Наличие в одном населенном пункте спецслужб различной подчиненности создавало неразбериху и препятствовало эффективному ведению оперативно-розыскной деятельности среди набиравших силу большевистских и эсеровских организаций. Поэтому в целях усиления органов безопасности в армии приказом начальника штаба Верховного главнокомандующего от 1 февраля 1919 г. начала создаваться вертикаль контрразведывательных органов во главе с отделом контрразведки и военного контроля (ОКРВК) управления генерал-квартирмейстера штаба ВГК, учрежденного вместо ЦОВК. Этим же приказом был объявлен штат ОКРВК, КРО при штабах армий (отделения контрразведки при штабах Сибирской, Западной и Оренбургской армий) и штабе 2-го армейского Сибирского Степного отдельного корпуса, КРП при штабах корпусов, входивших в состав армий, и в крупных населенных пунктах в прифронтовой полосе. Документом предписывалось, чтобы начальники контрразведывательных органов Ставки и штабов армий (отдельного корпуса) отчитывались перед соответствующими генерал-квартирмейстерами, начальники корпусных и местных контрразведывательных пунктов — перед начальниками вышестоящих органов{81}.
Адмирал А.В. Колчак формировал органы военного управления по образцу и подобию царской армии. 30 ноября 1918 г. (приказ военного министра № 16 от 5 декабря 1918 г.) был образован Главный штаб Военного министерства, в котором сосредотачивались сведения об организации и составе войск, по комплектованию личным составом, их устройству и внутреннему управлению, подготовке кадров, снабжению всеми видами довольствия и т.д. «Все сделанное уже Ставкой, та живая организационная работа, которая создавала армию, все ее начинания были забракованы, как плод незрелый и не подходящий под узкие старые рамки, — сетовал генерал-лейтенант К.В. Сахаров, в то время генерал для поручений в штабе ВГК. — Была сначала сделана попытка подчинить Военному министерству все касавшееся вооруженных сил, чтобы можно было все подвести под эту ферулу крутящейся этажерки со старинными томами законов и штатов. Но Верховный правитель на это не пошел и разделил сферу власти так: действующая армия с территорией по Иртыш подчинялась (в военном отношении) начальнику штаба Верховного главнокомандующего, все гарнизоны и запасные войска, вся местность к востоку от Иртыша — военному министру»{82}. Таким образом, произошло разграничение сфер влияния фронтовых и тыловых органов военного управления.
Со временем расширялись функции Главного штаба, что привело к изменению его структуры. 26 февраля 1919 г. в нем были учреждены квартирмейстерский и осведомительный отделы. Осведомительный отдел, руководитель которого непосредственно подчинялся помощнику начальника Главного штаба, состоял из разведывательного отделения, контрразведывательной части, главного цензурно-контрольного бюро и информационного отделения{83}.
В марте 1919 г. началась очередная волна реорганизации тыловых военных учреждений. В состав военно-окружного управления входили военно-окружной совет, военно-окружной штаб, управление дежурного генерала, окружной архив, типография и команда штаба. В военно-окружном штабе было предусмотрено контрразведывательное отделение{84}.
В тылу начала формироваться сеть контрразведывательных отделений и пунктов. На верху пирамиды находилась контрразведывательная часть осведомительного отдела Главного штаба (37 человек), состоявшая из центрального контрразведывательного отделения (ЦКРО) и центрального регистрационного бюро (ЦРБ){85}. Ниже находились КРО управлений генерал-квартирмейстеров штабов Омского, Иркутского и Приамурского военных округов. Начальники контрразведывательных отделений руководили контрразведывательными пунктами, учрежденными на подведомственной территории. Так, в зоне ответственности Омского военного округа КРП были организованы в Славгороде, Барнауле, Бийске, Камне, Новониколаевске, Кузнецке, Томске, Тайге, Судженске; Иркутского — в Ачинске, Красноярске, Енисейске, Канске-Енисейском, Минусинске, Нижнеудинске, Бодайбо, Илимске, Черемхово; Приамурского — во Владивостоке, Верхнеудинске, Троицко-Савске, Чите, Сретенске, Благовещенске, Харбине, Никольск-Уссурийске, Николаевске, на станциях Маньчжурия, Пограничная, Куань-Ценцзы и Цицикар{86}.