В монастыре 6 каменных церквей.
1. — пятиглавый, . Время построения его неизвестно. Некоторые относят его к 1467 г., полагая, что это та самая церковь, о которой говорится в житии преп. Пафнутия. Высота церкви 21 с. Стены кладены сплошною кладкою из толстого кирпича, продолговатого, обожженного и тяжеловесного. Три стены остались в первоначальном виде, а западная до половины закрыта пристройкою. Наружные стены гладкие, без штукатурки. По каждой стене с самого низа проведены вверх по 4 пилястры, две из них по углам, а две на середине стены, в равном расстоянии одна от другой, с квадратами между ними, а сведены вверху в три арки, под которыми прежде были изображения святых. Фонари на храме сквозные, высокие, выведены из кружал, обставленных мысообразными теремками. Главный фонарь на середине с 8-ю окнами, узкими, продолговатыми, вверху дугообразными, с наличниками из кирпича. Под окнами и вокруг фонарей проведены висячие арки в два валика с гирьками. Кресты на главах железные, прорезные, четвероконечные с малыми крестиками на концах. На вершине крестов короны прорезные, а в подножии полулуния.
Внутри храма своды поддерживаются четырьмя столбами с карнизами вверху — два среди храма, а два позади иконостаса. В стенах голосники, а в северной и лестница с узкими окнами. Алтарь трехабсидный.
Иконостас первоначально был сделан по заказу царя Михаила и его супруги Евдокии, греческого письма. Подле иконостаса около входных дверей почивают мощи преп. Пафнутия в деревянной раке, обложенной позолоченным гладким серебром. По сторонам раки четыре пукли, или клейма, с надписями вязью. Над ракой сень на четырех витых деревянных позолоченных столбах. Стены церкви расписаны в византийском стиле[218].
2. пристроена с северной стороны к соборной церкви. Как гласит надпись в иконостасе, над северной дверью, храм построен в 1651 г. в. кн. Ириною. При входе в церковь снаружи, по левую руку, имеется в стене камень с надписью, что здесь погребен дядька царя Федора Ивановича, «окольничий Лупп, А. П. Клешнин» († 7106.IV.6).
3. , двухэтажная. О времени построения записей нет. В нижнем этаже кладовые. Наружные стены обведены тройным поясом из кирпича. Кровля шатровая, трехскатная. Живопись в церкви новая, после 1812 г. Трапеза имеет своды готические. Ранее церковь была расписана фресками, остатки которых уцелели только в паперти под колокольнею по стенам, по своду. При этом храме колокольня.
4. , больничная, построена во второй половине XVII в.
5. построена в 1760 г., двухэтажная. В нижнем этаже две палатки, в одной из коих похоронены настоятели монастыря.
6. построена в 1837 г. кн. Н. А. Волконским на гробах предков. На мраморных дощечках, вставленных в стенах, и на плитах в помосте имеются надписи с означением времени, когда кто преставился.
Монастырская колокольня в 5 ярусов, выстроена в XVII в. Нижние ярусы — три четырехгранные, а верхние два восьмигранные. Наружные стены испещрены карнизами, валиками и полуколонками. В восьмигранных ярусах под верхними окнами вставлены между валиками в углублениях разноцветные муравленые кафли с барельефными изображениями на них серафимов и разных плодов. На колокольне есть колокол 6996 г. (1488 г.).
Вокруг монастыря идет каменная стена длиною 316 с., с одной круглой и 5-ю четырехугольными трехъярусными пирамидальными башнями. По стене устроены ходы вокруг монастыря с бойницами и осадными стоками. Ходы покрыты крутой деревянной крышей, которая с внутренней стороны монастыря под оградой поддерживается кирпичными столбами. Лестницы идут в стенах на расстоянии 1 1/2 кирпичей от внутренних сторон. Марши этих лестниц начинаются из глубоких прямоугольных углублений в стенах, покрытых цилиндрическими сводами. В подобных же углублениях как в стене, так и внутри башен, проделаны амбразуры для пушек, так называемый, «нижний бой». Сверху башен и с галерей вокруг стен устроен «верхний бой» для «пищалей» с осадными стоками; в башнях же есть еще и «средний бой».
Из достопримечательностей отметим: 1) писаное уставом евангелие 1533 г., пожертвованное новгородским владыкою Макарием, пострижеником Пафнутьевского монастыря. «За написание, кроме жемчугов, яхонтов и др. каменьев, заплачено сто рублев и двести гривен московских». Слова в евангелии прописные, а евангелисты расписаны золотом; 2) евангелие, писанное уставом, 1602 г. 3) евангелия печатные 1663, 1681, 1694 и 1697 гг. 4) апостол 1684 г. 5) крест благословляющий золотой с каменьями — изумрудами, алмазными запанами и с частицами мощей, относится к 1698 г., весу 3 ф. 55 зол.; дар кн. Репнина, 6) два креста серебряных, один с частицами мощей 1639 г., другой 1689 г. 7) риза преп. Пафнутия, камчатная, белая с оплечьем из синей шелковой материи, унизанным жемчугом. 8) Риза парчовая 1596 г. 9) богатые шитые образа и покровы XVI и XVII вв. (1575, 1633, 1634). 10) чаши и сосуды XVII в. и мн. др. вещей, менее древних. — В библиотеке имеется много рукописных и древних печатных сочинений, а также копии с жалованных грамот.
218