Остались только граждане Израиля и французский экипаж самолета, который отказался оставить своих пассажиров, попавших в беду. Всего террористы продолжали удерживать 103 человека.
Заложники были высажены из самолета и размещены в терминале аэропорта. Тогдашний президент Уганды Иди Амин поддержал террористов. Его солдаты по существу обеспечивали внешнюю охрану терминала и подходов к нему. На боковых взлетных полосах аэродрома находилось несколько истребителей МИГ-17 и МИГ-21.
Правительство Израиля решило провести операцию по освобождению заложников. Командующим операцией стал бригадный генерал Дан Шомрон, получивший в свое распоряжение добровольцев из 35-й парашютной бригады, группу «Сайрет Голани» (разведчиков-коммандос из пехотной бригады «Голани») и соединение 269 (Сайрет Маткаль). Дополнительно были выделены несколько агентов «Моссада» и медицинский персонал.
Наряду с тренировкой штурмовой группы, несколько коммандос научились работать заправщиками, поскольку запаса топлива хватало только на полет в одну сторону и следовало восполнить его на месте, в Энтеббе, либо в кенийском аэропорту Найроби. Всей операции присвоили кодовое название «Джонатан» (Йонатан) — по имени командира штурмовой группы полковника Натаньяху.
В процессе подготовки были использованы сведения, которые сообщили отпущенные заложники. Ценную информацию предоставила также израильская фирма, построившая терминал в Энтеббе. В операции решили использовать «Мерседес», почти такой же, как у президента Уганды Иди Амина. Автомобиль отремонтировали и перекрасили в черный цвет.
3-го июля в 15.00 в воздух поднялась группа самолетов: четыре «Геркулеса» (С-130) и два «Боинга-707». В «Геркулесах» летели коммандос. Первый «Боинг» вез штаб и центр связи — он должен был все время находиться в воздухе и оттуда координировать действия отдельных групп. Второй «Боинг», оборудованный как летающий госпиталь с медицинским персоналом на борту, стартовал два часа спустя. Этот самолет должен был приземлиться в Найроби, где предполагалось заправить «Геркулесы», возвращавшиеся после завершения операции.
В режиме полного радиомолчания самолеты пролетели над Красным морем. Затем, снизившись до малой высоты, чтобы не быть обнаруженными радарами, они миновали территорию Эфиопии и Кении. В 23 часа первый «Геркулес» коснулся посадочной полосы в Энтеббе, примерно, в полутора километрах от терминала.
Едва самолеты остановились на взлетно-посадочной полосе, как из них выкатили джипы с десантниками и лимузин, почти такой же, как у президента Иди Амина. Кортеж с лимузином во главе направился к терминалу. Расчет был на замешательство угандийских солдат в первые секунды после того, как они увидят приближающийся «президентский» кортеж. И хотя не все прошло гладко (не удалось «снять» одного из часовых из пистолетов с глушителями, а автоматная очередь насторожила солдат на башне терминала), десантникам все же удалось вплотную приблизиться к месту нахождения заложников. Затем штурмовая группа ворвалась в здание терминала, а группа прикрытия открыла огонь по угандийским солдатам.
В результате операции погибли трое заложников. Все остальные были спасены. Были убиты все террористы и не менее 20 солдат Иди Амина. Группа прикрытия также уничтожила все истребители, находившиеся на аэродроме, исключив опасность преследования «Геркулесов». С израильской стороны погибли двое коммандос. Одним из них был командир спецназа полковник Ионатан Натаньяху.
Первый этап всемирно известной операции по освобождению заложников в аэропорту Энтеббе является классическим примером скрытного выдвижения штурмовых групп к месту штурма.
При скрытном выдвижении внезапность штурма обеспечивается незаметным передвижением, маскировкой, возможно, применением хитрости, как в случае с «президентским» лимузином. Все это в совокупности позволяет группе захвата очень близко подобраться к террористам прежде, чем они обнаружат спецназовцев.
Часто к объекту штурма можно приблизиться под видом людей, которых преступники не считают для себя опасными. Известны случаи, когда бойцы штурмовой группы, не вызывая подозрений, прибывали к дверям захваченного здания на фургонах курьерского агентства UPS. Пакеты служили прекрасной маскировкой для пистолетов-пулеметов.
Перед операцией по освобождению заложников в резиденции японского посла в Лиме 140 коммандос прибыли на место в закрытых фургонах. Поверх камуфлированного обмундирования они надели полицейскую форму. Фургоны заехали в гаражи домов расположенных поблизости, и только после этого коммандос поодиночке стали просачиваться к входам туннелей, которые были прорыты под здание посольства. Главной задачей было ввести в заблуждение даже не террористов, а представителей прессы.