В течение всей войны Орлов умудрялся не прекращать службы в единственной оставшейся в Москве церкви.
В 1940 году Союз евангельских христиан также прекратил работу.
Сталинские репрессии ставили своей целью не только искоренить лидеров. Арестовывали и многих местных пресвитеров, предъявляя обвинение в нарушении закона о культах, либо в кулачестве, либо в связях с заграницей, считавшихся предательством. А отправив в тюрьму пастора, легко было закрыть и молитвенный дом. Но даже в этот трудный период, когда многие из новообращенных капитулировали и оставили церковь, религиозная деятельность все-таки никогда полностью не прекращалась. Некоторые лидеры избежали ареста, уйдя в подполье, где умудрялись проводить тайные собрания.
Однако, в целом картина была печальная - все шло к концу. Весной 1930 года были арестованы 12 баптистских пасторов и конфискованы все церковные здания, кроме одного. В Москве было конфисковано пять церквей из шести.
Военный период
Как это не парадоксально, но по горькой иронии, именно война спасла верующих от полного истребления.
После вторжения Гитлера в Советский Союз летом 1941 года и оккупацией Белоруссии, Украины и части России, на оккупированной территории стали возрождаться церкви евангельских христиан и баптистов. Верующие получали разрешения от немецкой комендатуры на проведение молитвенных богослужений. Комендатура предоставляла верующим клубы и брошенные большие дома для молитвенных собраний. Уцелевшие от арестов служители обходили и объезжали города, поселки и села и создавали церкви.
Возобновившие служения церкви объединялись в региональные союзы. Так в 1942 году на Украине был создан Приднепровский союз баптистов при активном содействии братьев Д.Д. Шаповалова, И.Я. Татарченко и других.
В Донбассе организовался Донецкий союз баптистов, во главе которого стали А. Ф. Зернов и А. Гаража. Центр Союза находился в г. Макеевка. При Донецком союзе баптистов был создан печатный орган, который издавал журнал «Голгофа», правда, тираж был небольшой и за период оккупации с 1942 г. по сентябрь 1943 г. вышло несколько номеров.
После освобождения оккупированной территории, церкви сохранились, а многих служителей арестовали: в т. ч. А.Ф. Зернова, А. Гаража, И.Я. Татарченко, Д.Д. Шаповалова и других. Каждый из них был осужден на десять лет лагерей.
Восстановление союза ЕХБ
Положение на фронтах для Красной Армии было критическое. Белоруссия и Украина были оккупированы немецкими войсками. Немцы подошли к Москве и Ленинграду и двигались на Кавказ. И. Сталин неоднократно ставил вопрос перед союзниками об открытии второго фронта. Союзники медлили, Сталин торопил. На одной из конференций Глав правительств США, Англии и Советского Союза, И. Сталин в очередной раз поставил вопрос об открытии второго фронта союзниками. И тогда президент США Рузвельт дал согласие на открытие второго фронта с условием, если И. Сталин обеспечит свободу вероисповеданий в Советском Союзе, Другого выхода не было и И. Сталин вынужден был согласиться. По его личной команде, в срочном порядке были доставлены в Москву, находящиеся в концлагерях Сибири и в ссылке, уцелевшие религиозные лидеры, как православные, так и евангельские христиане и баптисты.
В Москву были доставлены Я.И. Жидков, А.Л. Андреев, М.И. Голяев. А.О. Карев, К. Крючков, НА. Левинданто, П.И. Малин, Ф.Г. Патковский, а также был приглашен, находящийся в Москве М.А. Орлов, и другие бывшие работники Союзов евангельских христиан и баптистов. (Из личной беседы с А. Андреевым, 1966 г.).
С 26 по 29 октября 1944 года, при непосредственной организации правительства, состоялось совещание служителей союзов евангельских христиан и баптистов, с единственной повесткой - организация Союза евангельских христиан и баптистов. В его работе приняли участие сорок пять делегатов, совместно с вышеперечисленными работниками бывших Союзов и некоторые старейшие члены церквей Москвы и Подмосковья. На совещании председательствовал М.А. Орлов, его заместителями были Я.И. Жидков и М.И. Голяев, секретарями - А.В. Карев и Н.А. Левинданто. М.А. Орлов сделал доклад о деятельности ВСЕХ в период с 1931 по 1944 годы.