От пристанището градът не се виждаше, защото то беше заобиколено от високи хълмове, а Нагасаки е разположен малко навътре от брега. По хълмовете моряците изведнъж забелязаха сложни укрепления — фортове, крепости, батареи. В случай че стане нужда, японците можеха от три страни да обстрелват с оръдия намиращите се в пристанището кораби.
Пристанището беше пълно с кораби. Навсякъде, накъдето и да погледнеш, се виждаха мачти и се развяваха знамена. Около „Надежда“ стояха китайски джонки, пристигнали от Китай, натоварени с коприна, и много японски кораби; повечето от тях бяха просто широки, обемисти лодки с навес, който защитаваше гребците от слънцето. Лодките, украсени с различни вимпели и знамена, пъргаво сновяха из пристанището. Стояха тук и доста големи японски кораби с платна, с обширна палуба, покрити с черна тъкан, въоръжени с оръдия, но те не бяха много. В далечината, на другия край на пристанището, Крузенщерн съгледа два-три кораба с холандски флагове. По външен вид корабите не бяха военни, а търговски и при това не много големи. Сред всички кораби в нагасакското пристанище „Надежда“ беше най-големият.
Щом „Надежда“ пусна котва, чиновникът, който изпълняваше длъжността на лоцман, замина за брега. Но след половин час при „Надежда“ отново се долепи японска лодка. Сега на палубата се качиха изведнъж десет души. Новопристигналите се държаха съвсем различно в сравнение с двамата японци, които бяха дошли преди тях на кораба. Те не само че не се кланяха на никого, но дори като че ли никого не забелязваха. Крузенщерн, който ги посрещна, се опита да заговори с тях, но те за негово учудване нищо не му отговориха. Безмълвно, без да искат разрешение, те се спуснаха по въжената стълба в каюткомпанията. Началниците седнаха на дивана, а слугите поставиха пред тях по едно сандъче с мънички лулички и неголям чугунен котел с горящи въглени. Всеки началник взе лула, разпали я с въглена и запуши. Но луличките бяха толкова малки, че като опънаха два-три пъти, трябваше да ги поставят обратно в сандъчето и да вземат нови. Всички лули бяха натъпкани с тютюн още преди пристигането на кораба.
Изумен от такова безцеремонно поведение на гостите, Крузенщерн извика Резанов и двама японци, които говореха добре по руски.
Но на поклона на посланика началниците също не обърнаха внимание. Така, в пълно безмълвие, те пушиха десетина минути. Най-сетне един от началниците каза нещо полугласно на своя подчинен. Той изслуша господаря си, наведен до кръста и отпуснал ръце до пода. Докато началникът говореше, той си поемаше дъх с почтително сумтене. После се изправи и като се обръщаше към Крузенщерн, каза няколко думи по холандски.
Тогава всичко стана ясно. Подчинените бяха преводачи от холандски на японски език, а началниците — офицери, на които нагасакският губернатор беше възложил да наблюдават пристанището. Това странно поведение на японците беше обичайната японска церемония: знатният японец трябва първо да поседи, да пуши и едва след десетина минути може да започне разговор.
През време на своите далечни странствувания по света, а особено през време на пребиваването си в Кейптаун при нос Добра надежда Крузенщерн беше научил малко да говори по холандски и сега можеше криво-ляво да се обясни с японските офицери чрез техните преводачи.
Започна разговорът. Щом Крузенщерн произнесе първата фраза, и преводачът го бутна лекичко по гърба, като му даде да разбере, че когато разговаря с такива важни лица, трябва да се покланя. Но Крузенщерн продължаваше да говори, като стоеше съвсем прав. Японските офицери го слушаха с каменни, нищо неизразяващи лица.
Той разказа за целта на своето пристигане в Нагасаки и за желанието на руското правителство да сключи с Япония търговски договор. Като узнаха, че Резанов е посланик, японците, които седяха на дивана, му се поклониха леко, без да стават.
Крузенщерн попита кога Резанов може да пътува за столицата на Япония за преговори, кога на екипажа на „Надежда“ ще разрешат да слезе на брега и как да постъпи с японците, доведени от Русия. Но вместо отговор японските офицери започнаха да му задават въпроси за пътешествието на „Надежда“. Те показаха при това, че познанията им по география са доста обширни, например беше им известно, че Тенериф е един от островите на Канарския архипелаг и че Дестеро се намира в Бразилия.
— Как пътувахте от Камчатка за Нагасаки: покрай източния бряг на нашата страна или покрай западния? — го попитаха те.