Свои тюремные ощущения вспоминал как тяжелый, навязчивый сон. «Постоянная тревога за родных, чувство горькой вины перед сослуживцами, да и вообще перед народом за то, что не получилось так, как хотелось, ради чего рисковал. Но, пожалуй, самое гнетущее — это смерть людей, с которыми очень многое связывало, которых хорошо знал и глубоко уважал». Крючков имел в виду главу МВД Пуго, маршала Ахромеева. О тюремных буднях: «Радиоточка да одна-две газеты — вот и весь источник информации. Узнать можно многое, однако объем информации — голодный паек по сравнению с тем, что несколько дней назад было в моем распоряжении. Счет ведется на недели, от бани до бани. Тюремные радости — лишняя газета, хороший матрац, второе одеяло, чудом полученная весточка от родных и друзей. Вот, пожалуй, и все. Иногда даже не знаешь, то ли радоваться им, то ли печалиться».
Первый раз обвинение ему было предъявлено 31 августа 1991 года. Постановление за подписью заместителя Генерального прокурора РСФСР Е. Лисова. Статья 64, пункт «а» УК РСФСР — измена Родине.
Второй раз обвинение предъявили 13 декабря того же года.
Крючкова и всех проходивших по делу ГКЧП уведомили, что Генпрокуратура России приняла решение о прекращении уголовного дела по факту измены Родине — по статье 64, пункт «а». Основание — отсутствие состава преступления, которое подпадало бы под статью об измене Родине. Теперь им инкриминировался заговор с целью захвата власти. Статья оставалась прежняя — 64-я, но обвинение было другое.
На допросе 17 декабря 1991 года показал: «Поступали сведения о глубоко настораживающих задумках в отношении нашей страны. Так, по некоторым из них, население Советского Союза якобы чрезмерно велико, и его следовало бы разными путями сократить. Речь не шла о каких-то нецивилизованных методах. Даже производились соответствующие расчеты. По этим расчетам, население нашей страны было бы целесообразно сократить до 100–150 млн человек. Определялся срок — в течение 25–30 лет. Территория нашей страны, ее недра и другие богатства в рамках общечеловеческих ценностей должны стать достоянием определенных частей мира. То есть мы должны как бы поделиться этими общечеловеческими ценностями.
Докладывалось ли все это высшему руководству страны? Регулярно!»
За время пребывания в «Матросской Тишине» у него сменились три следователя и восемь сокамерников. В январе 1992 года третий следователь объявил об окончании следствия. И тогда Крючков приступил к ознакомлению с материалами своего дела. Их было 125 томов по 300 страниц в каждом.
В июле 1992 года Крючков направил письмо Ельцину с категорическим несогласием высказанного им в телеинтервью утверждения о том, что главная вина за развал Союза лежит на ГКЧП. «Очень многие уже подметили, — писал Крючков, — главную черту, присущую всей вашей деятельности, тягу не к созиданию, а к разрушению. Последние два года до августа 1991 года вы всю свою энергию направляли исключительно на разрушение центра, “имперского союза”, разносили в пух и прах буквально все, что было сделано до вас. Показывали, как плохо живут люди, щедро рассыпая при этом обещания».
Письмо было большое, Крючков заканчивал его такими словами: «Я достаточно хорошо знаю вас и полагаю, что это письмо не пройдет мне даром, но мне уже 69-й год, так что жизнь в любом случае уже позади. Оглядываясь назад, могу сказать, что мне нечего стыдиться, сожалеть приходится не о содеянном, а о том, чего не успел или не сумел сделать».
20 августа 1992 года ему предъявили еще одно постановление о привлечении в качестве обвиняемого. Это было уже третье по счету обвинение. Вина Крючкова и других лиц по делу ГКЧП уже квалифицировалась как измена Родине в форме заговора с целью захвата власти. К этому уголовному делу приобщили другое уголовное дело по факту столкновения военнослужащих и гражданских лиц в ночь на 21 августа 1991 года в тоннеле под Калининским проспектом, в результате чего погибли три человека и несколько из числа гражданских лиц и военнослужащих получили ранения. А это еще 15 томов, приобщенных к 125 томам основного уголовного дела.
В январе 1993 года содержавшимся под стражей Крючкову, Янаеву, Павлову, Язову, Бакланову, Тизякову изменили меру пресечения под подписку о невыезде. В постановлении было сказано: «При этом учитывается, что предварительное следствие по делу окончено, а также принимаются во внимание их возраст, длительное пребывание в изоляции, состояние здоровья и резкое обострение хронических заболеваний».