Второй и, возможно, главной причиной послужило внутриполитическое положение Московского государства, часто повторявшиеся восстания городских низов и крестьянства. В этой обстановке царю Алексею Михайловичу приходилось заботиться о создании надежного убежища на севере, далеко от Москвы. Показательно в этом смысле тесное участие в деле строительства новой крепости Бориса Ивановича Морозова. Во время московского восстания 1648 года возмутившийся народ требовал выдачи для расправы наиболее ненавистных бояр, в их числе и Морозова. Желая спасти своего любимца, царь Алексей Михайлович тайно отослал боярина в Кирилло-Белозерский монастырь. В грамоте игумену монастыря и соборным старцам царь указывает, чтобы никто не сведал о местонахождении боярина: "...а если сведают, и я сведаю, и вам быть казненным, а если убережете его так как и мне добра ему зделаете, и я вас пожалую так, чево от зачяла света такой милости не видали". Царская милость выразилась в пожаловании 40 тысяч рублей на строительство крепости.
Новой крепости Кириллова монастыря, как и многим другим, возведенным в XVII столетии, так и не суждено было увидеть неприятеля. Грандиозные башни и стены, поражающие воображение своей суровой красотой, с развитием военной техники потеряли былое значение неприступной твердыни. Монастырь, как и весь Белозерский край, оказался далеко в стороне от основных политических событий Российской империи.
На рубеже XVII и XVIII веков интенсивная строительная деятельность монастыря прерывается. Грандиозные замыслы Петра 1 требовали для своего воплощения многих тысяч рабочих рук. Одна за другой приходили в монастырь царские грамоты с требованием присылки для "государева дела" всех монастырских каменщиков, плотников и других людей строительных специальностей. К тому же экономическое положение Кириллова монастыря оказалось далеко не столь блестящим, как прежде. Монастырь больше не нуждался в возведении новых зданий. Строительные работы в основном ограничивались ремонтом и перестройкой существовавших сооружений.
В ХVIII-ХIХ веках Кирилло-Белозерский монастырь уже полностью потерял свое былое значение культурного центра. Художественной ценности его древних построек долгое время не придавали значения, и об их сохранении не слишком заботились. В 1800 году в ответ на просьбу отпустить деньги на ремонт монастырских зданий Новгородский митрополит Гавриил распорядился сломать церкви Гавриила, Введения, Ефимия и некоторые другие замечательные памятники. К счастью, намечавшиеся разрушения были осуществлены лишь в малой степени за недостаточностью средств. И все же с конца XVIII до середины XIX века многие древние здания сломали, а другие нещадно переделали. Но, несмотря на все искажения, замечательный архитектурный ансамбль Кирилло-Белозерского монастыря и сейчас производит незабываемое впечатление суровой простотой своих башен и благородной изысканностью архитектуры храмов.
С начала и особенно с середины прошлого века древности Кириллова монастыря начали привлекать любителей старины и стали предметом изучения. Некоторые из исследователей, такие как кирилловские архимандриты Варлаам и Иаков, были напрямую связаны с монастырем. Окончил свою жизнь в Кириллове и похоронен там один из первых историков русской церкви Пензенский архиепископ Амвросий (Орнатский), опубликовавший ценнейшие документы по истории монастыря. Особую научную ценность имеет посвященный монастырю капитальный труд Н. К. Никольского, вышедший в двух томах (1 выпуск - в 1897 году, II выпуск - в 1910 году).
После упразднения монастыря в 1924 году в нем организовали историко-краеведческий музей, позднее преобразованный в историко-художественный, а в 1968 году объявленный заповедником. В 1919 году были начаты реставрационные работы, которыми долгое время руководил архитектор В. В. Данилов, первым начавший архитектурно-археологическое изучение кирилловских памятников. Новый этап реставрационных работ отсчитывается от 1957 года. С тех пор реставрация в Кириллове идет непрерывно. Работы ведутся комплексно, наряду с самими зданиями реставрируются стенопись и находящиеся в церквах иконостасы.
На территорию монастыря перевезены в целях сохранения два деревянных сооружения, из которых особую ценность имеет церковь села Бородавы (1485),один из древнейших сохранившихся памятников русского деревянного зодчества.
АРХИТЕКТУРНЫЕ ПАМЯТНИКИ КИРИЛЛО-БЕЛОЗЕРСКОГО МОНАСТЫРЯ
Грандиозный архитектурный ансамбль Кирилло-Белозерского монастыря сложился в основном за два столетия - с конца XV до конца ХVII вв. Начало каменного строительства в монастыре относится к 1496 году, когда мастер Прохор Ростовский с двадцатью каменщиками соорудил сохранившийся до нашего времени Успенскии собор. Это была одна из первых каменных построек на Севере. Лишь незадолго до него были возведены два каменных храма в Спасо-Каменном монастыре на Кубенском озере под Вологдой и в близком к Кириллову Ферапонтове монастыре.
Архитектурные формы Успенского собора обнаруживают в нем черты московской строительной традиции, восходящей к известным памятникам конца XIV - начала XV века, таким как Успенский собор в Звенигороде или Троицкий собор Троице-Сергиева монастыря. К этому времени основное место в зодчестве Москвы занял тип четырехстолпного храма со ступенчато повышенными арками под барабаном, придающими внутреннему пространству вертикальную устремленность. Ступенчатость внутреннего пространства снаружи получила выразительную обработку в видя нескольких ярусов декоративных закомар-"кокошников", уступами поднимающихся к венчающему барабану. Мотивы убранства, заимствованные у домонгольских сооружений северо-восточной Руси, также претерпели в московских храмах значительные изменения. Аркатурно-колончатые пояса и скульптурный декор были заменены резными орнаментальными поясами, общий характер декорации стал более скупым. С переходом в середине XV века от белокаменного строительства к кирпичному резьба уступила место рельефным керамическим плиткам. Пояса включали и узорную кладку, применявшуюся в это время также в Новгороде и в Пскове.
Все эти характерные для московского зодчества черты можно увидеть и в архитектуре Успенского собора. Названный местным летописцем "великой церковью", собор действительно был очень крупным по тому времени сооружением, превосходя своими размерами соборы главнейших московских монастырей. Резко увеличив принятые в тогдашнем строительстве ширину и длину храма, шире расставив столбы, строители, очевидно, по конструктивным соображениям, не решились так же сильно изменить его высоту. Отсюда - отличающие Успенский собор приземистость и массивность. Архитектурный декор фасадов, в противовес этому, проникнут изяществом и тонкостью. Стены расчленены узкими лопатками, а вверху, у основания закомар, украшены пышными орнаментальными поясами. Такие же пояса проходят по верху апсид и барабана. Белокаменные перспективные порталы, увенчанные заостренной "килевидной" аркой, имели характерные для московских построек бусины и "сноповидные" капители. Из трех порталов сейчас сохранился только северный, выходящий на паперть. Сходные с порталами, но значительно упрощенные обрамления имели и окна собора. Необычно отсутствие у храма профилированного цоколя, встречающегося у всех известных нам среднерусских построек этого времени.
Закомары собора имели острые килевидные завершения. Над ними с небольшим отступом поднимались еще два яруса кокошников, повторяющих схему размещения и форму закомар, но в уменьшенных размерах. Несколько отлично устроено покрытие восточной стороны, где стена над апсидами имеет в плане излом, а закомары повернуты под углом друг к другу. Из-за того, что барабан очень близко придвинут к восточной стене, здесь выше закомар разместился только один ряд кокошников, поставленных по прямой.
Впоследствии облик собора сильно изменили и усложнили различные добавления и переделки. Особенно заметны искажения XVIII века, сообщившие ему некоторые черты господствовавшего тогда стиля барокко: покрытие по закомарам заменено четырехскатной кровлей, сооружена высокая глава сложной, несколько вычурной формы, растесаны окна.