По-видимому, эти публикации побудили Третьякова, главного редактора самой известной газеты, принадлежавшей Березовскому, предложить какую-то версию событий, которая если и не оправдывала его шефа, то, по крайней мере, давала понять, что он был не единственным, кто участвовал в организации вторжения в Дагестан. Третьяков писал: «Совершенно очевидно, что чеченцев завлекли в Дагестан… чтобы оправдать восстановление федеральной власти в республике и начало военных действий против террористов, окопавшихся в Чечне. Ясно, что это была операция, подготовленная российскими спецслужбами… более того, она была санкционирована самыми высокопоставленными кругами.
В свете всего этого вот мое собственное личное предположение: в худшем случае Березовским воспользовались, не посвятив его в деятельность российских спецслужб, или, что наиболее вероятно, он действовал заодно с ними… Моя гипотеза гораздо более похожа на правду, чем мнение, что Березовский сам все устроил, которое предполагает его абсолютное влияние на обе воюющие стороны одновременно».
Между тем, 5 августа 1999 года исламисты под предводительством двух командиров — Шамиля Басаева и Хаттаба, предположительно гражданина Саудовской Аравии, вторглись из Чечни в западный Дагестан с целью начать антироссийское восстание. 9 августа Степашин был освобожден от должности, и его место занял Владимир Путин. 22 августа боевики отошли назад в Чечню без тяжелых потерь.
Это вторжение вызвало в России и возмущение, и подозрение, что это провокация, направленная на то, чтобы подготовить народ к новой войне в Чечне. Подразделения внутренних войск, охранявшие границу, были отозваны незадолго до вторжения чеченцев, поэтому боевики под предводительством Басаева и Хаттаба беспрепятственно вошли в Дагестан. В течение двух недель, пока они вели борьбу с местной милицией, Российская армия не делала попыток атаковать их. Затем они ушли из Дагестана на 72 КамАЗах, и им никто не помешал. Александр Жилин, видный военный журналист, рассказывал, что он разговаривал с высокопоставленными офицерами Генерального штаба, Министерства обороны и Министерства внутренних дел и все согласились, что вторжение было подготовкой другой, предвыборной чеченской войны. «В этой связи, — писал он, — все мои собеседники без исключения отмечали немаловажную деталь: ФСБ и Совет Безопасности возглавлял глава правительства Владимир Путин».
Несмотря на подозрение, что это была провокация, вторжение в Дагестан переключило внимание страны на Северный Кавказ. В конце августа федеральные войска начали наземные и воздушные атаки на дагестанские села, находившиеся под контролем ваххабитов, будто бы пытаясь в какой-то степени отомстить им за более раннее вторжение.
31 августа 1999 года мощный взрыв прогремел в подземном торговом центре в Манеже рядом с Кремлем, при этом один человек был убит и 30 ранены. Это был не первый террористический акт в России, случившийся именно в преддверии выборов. В июне 1996 года, в канун первых президентских выборов, была взорвана бомба в московском метро, в результате чего четыре человека погибли и еще 12 были ранены; еще два взрыва прогремели в троллейбусах, при этом пострадало 38 человек. Эти события, создав ощущение нестабильности, сработали в пользу кандидатуры Ельцина.
Взрыв в Манеже всколыхнул политическую атмосферу, но надо было накалить напряженность до качественно нового уровня, чтобы возбудить народ до нужного состояния и заставить его поддержать вторую чеченскую войну. Это и произошло в результате событий, случившихся в последующие несколько дней. События разворачивались будто бы по определенному плану. 4 сентября в 21.40 в городе Буйнакске в Дагестане взорвалась машина, начиненная взрывчаткой, разрушив пятиэтажное жилое здание, где жили семьи российских военнослужащих. В результате взрыва погибли 62 человека и около 100 были ранены.