Сутринта на 7 декември 1941 г. започнало неочаквано нападение на Японския флот срещу главната военноморска база на САЩ в Тихия океан — Пърл Харбър. Сред атакуващите кораби била и подводницата I-24, която била докарала до Пърл Харбър една свръхмалка подводница. Докато изчаквала завръщането й, I-24 имала големи затруднения с поддържане на диферента на перископна дълбочина поради разигралия се щорм и повредата на диферентовъчната помпа. Незначителната на пръв поглед авария попречила на подводницата да се потопи навреме и тя останала като на длан пред два приближаващи американски водосамолета. Те обаче не я атакували. Кораби за борба с подводници не се появили. По-късно (при завръщането си в Япония) подводничарите научили, че службата за радиозасичане приела предадена с открит текст радиограма от водосамолетите до техните кораби, че са открили подводница. Вероятно на американците съвсем не им е било до това — всичките им сили били ангажирани да отразяват силните въздушни атаки.
На американската подводница „Сийръвийн“ по време на боен поход в Тихия океан през 1942 г. станало късо съединение и изгоряло главното разпределително табло. Спрели работа дизелгенераторите и гребните електродвигатели. Три денонощия обездвижената подводница се намирала във водите на противника, а след това била провлачена благополучно до базата от друга американска подводница.
В годините на войната на немските подводници имало случаи да прониква вода през клапаните за газоотводите на дизелите. Водата постепенно се събирала в здравия корпус и накрая принуждавала подводницата да изплава на повърхността, макар и бойната обстановка да не позволявала това. На някои подводници пък фундаментите на дизелите се оказвали слаби и не издържали пренатоварването на дългите бойни походи.
Само за периода от 6 до 30 юни 1944 г. пет подводници от VII и IX серия на фашисткия подводен флот поради неизправности в механизмите се върнали в базата, без да изпълнят бойната задача.
През войната започнали и аварии от нов тип, практически невъзможни в мирно време. Към тях се отнася взривяването на мини в шахтите на подводните заградители при поставянето на минни заграждения (при такива аварии загинали няколко подводници през Първата световна война и не е изключено по същата причина да са загинали и други, причислени към „безследно изчезналите“). Има и подводници, поразени от собствените им кръжащи торпеда. Това също е авария — авария на системата „подводница и нейното оръжие“.
В края на март 1944 г. точно така трагично загинала американската подводница „Талиби“ (тип „Балао“). През нощта на 26 март „Талиби“ открила с помощта на радиолокатор японски конвой и тръгнала да го атакува, като изстреляла две торпеда срещу най-големия транспортен кораб. Примерно след минута и половина подводницата била разтърсена от силен взрив и почти мигновено потънала.
Всичко това разказал на японците взетият от тях в плен старшина от „Талиби“ — единственият от загиналата подводница, който се спасил. Японците не си приписали като заслуга унищожаването на „Талиби“: нито един от ескортиращите кораби не забелязал „Талиби“ и не можел да я контраатакува. Единствената версия, която и времето, изтекло от момента на торпедния залп до взрива на „Талиби“, потвърждава, е, че подводницата е ударена с едно от собствените й торпеда (второто торпедо все пак поразило целта).
Ако в случая с „Талиби“ остават някакви съмнения относно причината за гибелта й, то безусловно е доказано, че друга американска подводница — „Танг“ — загинала от собственото си кръжащо торпедо. На 24 октомври същата година тя тръгнала в надводно положение да атакува повреден японски транспортен кораб. Първото от торпедата попаднало в целта, но корабът останал на вода. Командирът заповядал да се пусне второ торпедо, но то се отклонило наляво и започнало да кръжи, което се наблюдавало добре от мостика на подводницата по следите от въздушните мехурчета на торпедния двигател. Командата за пълен ход и маневра за отклоняване от торпедото закъсняла и след известно време силен взрив разтърсил подводницата. След взрива „Танг“ потънала, а спасилите се подводничари били взети в плен.
Списъкът на подводниците, загинали в годините на войната поради аварии, във всички случаи е непълен и не съвсем достоверен, макар че след края на войната навсякъде била извършена голяма работа за установяване на действителните загуби и на причините за тях. До наши дни обаче някои подводници продължават да се причисляват към загиналите по неустановени причини (възможно и поради аварии). Съществуват например различни версии за гибелта на японските Ro-65 (разбила се в скали или потопена от американската авиация), I-169 (авария или авиобомба), немските U-235 (сблъскване или погрешно потопена от свой кораб), U-382 (сблъскване или авиобомба), U-703 (сблъскване с буй или мина) и още много други.