По окончании кампании на Моонзундском архипелаге «Шеер» вернулся в Готенхафен. Для дальнейших операций не имелось ни целей, ни топлива. Однако "карманный линкор" и его экипаж находился в высокой степени готовности. С приближением советских войск к территориям собственно Третьего Рейха предполагалось и в дальнейшем использовать его в качестве плавбатареи для сдерживания наступающего противника в прибрежных районах. В январе 1945 года "карманный линкор" перешел в Пиллау, а в начале февраля он в сопровождении 3 миноносцев поддерживал свои войска в районе Замланда, а 9 и 10 февраля — у Фрауэнбурга, выпустив в основном с очень больших дистанций (около 35 км) 915 крупнокалиберных снарядов и 87 150-мм. В этих стрельбах 18 февраля поздно вечером он встал на якорь в Пиллау; его корму развернули буксиром так, чтобы по берегу могли стрелять обе башни главного калибра. На рассвете 19-го все его орудия 283-мм и 150-мм калибра открыли огонь, поддерживая немецкие войска, предпринявшие контратаку с целью восстановления коридора между районом Кенигсберга и Пиллау с остальной Германией. Всего в этот день «Шеер» израсходовал 160 снарядов главного и 121 — вспомогательного калибров. Опасаясь ответа с берега, он вышел в море рано утром, но вернулся на свою позицию вечером и вновь стрелял в течение двух часов с 5.00 до 7.00 утра 20 февраля, выпустив еще 90 283-мм и 25 150-мм снарядов. Орудия «карманника» окончательно выработали свой ресурс и требовали немедленной замены стволов — работы, которую можно было осуществить только в Киле или Вильгельмсхафене. Именно туда и направился корабль 8 марта 1945 года, захватив на борт около 1000 человек беженцев и раненых. Однако на следующий день, находясь в районе Борнхольма, его командир получил сообщение о новом, не нанесенном на карты минном поле, находящемся где-то на пути. Ему пришлось завернуть в Свинемюнде и высадить там своих пассажиров. Мощные орудия тут же привлекли внимание армейских командиров, и «Шееру» вновь пришлось стрелять из своих изношенных стволов. За следующую неделю он выпустил по позициям советских войск еще 200 28-см и 547 15-см снарядов, полностью израсходовав боезапас главного калибра. Теперь имелся хороший предлог уйти на запад: в Свинемюнде 283-мм снаряды давно закончились. 16 марта корабль вновь вышел в Киль с 400 эвакуируемых. На сей раз поход удалось завершить: 18-го он стал у стенки завода "Дойче Верке" рядом с «Хиппером» и «Эмденом». При постановке в док с «Шеера» сняли легкую зенитную артиллерию и весь оставшийся боезапас. Работы по замене стволов шли медленно, прерываемые чуть ли не ежедневно авианалетами союзников на город. Только 8 апреля удалось ввести в строй кормовую башню. Замену в носовой пришлось проводить в отдаленном заливчике Хайкендорф с помощью плавучего крана; там опасность атак вражеской авиации несколько снижалась. Однако недостаточно. 9 апреля вечером на борту оставалось только менее сотни членов экипажа: аварийные партии и немногие специалисты. В 10 вечера начался очередной налет союзников, в котором приняло участие 600 бомбардировщиков, а спустя полчаса первые бомбы начали падать вокруг корабля. Уже через 15 минут, после первых попаданий, он лишился освещения и связи и получил крен в 16 градусов на правый борт. Остатки экипажа продолжали бороться, подав энергию к насосам; крен удалось остановить на 18 градусах — опасное, но не предельное значение. Однако бомбы продолжали падать и попадать в корабль или рваться рядом с бортом (в основном справа от корпуса). В 22.45 крен внезапно увеличился до 28 градусов, и команда начала покидать корабль. Лишенный топлива и боезапаса, "карманный линкор" высоко сидел в воде и имел малую начальную остойчивость, так что опрокидывание являлось неизбежным. Он и опрокинулся в течение следующей четверти часа на глубине 15 м, завершив свою карьеру. По отрывочным сведениям членов команды корабль получил 5 прямых попаданий, но главной причиной опрокидывания стали близкие разрывы по правому борту, открывшие брешь в корпусе длиной около 20 м.