Новая единая военная структура продолжала носить прежнее название – «войско». Она располагала полнотой власти в пределах всей территории. В качестве самостоятельного государственного образования Великое войско Донское было признано Запорожьем, Польшей и Ираном.
В Войске был единый центр, где находился войсковой атаман, собирался Круг и войсковой суд. Сначала это был городок Раздоры, в конце ХVI века центр переместился в низовья Дона, в городок, название которого точно неизвестно, но в грамотах того времени его уклончиво называют «Стыдное имя». В 1613 году новым центром стал городок Монастырский, расположенный немного ниже городка Черкасского.
Власть Войска на Дону считалась единственной и непререкаемой. Войско пресекало возникновение самостоятельных независимых поселений, и если они появлялись, безжалостно их разоряло. Строго соблюдалась система обычаев и запретов, сложившихся на Дону. Все так же под страхом смерти запрещали пахать землю, что, по мнению Войска, вело к экономическому неравенству и падению боеспособности.
Вот так в начале ХVII века сложился тип казака – универсального воина, одинаково способного участвовать в морских набегах, сражаться на суше в конном и пешем строю и, как показало недалекое будущее, прекрасно знающего фортификацию, минное и подрывное дело.Значительная часть казачества дорожила независимостью Дона и понимала, что царское жалованье влечет за собой экономическую зависимость от Москвы. Выход виделся в захвате крупнейшего экономического центра Причерноморья – города Азова. Опираясь на него, Войско Донское держало бы под контролем Азовское море и другие важные торговые пути.
В 1636 году, после очередного опустошительного набега крымских татар, русское правительство стало строить засечную черту – огромную по протяженности систему укреплений. Но, отгораживаясь от татар, Москва одновременно отгораживалась и от казаков. По крайней мере, многие казаки восприняли это именно так.
9 апреля 1637 года на Войсковом круге донские казаки решили взять Азов, не ставя в известность российское правительство. С 21 апреля началась осада, которую возглавил атаман Михаил Татаринов. В союзе с донцами были запорожцы. Одни казаки отвлекали турок перестрелкой из-за плетеных туров, другие день и ночь вели подкоп под стены. Руководил подкопами казак «родом из немецкой земли» Иван Арадов. 16 июля взрыв разрушил часть стены. Казаки бросились в пролом. С другой стороны крепости донцы и запорожцы полезли на стены по лестницам. К концу дня Азов был взят, турецкий гарнизон перебит. Казаки объявили Азов центром Войска Донского.
Царское правительство, боясь ухудшения отношений с Турцией, выразило свое недовольство казакам. Но поскольку после взятия Азова татарские набеги из Крыма резко сократились (казаки из Азова напрямую угрожали крымским берегам), царь и бояре стали слать казакам повышенное жалованье, хотя в переговорах с турками и осуждали казачье предприятие.
Казаки объявили в Азове беспошлинную торговлю, а сами готовились отбить у турок еще и Темрюк, чтобы окончательно укрепиться на Азовском море.
Турки долго не могли собраться и отвоевать Азов. Им мешала война с Ираном и смена султанов. Наконец только что вступивший на престол султан Ибрагим I назначил поход на 1641 год.
В июне огромное турецкое войско осадило город. Источники говорят, что султан послал под стены Азова 240 тысяч человек, среди них были наемники и специалисты минного дела из Европы. Семь с половиной тысяч казаков сели в осаду, отказавшись сдать город. Но это было далеко не все войско. Часть низовцев отказалась поддержать осажденных, заявив: «Лучше мы умрем за свои черкасские щепки, чем за ваши азовские камни». Но многие казаки с Верхнего Дона стали прорываться в осажденный Азов, чем оказали большую помощь защитникам.
Первый жестокий штурм был отбит, причем погибли все европейские наемники, посланные турками на стены первыми. Тогда турки блокировали город и начали минную войну – стали подводить под стены подкопы, чтобы взорвать их. Но казаки превзошли противника в этом искусстве. Против подкопов они вели контрподкопы и подземными взрывами уничтожали вражеских минеров.
Новые попытки штурма, когда турки волнами накатывались на стены в течение трех дней, тоже были отбиты. Турецкая артиллерия сровняла многие азовские стены с землей, но казаки зарылись в землю, делали постоянные вылазки и не пускали врага в город.
Турки пошли на переговоры и предложили казакам сдать город за выкуп. Те ответили: «Не дорого нам серебро и злато, дорога нам слава вечная».
В августе атаки прекратились. Последний турецкий штурм вели всего 7 тысяч добровольцев, набранных со всей турецкой армии. Турки уже не имели сил для продолжения осады. Чтобы оправдаться перед султаном, они совершили несколько набегов на близлежащие казачьи городки и 26 сентября сняли осаду с Азова. Войско Донское одержало победу, но досталась она дорогой ценой. Из осажденных уцелело чуть больше тысячи человек. Большая часть донских казаков полегла на азовских стенах.
Уцелевшие понимали, что им не удержать крепость своими силами, и после осады в Москву было послано посольство во главе с Наумом Васильевым, который сначала возглавлял оборону города. Посольство предлагало правительству «принять город под высокую руку русского государя». Но правительство после войны с поляками боялось новой войны с турками. Кроме того, было известно, что крепостные стены Азова разрушены. Поэтому в Москве отказались принять Азов у Войска Донского, а казакам посоветовали оставить город. Не имея сил для продолжения борьбы с огромной Османской империей, казаки в мае 1642 года оставили Азов. Скоро туда вошли турки.
Азовское осадное сидение прославило Войско Донское во многих странах Европы и Азии. Оно показало, что донское казачество является серьезной силой в международных отношениях, способной противостоять даже такой грозной империи, как Турецкая.
После возвращения Азова турки и татары пытались вовсе выбить казаков с Нижнего Дона. Но казаки отсиделись в Раздорах и низовом Черкасском городке, а с 1644 года вообще объявили его своей столицей. Но силы казаков были подорваны, цвет войска погиб в Азове. Это давало возможность русскому царю усилить русское присутствие на Дону.
В 1646 году московские власти, стремясь укрепить Войско Донское, стали собирать на юге страны добровольцев из числа вольных людей на пополнение казачества. Часть «новоприборных» казаков не выдержала тягот жизни на Дону и разбежалась, но значительная часть осталась. В результате Войско Донское только за один год было практически на треть разбавлено «новоприборными» казаками.
Показывая силу, правительство потребовало, чтобы за жалованьем казаки являлись в стан к московскому посланнику, когда он прибудет в Черкасский городок, а не принимали его на Войсковом круге, как было раньше. Тем самым посланник ставился как бы выше Круга. Казаки отказались от такого порядка. После долгих препирательств пришли к компромиссу: передача жалованья происходила на нейтральном месте у часовни.После окончательного оформления в России крепостного права (1649 г.) на Дон хлынули закрепощаемые крестьяне и последние вольные люди. Численность донских казаков резко возросла. Новые люди, которые становились казаками, еще не успели обзавестись имуществом, как это было у многих старых казаков. Они пополняли ряды голытьбы. После Азовского осадного сидения турки укрепили выход из Дона в Азовское море, и значительная часть голытьбы стала переволакивать струги на Волгу и выходить в Каспийское море для грабежа морских судов.
Московские власти требовали прекратить эти походы. Казачья верхушка и старые обеспеченные казаки сами неуютно чувствовали себя среди них. Они просили у Москвы дополнительное жалованье для раздачи. Но царское правительство в это время само испытывало затруднения с деньгами. Дополнительного жалованья на Дон не послали. В результате Войско Донское стало волноваться, а крестьяне в Центральной России, угнетаемые помещиками, готовы были поддержать любое выступление казаков против московских властей.