Источниковую базу исследования составили неопубликованные (архивные) и опубликованные документы, воспоминания участников Гражданской войны, периодическая печать, научно-справочная литература.
Основной комплекс источников по истории белогвардейских органов власти и вооруженных сил, в том числе и спецслужб, сосредоточен в фондах Государственного архива Российской Федерации (ГАРФ) и Российского государственного военного архива (РГВА). При этом контрразведывательные органы относились к военному ведомству и являлись элементами фронтовых и тыловых военно-управленческих структур. В свою очередь, созданная при режиме Колчака политическая полиция (государственная охрана) находилась в ведении Особого отдела Департамента милиции МВД.
Принимая во внимание естественную распыленность документов по множеству архивных фондов, авторы попытались дать целостную характеристику их состава и содержания как потенциальных объектов исследования.
ГАРФ хранит фонды учреждений (в том числе и военных) белогвардейских правительств, действовавших на территории бывшей Российской империи в годы Гражданской войны, а также архивные коллекции и личные фонды. Их документы раскрывают структуру, организацию, штатный состав и различные направления деятельности государственной охраны, разведки и контрразведки.
Коллекция документов Российского правительства А.В. Колчака{29} включает стенограмму допроса Колчака, в которой сообщается о формировании контрразведывательных органов на Дальнем Востоке в 1918 г., а также постановление Совета министров о правах и обязанностях чинов военной контрразведки по производству расследований и краткую записку об организации германской разведывательной и агитационной службы в Сибири в 1918 г.
Коллекция документов штаба Верховного главнокомандующего (А.В. Колчака){30} содержит разведывательные сводки колчаковской Ставки, доклад начальника отдела контрразведывательной и военно-контрольной службы управления 2-го генерал-квартирмейстера Ставки полковника Н.П. Злобина, рапорты агента разведки чехословацкого корпуса Джона.
Основной массив документов по организации и деятельности политической полиции А.В. Колчака — государственной охраны, возглавляемой особым отделом Департамента милиции Министерства внутренних дел, содержится в фонде Департамента милиции МВД{31}. Здесь отложились годовой отчет о деятельности Департамента милиции, законопроекты «Положения о государственной охране» и связанная с ними служебная переписка, штатные расписания, личные дела управляющего Особым отделом и начальников губернских и областных управлений государственной охраны, «Правила о службе агентов наружного наблюдения», переписка об организации государственной охраны на местах, о системе секретных шифров, списки личного состава, распоряжения директора Департамента милиции и управляющего Особым отделом, сводки о политическом положении, докладные записки управляющего Особым отделом, управляющих губерниями (областями) и уездами, начальников губернских (областных) и уездных управлений госохраны, отдельные отчеты об их деятельности за различные периоды, агентурные донесения.
Отдельные документы сохранились также в фондах Совета министров Российского правительства А.В. Колчака (журналы заседаний Совета министров, связанные с организацией госохраны{32}) и Министерства внутренних дел (приказы по министерству о назначениях должностных лиц госохраны, доклады управляющих губерниями и областями министру внутренних дел{33}), а также отложившихся в ГАРФ фондах Енисейского и Иркутского губернских управлений государственной охраны{34}.