из 213-го дивизиона RAF сбили два Ju 87 из III./StG 3. Погиб командир эскадрильи капитан Курт Вальтер, у которого не раскрылся парашют. Другой пилот этой части — обер-лейтенант Линдорфер — был ранен. 27 октября во время вынужденной посадки в Эль-Даба разбился Ju 87 из II./StG 3 (погиб пилот унтер-офицер Эбнер). 31 октября в воздушном бою погиб обер-фельдфебель Борм из III./StG 3. Несмотря на самоотверженность экипажей пикирующих бомбардировщиков, они неоднократно были вынуждены сбрасывать бомбы далеко в стороне от целей — таким огромным было превосходство союзных истребителей. 3 ноября погиб обер-фельдфебель Опиц, сбитый истребителем 127-го дивизиона RAF. Другой экипаж из III./StG 3 получил многочисленные ранения.
4 ноября союзники прорвали фронт в районе Телль-эль-Агагир. Началось отступление войск «оси», которое продолжалось почти без перерывов вплоть до капитуляции немецко-итальянской армии в Африке. В первые дни союзного наступления, во время редких боевых вылетов, экипажи пикировщиков пытались задержать стремительный натиск танковых частей британцев. 7 ноября «спитфайры» из 601-го дивизиона RAF сбили три Ju 87 из StG 3 (пилоты унтер-офицер Вернер и унтер-офицер Ортнер были ранены). Драматическую ситуацию, в которой оказались части Люфтваффе в период отхода от Эль-Аламейна, лучше всего отразил в своем дневнике один из летчиков, Армии Колер: «Kein Einsatz, da kein Sprit, kein ol, kein Wasser» (Нет действий, потому что нет горючего, нет масла, нет воды).
8 ноября союзники начали десантную операцию во Французской Северной Африке, и с этого момента войска «оси» должны были обороняться на двух фронтах. 11 ноября британская 8-я армия достигла прохода Хальфайя. Люфтваффе предприняли последнюю попытку задержать бронетанковые подразделения врага.
Ju 87 В-2 зимой 1941/42 на одном из аэродромов в России.
Ju 87 R-2 в полете над Африкой осенью 1941. Обращают на себя внимание белые полосы вокруг фюзеляжа, контрастирующие с «европейским» камуфляжем RLM 70/71/65.
Пятнадцать Ju 87 из I./StG 3, сопровождаемые шестью Bf 109, попытались бомбардировать моторизованную колонну союзных войск. Немецкие самолеты были атакованы одиннадцатью «киттихоками» из 3-го дивизиона SAAF. В возникшем воздушном бою StG 3 потеряла четыре экипажа и восемь машин. Командир I./StG 3 обер-лейтенант Мартин Моссдорф (самолет S7+MB), а также обер-лейтенант Мигеод и унтер-офицер Мальке вместе со своими стрелками попали в плен, фельдфебель Пот получил ранение. «Мессершмитты» эскорта сбили, не потеряв ни одной машины, три истребителя союзников (два Р-40 из 2-го дивизиона SAAF и один Р-40 из 57-й американской истребительной группы, самолеты которой тоже появились над полем боя). В тот же день, между Гамбутом и Тобруком, вынужден был приземлиться «дорнье» Do 17 Z (S7+FA — пилот обер-фельдфебель Бродовски) — штабная машина StG 3.
Одновременно II./StG 3 начала боевые действия на другом, северном фронте африканского ТВД. В субботу 14 ноября там был сбит (пилотом 154-го дивизиона RAF) командир эскадрильи 6./StG 3 обер-лейтенант Эйхлейтер. Его самолет упал в воду к северо-западу от мыса Бон, а экипаж попал в плен. Две другие машины из И./StG 3 столкнулись в воздухе и упали в море. Однако экипажам удалось спастись с помощью итальянского «канта» Z 506 В.