Интересной особенностью проекта "карманных линкоров" являлись верхние продольные броневые переборки. Они простирались от 50-го до 136-го шпангоута на всей высоте от броневой до верхней палубы на расстоянии 3,7 м от диаметральной плоскости, имели солидную толщину 40 мм и изготавливались из броневой стали (никелевой на «Дойчланде» и КNA на остальных единицах). Помимо защитных функций, о которых еще будет сказано, пара переборок в совокупности с броневой палубой образовывала мощную коробчатую балку из броневой стали, имевшую практически квадратное сечение, наиболее выгодное с точки зрения прочности. Нижняя часть переборок соединялась сваркой, но в верхней части связи с относительно тонкой верхней палубой выполнялись клепаными с использованием дополнительных Т-образных угольников. Проходившая по большей части длины корпуса подобная балка обеспечивала нужную требуемую жесткость его верхней части, сводя к минимуму возможность «разъезжания» листов палубной обшивки, столь характерную для облегченных судов постройки 30-х годов, сделавшую, в частности, полностью непригодными для использования в штормовых условиях германские легкие крейсера.
Столь же тщательно, как к вопросам прочности корпуса, конструкторы подошли к разделению на водонепроницаемые отсеки — традиционно продуманный элемент германских военных судов. Пространство между внутренним дном и броневой палубой делили по длине 15 главных поперечных переборок, причем с 37-го по 150-й шпангоут они пересекали всю ширину корабля, от одной внешней продольной переборки до другой, а в оконечностях доходили до наружной обшивки. Общее число поперечных водонепроницаемых переборок достигало 28, но некоторые из них имели лишь местное значение, ограничивая отсеки только на одной из платформ. Толщина их составляла от 15 до 5 мм, в зависимости от важности отсеков и свободной площади переборки.
Внешняя обшивка корпуса также выглядела весьма внушительно, если учитывать непременное требование к максимальной экономии веса. Ее толщина в основном равнялась 14 мм, хотя в наиболее важных поясьях достигала 20 мм. Как уже указывалось, при креплении листов применялась совокупность сварки и клепки. Основной конструкционный материал "Адмирала Шпее" — судостроительная сталь SТ-52, из нее выполнялось и большинство элементов набора. Верхняя палуба толщиной 10 мм обшивалась 55-мм тиковыми досками.
Надстройки «броненосцев» изготавливались в основном из стали (марки SТ-45). Доля легких сплавов, главным образом алюминия, составляла на «Шпее» менее 1 %. Они применялись только для разделительных переборок кают и декоративной обшивки. Настилы мостиков покрывались 50-мм брусками орегонской сосны.
Что касается общей компоновки помещений корпуса, то она сохранилась практически неизменной на всех единицах серии, за исключением разве что расположения дизель-моторов и соединительных муфт.
Более заметными были различия в надстройках. На головном корабле серии фок-мачта выполнялась в виде традиционной для немецкого флота полой трубы, внутри которой проходили кабели связи, ведущие к находящемуся на топе мостику и дальномерному посту. С боков и спереди к трубе лепились еще несколько мостиков и рубок. Остальные надстройки были сведены к минимуму. Такая схема, уходившая корнями к линейным кораблям и крейсерам первой мировой войны, оказалась неудачной для современного судна, тем более моторного. Сильная вибрация на больших ходах делала почти бесполезным пост управления огнем на топе. В небольшие надстройки не вписывались все необходимые для работы и обитания помещения. Поэтому на двух последующих «адмиралах» трубчатая мачта уступила место внушительной и в то же время изящной башенноподобной надстройке. Перед последней появилась значительная по объему обычная надстройка. Многие специалисты немецкого флота винили именно эту высокую и легко узнаваемую «башню» в быстром опознании "Адмирала графа Шпее" в ходе крейсерства и бою при Ла-Плате. Кроме того, вибрацию приборов не удалось полностью устранить и в этой конструкции. Из соображений сохранения единства внешнего вида всех германских кораблей и устранения лишнего "верхнего веса" на «Шеере» при модернизации в 1941 году установили такую же трубчатую мачту, как на «Дойчланде», но с другим расположением мостиков.