С 1946 года был на комсомольской, затем на партийной работе. В 1968 году с должности второго секретаря Алтайского крайкома КПСС по решению Политбюро ЦК направлен в органы госбезопасности. Стаж его работы в КГБ — почти четверть века.
С 1987 года входил в состав рабочей группы Комиссии Политбюро ЦК КПСС по дополнительному изучению материалов, связанных с репрессиями, имевшими место в период 19301940 и начала 1950-х годов. На заседании комиссии 17 октября 1989 года проинформировал, что с начала процесса реабилитации, с 1954 года, рассмотрено около 760 тысяч дел, по которым проходило около 1,2 млн человек. Из них реабилитировано 868 300 человек, отказано в реабилитации 212 тысячам.
Награжден двумя орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции, тремя орденами Трудового Красного Знамени, орденами Отечественной войны I и II степени. Скончался в 2009 году в возрасте 85 лет.
Генерал-полковник Илья Яковлевич Калиниченко командовал Пограничными войсками КГБ СССР и одновременно был заместителем председателя КГБ. Крючков называл его честным службистом, для которого работа, верность долгу, Родине составляли основу жизни.
Его имя было включено в список должностных лиц КГБ СССР, в отношении которых проводилось расследование о их роли и участии в событиях 19–21 августа 1991 года. Калиниченко было указано на «проявленную политическую незрелость и недальновидность в действиях по выполнению распоряжений вышестоящих начальников, способствовавших деятельности путчистов».
В чем проявились «политическая незрелость» и «недальновидность»?
Во-первых, 18 августа он поставил задачи Симферопольскому погранотряду и Балаклавской бригаде пограничных сторожевых кораблей по усилению охраны района зоны отдыха президента СССР и подчинению командиров этих частей только начальнику Службы охраны генерал-лейтенанту Ю.С. Плеханову и его заместителю генерал-майору В.В. Генералову.
Во-вторых, узнав 19 августа о введении чрезвычайного положения в стране, отдал распоряжение об усилении охраны госграницы, а на совещании Главка объявил распоряжение о переводе войск в состояние повышенной боевой готовности.
В-третьих, подписал и направил в войска подготовленное начальником Военно-политического управления погранвойск генерал-лейтенантом Н.В. Бритвиным указание, в котором предлагалось широко вести пропаганду среди всех категорий военнослужащих документов ГКЧП и принять участие в работе создаваемых на местах ГКЧП в интересах выполнения служебных задач. Этим документом, подписанным также секретарем парткома Погранвойск генерал-майором В.Г. Анцуповым, рекомендовалось обсудить меры по реализации решений ГКЧП на партийных собраниях.
В декабре 1991 года Калиниченко получил должность государственного советника РСФСР-РФ по вопросам охраны границы, затем возглавлял Межгосударственный комитет по этим же вопросам. В 1993 году ушел в отставку. Скончался в 1997 году в возрасте 66 лет.
Крючков высоко отзывался о работе 16-го управления КГБ, отмечал, что на его счету было немало изобретений высочайшего уровня. 17 лет провел там на разных должностях, включая должность первого заместителя начальника управления генерал-майор Алексей Алексеевич Денисов. В июне 1990 года Крючков назначил его своим заместителем. Денисов был освобожден от этой должности через две недели после ареста Крючкова.
Генерал-майор Валерий Федорович Лебедев стал заместителем Крючкова в январе 1991 года. В КГБ с 1972 года. Руководил различными подразделениями в 5-м управлении, был заместителем его начальника, консультантом группы консультантов при председателе Крючкове, руководителем службы оперативного анализа и информации КГБ, начальником аналитического управления КГБ.
Согласно «Заключению комиссии по материалам расследования роли и участия должностных лиц КГБ СССР в событиях 19–21 августа 1991 года», Лебедев «дал указание об организации 18 августа наружного наблюдения за рядом руководителей СССР и РСФСР, народных депутатов СССР и РСФСР, видных общественных деятелей, административном задержании отдельных из них…»
Еще из «Заключения…»: «Создал группу информационного обеспечения режима чрезвычайного положения, осуществлял руководство мероприятиями по подготовке и распространению документов ГКЧП, а также касающихся деятельности средств массовой информации, в том числе в отношении радиостанции “Эхо Москвы”».
Лебедеву было также инкриминировано, что он по приказанию Крючкова отправил командующему Московским военным округом Калинину чистые бланки распоряжений об административных арестах.