К сожалению, правительство при Михаиле Федоровиче сформировалось слабое. Верховодили его родичи, неумные Салтыковы. Войну повели «растопыренными пальцами», стали собирать не одну, а две армии, Черкасского против поляков и Трубецкого против шведов. Но они получились малочисленными, Черкаксский не смог взять Смоленск, а Трубецкой – Новгород. Быстро омрачилась и дружба с казаками. Правительство затеяло «разбор» станиц, чтобы в них остались «старые» казаки, а «новых», приставших в Смуту, требовалось удалить. Правда, предусматривалось делать это «по доброй воле», по рассмотрению и «челобитью» самих казаков. А бывшим холопам и крепостным предоставлялся выбор – возвращаться к прежнему хозяину или идти к другому. Но они уже прижились в станицах, сроднились в боях. И казаки резко воспротивились, заявив: «С Дона выдачи нет!» При попытках «разбора» отряды стали уходить со службы на Дон. Или действовали самостоятельно, кочевали по Оке и заключали соглашения с местными жителями – те выделяли снабжение, а казаки обороняли их от татар и поляков.
Кроме того, Москва попыталась заключить против Польши союз с Турцией, для чего потребовала от донцов пребывать в мире с Азовом и Крымом. Но ведь они-то не прекращали нападений! В 1615 г., когда царское посольство к султану проезжало через Азов, туда после очередного набега привели пленных казаков и атамана Матвея Лиственникова . На площади их подвергли нечеловеческим мукам, резали из спин ремни. Прощать такое казаки не привыкли. Осадили Азов. Взять его не смогли, но вышли в море и сожгли Синоп. А запорожцы добавили, их эскадра появилась уже возле Стамбула, «окуривала его мушкетным дымом», ограбила виллы в окрестностях. Султан выслал на казаков флот, но его разгромили возле устья Дуная, захватив несколько кораблей и пленив капудан-пашу (адмирала). Турки были в бешенстве, визирь обвинял русских послов. Те оправдывались, что казаки «народ вольный», подданными царя не являются. Однако турки знали, что эти же послы привезли на Дон жалованье, уличали в обмане, и подписание союзного договора сорвалось.
Но обошлись и без турок. Шведский король Густав II Адольф обломал зубы, попытавшись взять Псков (в героической обороне участвовали и несколько казачьих станиц). А партизанская война показала королю, что удержать Новгородскую землю будет непросто. И он согласился заключить мир, удовлетворившись тем, что снова отобрал районы, прилегающие к Финскому заливу. Был этим очень доволен и восклицал: «У русских отнято море!» Поляки же мириться не хотели, предприняли еще одно наступление. Однако Польша уже выдыхалась. В войско под командование королевича Владислава собрали лишь 10–15 тыс. человек. Оно дошло до Можайска и попало в трудное положение, обложенное с нескольких сторон русскими ратями. Спас королевича Сагайдачный. Гетман Жолкевский провел с ним переговоры. Пообещал увеличить реестр казаков до 12 тыс., восстановить права Православной Церкви на Украине. И Сагайдачный, собрав 20 тыс. казаков, вторгся в Россию, сжег Ливны, Елец. Царское правительство принялось перетасовывать силы, и поляки с украинцами, воспользовавшись этим, с двух сторон прорвались к Москве. Взять ее не сумели, штурм был отбит. И лишь после этого в 1618 г. Польша согласилась заключить перемирие на 14 лет. На очень тяжелых условиях – к Речи Посполитой отошли Смоленщина, Черниговщина, Северщина.
Тем не менее измученная Русь наконец-то обрела мир. А из плена вернулся отец царя Филарет. Он был поставлен патриархом, но одновременно принял титул государя и стал фактическим правителем при сыне. И именно он стал восстановителем Руси после Смуты. Разогнал из правительства временщиков и проходимцев, провел ряд важных реформ. При нем были упорядочены и взаимоотношения Москвы с Доном. Определился размер ежегодного жалованья войску: 7 тыс. четвертей муки, 500 ведер вина, 260 пудов пороха, 150 пудов свинца, 17 142 руб. деньгами и еще 1169 руб. 60 коп. «на будары» (баржи, которыми все это перевозилось). Для строительства будар Филарет (а не Петр I) организовал судоверфи в Воронеже. А от Дона в Москву каждую зиму стала присылаться «зимовая станица» из атамана и сотни отличившихся казаков, привозила «отписки» о войсковых делах. Если требовалось решить какие-то срочные вопросы, присылались «легкие станицы» из 5—10 казаков. Но при этом Дон сохранял полную автономию, казаки подданными России не числились, и их принимали в Иноземном приказе (ведавшем служилыми иностранцами) [35].