16 августа 1941 г. постановлением Государственного Комитета Обороны (ГКО) в Совет по эвакуации дополнительно ввели заместителя начальника Главного управления тыла Красной Армии генерал-майора М. В. Захарова. 26 сентября 1941 г. при Совете по эвакуации было создано Управление по эвакуации населения во главе с заместителем председателя СНК РСФСР К. Д. Памфиловым. Одновременно Памфилов пополнил состав Совета по эвакуации в качестве одного из заместителей председателя Совета. Вся работа по спасению людей, промышленного оборудования, ресурсов сельского хозяйства, материальных и культурных ценностей постоянно находилась в центре внимания ГКО, ЦК ВКП(б), СНК СССР и Совета по эвакуации. За практическое осуществление перебазирования производительных сил стали отвечать центральные комитеты партии и совнаркомы союзных республик, обкомы, райкомы и горкомы партии, исполкомы местных советов прифронтовых и многих областей страны, где были созданы специальные комиссии, комитеты, бюро или советы по эвакуации. К выполнению этой чрезвычайно важной военно-хозяйственной задачи были также привлечены Госплан СССР и наркомат обороны СССР. В этой ситуации полностью оправдала себя в интересах более четкого управления всей системой перебазирования организационная перестройка тыла Красной Армии, проведенная в августе 1941 г. Вывоз промышленного оборудования и других материальных ценностей в восточные районы страны стал одной из важнейших обязанностей начальников тыла фронтов и армий. Объединение в одних руках функций планирования, подвоза и снабжения позволило более гибко и оперативно решать многие вопросы, связанные с эвакоперевозками. При наркоматах и ведомствах были образованы бюро, комитеты, советы и комиссии по эвакуации с выделением уполномоченных для каждой группы предприятий. Контроль за вывозом населения, оборудования и других материальных ценностей осуществляла созданная при Совете по эвакуации группа инспекторов во главе с А. Н. Косыгиным. В постановлении ЦК ВКП(б) и Совнаркома СССР «О порядке вывоза и размещения людских контингентов» от 27 июня 1941 г. были определены главные задачи и первоочередные объекты эвакуации. Перемещению на восток в первую очередь подлежали квалифицированные кадры рабочих и служащих, старики, женщины и молодежь, промышленное оборудование, станки и машины, цветные металлы, горючее, хлеб и другие ценности, имеющие государственное значение. Вскоре это постановление было дополнено утвержденной Совнаркомом СССР специальной инструкцией о порядке демонтажа и отгрузки оборудования заводов и фабрик. В тот же день, 27 июня, были приняты и решения «О вывозе из Ленинграда ценностей и картин ленинградского Эрмитажа, Русского и других музеев» и «О вывозе из Москвы государственных запасов драгоценных металлов, драгоценных камней, алмазного фонда СССР и ценностей Оружейной палаты Кремля». Оба эти постановления, особенно второе, несомненно, свидетельствовали о большой тревоге, которая охватила на шестой день войны Сталина и высшее руководство страны в результате угрожающего развития боевых действий.
В гигантскую операцию по перебазированию производительных сил страны уже в течение первых недель войны были активно включены все виды советского транспорта. Но главная тяжесть при этом выпала на долю железных дорог. Совет по эвакуации поддерживал постоянную оперативную связь с НКПС через представителей наркомата путей сообщения в Совете. На крупные железнодорожные станции правительство направило уполномоченных Совета по эвакуации с широкими полномочиями. Только на девяти железных дорогах центра находилось до 30 уполномоченных Совета по эвакуации. Позднее было дано указание направить во все морские бассейны заместителей наркома морского флота и ответственных работников политуправления наркомата. В самом НКПС вопросами эвакуации населения и материальных грузов занимались Грузовое управление и Управление движения. Здесь была сформирована оперативная группа в составе 25 человек. Состоявшая из опытных работников группа осуществляла выполнение решений Совета по эвакуации: обеспечивала подачу вагонов под погрузку, вела учет погруженных вагонов, контролировала их продвижение и выгрузку. Наркоматом путей сообщения было срочно начато составление конкретных планов и мероприятий, связанных с беспрепятственным продвижением эшелонов с эвакуированными грузами. Как вспоминал бывший заместитель наркома путей сообщения и начальник Грузового управления НКПС Н. Ф. Дубровин, «конкретными, заблаговременно разработанными эвакуационными планами на случай неблагоприятного хода военных действий мы не располагали. Положение осложнялось тем, что многие предприятия прифронтовых районов до последней возможности должны были давать продукцию для обеспечения нужд обороны. Наряду с этим нужно было своевременно подготовить оборудование промышленных объектов к демонтажу и эвакуации, которую приходилось часто осуществлять под артиллерийским обстрелом и вражескими бомбардировками. Между тем необходимого опыта планирования и проведения столь экстренного перемещения производительных сил из западных районов страны на восток у нас не было. Помню, как по заданию директивных органов мы специально разыскивали в архивах и библиотеках Москвы, в том числе в Государственной библиотеке им. В. И. Ленина, хотя бы отрывочные сведения об эвакуации во время первой мировой войны, но найти почти ничего не удалось. Опыт приобретался в ходе военных действий».