По повелению Екатерины II весной 1796 г. был сформирован Кавказский корпус под командованием графа Валерьяна Зубова. Часть этого корпуса (6 батальонов, 4 полка драгун при 21 орудии) была направлена к Дербенту, а часть (2 батальона, 4 конных полка при 6 орудиях) двинулась через Грузию.
С моря Кавказский корпус поддерживала Каспийская флотилия.
7 мая 1796 г. был взят Дербент. Но смерть Екатерины Великой прервала наступление русских войск. Павел I в пику покойной матери отозвал русские войска из Закавказья.
После нашествия Ага-Магомета царь Ираклий II не рискует возвращаться в Тифлис и обосновывается в Телави.
11 января 1798 г. умер царь Ираклий II, и на престол Картли (Карталинии) и Кахетии вступил его сын Георгий XII.
Еще при жизни отца у Георгия были напряженные отношения со своими братьями, а после смерти Ираклия эти отношения еще больше обострились. Царевичи разъехались по своим уделам и не подчинялись царю. Грузинские князья и азнауры разделились на две группы. Одна группа поддерживала сына Георгия XII Давида, а другая – сына Ираклия II Юлона.
Население Картли и Кахетии жестоко страдало от голода и чумы. Отряды турок из Ахалцыха и лезгины из Дагестана постоянно разоряли царство.
Тем временем новый персидский владыка Фет-Али-хан предложил Георгию XII свое покровительство, обещая отдать ему Шеки, Ширван, Ганджу и Эривань и угрожая, в случае отказа, повторением ужасов персидского вторжения. Тогда Георгий через посланника обратился к Сибирскому кабинету с отчаянным письмом, в котором высказывал, что только немедленная присылка в Грузию русских войск может спасти ее от окончательного уничтожения.
Тогда по указанию Павла I инспектор Кавказской линии генерал-лейтенант Кнорринг отправил в Грузию отряд генерал-майора Лазарева в составе егерского полка, четырех орудий и команды казаков. После тяжелого похода, 26 ноября 1799 г., отряд вступил в Тифлис, а 12 декабря состоялось торжественное коронование и присяга Георгия XII на верность России. Затем русский резидент в Грузии Коваленский официально сообщил шаху о принятии царя грузинского под верховную власть и покровительство русского императора.
Фет-Али-шах, отправляясь в поход против афганцев, поручил своему сыну Аббасу-Миразе привести Грузию в повиновение. В связи с этим в Картли был отправлен дополнительный контингент русских войск во главе с генерал-майором Гулковым. Мушкетерский полк при четырех орудиях и сотня казаков 23 сентября 1800 г. прибыли в Тифлис. В итоге в Тифлисе оказалось около трех тысяч русских. Но это не помешало картлийскому царевичу Александру перейти на сторону персов и призвать Омар-хана аварского на борьбу с Георгием XII и русскими.
В середине октября 1800 г. из Дагестана в Кахетию вторгся Омар-хан с 20 тысячами лезгин. Хан двинулся на Тифлис. Навстречу ему выступил генерал-майор Лазарев с двумя батальонами, сотней казаков и четырьмя орудиями, а также с грузинским ополчением. 7 ноября Лазарев разбил Омар-хана при переправе через реку Иору. Раненый Омер-хан бежал в Джары, а Александр укрылся в Шушу.
12 ноября Лазарев вернулся в Тифлис, где нашел Георгия XII сильно больным. Чувствуя приближение смерти и сознавая, что Грузия сама не в состоянии найти успокоения, царь Георгий обратился с письмом к Павлу I, заявив, что грузинский народ желает навсегда вступить в полное подданство России.
Манифест о присоединении Грузии был подписан 18 декабря 1800 г., а 28 декабря скончался Георгий XII.
Манифест умалчивал о династических правах династии Багратидов, и поэтому царевич Давид после смерти отца отправил в Петербург своих послов Авалова и Палавандова, чтобы те выяснили, кого из царевичей российский император назначит правителем Картлии и Кахетии.
Император Александр I передал вопрос на усмотрение Государственного Совета, который «не нашел возможным сохранить звание царя» в Картлии и Кахетии. Поэтому 12 сентября 1801 г. Александр I издал новый «Манифест об учреждении внутреннего управления Грузии», в котором говорилось: «Вникая в положение ваше и видя, что посредство и присутствие войск российских в Грузии и доныне одно удерживает пролитие крови нам единоверных и конечную гибель, уготованную вам от хищных и неверных сопредельных вам народов, желали мы испытать еще, нет ли возможности восстановить первое правление под покровительством нашим и сохранить вас в спокойствии и в безопасности. Но ближайшие по сему исследования наконец убедили нас, что разные части народа грузинскаго, равно драгоценным нам по человечеству, праведно страшатся гонения и мести того, кто из искателей достоинства царского мог бы достигнуть его власти… А посему, избрав нашего генерал-лейтенанта Кнорринга быть главноуправляющим посреди вас, дали мы ему полныя наставления открыть сие правление особенным от имяни нашего объявлением…