Вторая особенность обстановки, вызвавшая озабоченность руководителей органов НКВД в Берлине, состояла в том, что, по их данным, впервые в советскую зону переброску своей агентуры предприняли спецслужбы США и Великобритании. Американцы, покидая некоторые регионы советской зоны, оставили 300 завербованных ими агентов. Для противодействия им, по указанию генерала Серова, разведорганы воинских частей внутренних войск НКВД в Германии передавались в отдельную группу «для ведения особой агентурной работы». Подверглась задержанию также значительная часть демобилизованных советских солдат и репатриантов, не пожелавших возвращаться в Советский Союз и занимавшихся разбоем, грабежом и мародерством.
Осенью отмечалось оживление подполья, продолжались террористические и диверсионные акты, хотя бандформирования не были зафиксированы. Среди населения резко усилилась фашистская пропаганда, имели место призывы к вооруженной борьбе, выдвигались угрозы тем, кто сотрудничает с органами СВАГ, осуществляет аграрную реформу и участвует в демократизации жизни в зоне. Эта пропаганда оставила негативный след среди населения. К тому же с массовой передислокацией войск на территорию СССР участились случаи бандитизма со стороны советских граждан. В некоторых преступлениях были замешаны уголовники, которые, пользуясь бесконтрольностью на транспорте, прибывали в Германию специально из Советского Союза. В октябре органам НКВД удалось ликвидировать пять бандитских групп, состоявших из дезертиров.
Задачи войск НКВД в Германии в директиве генерал-полковника И.А. Серова № 002465 от 27 августа 1945 года были сформулированы следующим образом: кроме ликвидации диверсионно-террористических групп и бандформирований, борьбы с враждебными проявлениями со стороны фашистских и других преступных элементов, служба безопасности должна производить обыски, аресты и другие специальные оперативно-войсковые мероприятия под руководством начальников оперативных групп; осуществлять внешнюю охрану тюрем, КПЗ и конвоировать задержанных, охранять и при необходимости оборонять пункты дислокации оперативных секторов, оперативных групп и самих подразделений внутренних войск.
Речь шла об охране 220 объектов в советской зоне, включая и Саксонское горное управление, занимавшееся добычей урановой руды в Рудных горах. Для охраны этих объектов использовалось 3.287 «активных штыков». До декабря 1946 года эти задачи выполнялись органами шести оперативных секторов, на которые была поделена территория зоны и семью стрелковыми полками ВВ общей численностью 7.938 человек. Однако 4 декабря 1946 года МВД СССР сократило численность своих внутренних войск в Германии до пяти полков в составе 5.645 человек.
Усилия сотрудников советских спецслужб в Германии были направлены не только на борьбу с реальными противниками вроде различных неонацистских групп, но и с воображаемыми врагами. Подчиненные генерала Серова и его преемников везде искали троцкистов, сторонников Тито, шумахеровцев, буржуазных националистов, а если находили, то беспощадно наказывали, как это было и в других странах Восточной Европы.
Чтобы продемонстрировать важность и необходимость иметь в советской зоне крупные силы войск НКВД/МВД и показать эффективность их деятельности, командование проводило периодические прочесывания всей территории зоны или ее отдельных регионов и городов. Следует сказать, что они давали определенные результаты. Однако в большей мере они накаляли обстановку и вызывали беспокойство среди населения. Так, с 10 по 15 августа 1945 года было организовано первое массовое прочесывание территории советской зоны, в ходе которого было задержано для фильтрации 64 тысячи человек, в том числе 2 тысячи офицеров и 12 генералов бывшего вермахта, войск СС, а также несколько десятков англо-американских агентов. Дополнительное прочесывание с 11 по 16 сентября 1945 года было осуществлено в Берлине, в ходе его было задержано 4.432 человека.
Командование внутренних войск НКВД в Германии считало, что кроме вышеуказанных задач в то время перед ними стояли еще две. Первая — это организация «особой агентуры в зоне союзных войск». Для решения этой задачи уже в октябре было подключено пять человек. И вторая — создание квалифицированной агентуры для более эффективной борьбы против фашистского подполья.