Вопрос о борьбе с иностранным шпионажем, белоэмигрантскими центрами и подпольными организациями на территории советской России решился при создании 8 мая 1922 года Контрразведывательного отдела (КРО) ОГПУ. «Синдикат-2» стал первой операцией, проведенной КРО. Цель ее заключалась в аресте объявленного государственным преступником Б.В. Савинкова. Проведением оперативной игры занимались начальник КРО А.Х. Артузов, его заместитель Р.А. Пилляр и помощник С.В. Пузицкий (выступал в роли руководителя военного отдела легендированной организации «Либеральные демократы» (ЛД) профессора артиллерийской академии Новицкого), а также личный состав 6-го отделения КРО ГПУ: начальник отделения И.И. Сосновский, его помощник Н.И. Демиденко, старший оперуполномоченный А.П. Федоров, уполномоченные Г.С. Сыроежкин, С.Г. Гендин, оперуполномоченный полномочного представительства ОГПУ по Западному краю И.П. Крикман. Общее руководство операцией осуществляли Ф.Э. Дзержинский и В.Р. Менжинский.
Операция началась летом 1922 года с ареста одного из деятелей НСЗРиС, адъютанта Савинкова, бывшего царского офицера Л.Д. Шешени. Шешеня перешел советско-польскую границу для связи с савинковскими агентами М.Н. Зекуновым и бывшим штабс-капитаном В.И. Герасимовым. На допросе в ГПУ он рассказал о деятельности НСЗРиС на советской территории. На основании показаний Шешени было ликвидировано несколько ячеек этой организации в Западном крае (Белоруссия и Смоленская губерния) и арестованы связники Савинкова. Герасимов был осужден к расстрелу, а Зекунов завербован ГПУ для проведения операции «Синдикат-2». Были присвоены псевдонимы новым агентам: Зекунову — «Михайловский», Шешене — «Искра». Следующим этапом оперативной игры стало легендирование антисоветской организации «Либеральные демократы» в Москве. Лидером ЛД был назначен сотрудник КРО, занимавшийся закордонной работой, А.П. Федоров (псевдоним «Петров-Мухин»), для контакта с НСЗРиС представляемый как белый офицер.
Информация о составе и деятельности ЛД была предоставлена в письме, адресованном родственнику Шешени в Варшаве, члену НСЗРиС И.Т. Фомичеву. Поездка Зекунова в декабре 1922 — январе 1923 гг. в Польшу дала следующие результаты: Передача письма, содержащего дезинформацию о московской либерально-демократической группе, установление контакта с руководителями варшавского НСЗРиС И.Т. Фомичевым, Д.В. Философовым, бывшим членом Одесского военно-окружного суда Е.С. Шевченко и писателем, автором известного порнографического романа «Санин» М.П. Арцыбашевым. Также Зекуновым была возобновлена связь с польской разведкой (он передал ее представителям полученный от «Новицкого» — С.В. Пузицкого «подлинный» приказ по артиллерии РККА об обследовании артскладов в Московском военном округе и копию докладной записки о создании при Штабе РККА отделения по изучению польской армии), выявлены планы ее подрывной работы против СССР и установлены агенты Савинкова на советской территории: Веселов, Горелов, Нагель-Нейман, Росселевич и другие (впоследствии арестованные сотрудниками ОГПУ). Также были арестованы и осуждены посланные Савинковым в СССР для организации терактов против советских руководителей бывшие офицеры В.И. Свежевский и М.Н. Гнилорыбов (находясь во Внутренней тюрьме на Лубянке, полковник Гнилорыбов, обезоружив охранника, пытался проникнуть в кабинет Ф.Э. Дзержинского, но был схвачен чекистами А. Беленьким и Б. Алтайским).
Переговоры с варшавским и парижским центрами контрреволюционной организации, а также с польской разведкой привели Савинкова к убеждению возглавить ЛД. На встрече Фомичева с деятелями фиктивной советской группы в Москве (апрель 1923 года) было принято решение создать «Московский комитет НСЗРиС» и направить в Париж к Савинкову представителей «Либерально-демократической организации». Также Фомичев был снабжен военной дезинформацией для польской разведки. «Михайловский» (Зекунов) вместе с Федоровым («Мухин-Петров») по приезде в Польшу встретились с капитаном Секундой из экспозитуры (пограничного пункта) № 1, который согласился оплачивать информацию о Красной Армии и передал Шешене деньги для выполнения особого задания. Получив «разведывательные материалы», польские спецслужбы предложили Федорову сотрудничество. Для закрепления связи ОГПУ и Шешени Зекунов привез из Польши в Москву жену последнего, Александру Зайченок.