Однако там условия для проведения работ оказались куда менее удобными: не хватало ни квалифицированного персонала, ни кранов, ни, прежде всего, подходящего сухого дока. Работы затянулись, однако все же их удалось провести. Труднее оказалось парировать другой удар: решимость Гитлера покончить с собственным "большим флотом" после неудачного боя в Баренцевом море в новогоднюю ночь. Для спасения «Шеер» включили в Учебную группу флота, направив на него 500 кадетов, которые заменили часть кадровой команды. Учения перемежались вялыми работами по мелкому ремонту и дооборудованию остаток 1943 и первую половину 1944 года.
Между тем "настоящая война" подступала все ближе ко 2-й боевой (она же Учебная) группе. При рассмотрении действий «Лютцова» описаны события, связанные с попыткой отражения прорыва советских войска через перешеек Сворбе (Сырве) на острове Эзель (Саарема). Здесь же вступил в заключительную фазу своей истории — в качестве "большой канонерки" — и "Адмирал Шеер". 18 ноября 1944 года наше командование начало решительный штурм позиций фашистских войск. 2-я группа в это время находилась в море на маневрах. Первым из крупных кораблей в дело вступил "Принц Ойген", обстреливавший наступавшие части в течение 2 суток. Он выпустил более полутысячи 203-мм снарядов, почти полностью израсходовав находившийся на борту подходящий боезапас. Ему удалось избегнуть сколько-нибудь существенных атак нашей авиации (командование просто не смогло правильно идентифицировать цель и высылало лишь разрозненные группы самолетов), но зато привлек внимание. И максимально сильные удары пришлись на смешивший его 22 ноября «Шеер». В плохих погодных условиях "карманный линкор" вел огонь с большой дистанции и в течение первых суток наиболее активное ударное соединение авиации Балтфлота в этом районе — 9-я штурмовая авиадивизия (ШАД) — произвела лишь несколько самолето-вылетов. До сих пор присутствие столь сильного корабля с крупнокалиберной артиллерией всего в десятке миль от побережья Эзеля оставалось неизвестным. Однако первые же разведчики, взлетевшие утром 23 ноября с аэродрома Кагул, обнаружили его в бухте Лыу. Тем не менее, первые атаки штурмовиков Ил-2 предназначались малым боевым кораблям. Но им, по крайней мере, удалось сфотографировать «карманник» и точно опознать его. Командующий 9-й ШАД полковник Я.З.Слепенков попытался подготовить удар, а в воздухе уже находились дежурные эскадрильи. В полдень «Шеер» атаковали 8 пикировщиков Пе-2, которые, однако, в присутствии истребительного прикрытия над немецкой группировкой не решились атаковать решительным образом, сбросив 32 бомбы с горизонтального полета с высоты 2,5–3 км. Через 5 минут их сменили 3 «бостона» (A-20G) 51-го полка торпедоносцев. Однако на этот раз атака производилась методом топмачтового бомбометания. Несмотря на сильный зенитный огонь и атаки «фокке-вульфов» прикрытия наша тройка вышла на боевой курс и сбросила по 3 бомбы весом 500 и 250 кг. Попаданий не было; немцы активно маневрировали, считая, что их пытаются поразить торпедами. Все 3 самолета сумели избежать гибели от снарядов зениток и истребителей противника, хотя один из них, получивший тяжелые повреждения, разбился при посадке. Но этот день атак советской авиации только начинался.
В 12.40 на поле боя прибыли 2 звена «илов» 7-го гвардейского авиаполка, сбросившие 20 бомб (в основном 100-кг) и выпустивших 14 НУРСов. Хотя «Шееру» опять удалось избежать попаданий, речь об эффективной стрельбе по берегу уже не шла. В 14.15 FW-190 прикрытия ушли на заправку, и как раз в это время в дело вступили основные силы 9-й ШАД. На сей раз налет носил довольно организованный характер. Начали атаку 8 Ил-2, вооруженные легкими бомбами (100-кг) и РСами. Они должны были подавить расчеты зенитной артиллерии тяжелого крейсера и миноносцев сопровождения. Одна из бомб или НУРСов разорвалась на палубе «Шеера», однако потери и повреждения от этого попадания оказались совершенно несущественными. Сильный зенитный огонь встретил основную ударную группу, состоящую из трех звеньев Пе-2. И вновь наши самолеты отказались от наиболее эффективной атаки с пикирования, сбросив 36 бомб с горизонтального полета на высоте 3000 м. Завершила удар семерка Ил-2, вооруженная бомбами с замедлением. Однако и на сей раз прямых попаданий не было, хотя многочисленные разрывы в воде нанесли небольшие повреждения подводной части корпуса "карманного линкора".
Тем не менее, эти непрерывные атаки основательно попортили нервы германским морякам. «Шеер» со своим эскортом к 5 вечера отошел в открытое море на расстояние более 20 миль. Обстрел прекратился. Только с наступлением сумерек «карманник» вернулся к полуострову и продолжал периодические огневые налеты в течение всей ночи. К утру 24 ноября на борту оставалось всего 75 снарядов главного и 180 среднего калибра. За 2 суток он «выложил» на наши войска почти 200 т металла и взрывчатки, серьезно задержав наступление. Но максимум, которого удалось добиться, состоял в том, что германским войскам удалось в относительном порядке погрузиться на плавсредства и покинуть Сырве.