В этот период к конфуцианству добавилось еще одно философское направление, зародившееся в крестьянской среде, оно имело сильное влияние в обществе. Со временем оно стало соперничать с учением Конфуция во многих районах страны и позднее стало известно как даосизм. Эта философия представлена в философской поэме «Лао-цзы», или, как ее называли позднее, «Дао-дэ-цзинь». Считается, что ее написал мудрец по имени Лао Тань, или Лао Цзы («Старый мастер»). В этой поэме излагается концепция или принцип дао («путь»), который представлен в виде естественного закона, применимого ко всему, в противовес патриархальному порядку вещей, который проповедовал Конфуций. Это философское направление возымело огромное влияние на традиционное искусство врачевания, и оно, уже однажды отбросив свою первоначальную точку зрения об исключительности внешнего осмотра, пришло к обоснованию диаметрально противоположного утверждения, в котором нашлось место и даосской алхимии.
В дохристианские эпохи в разное время в различных частях Китая отдавалось предпочтение другим методам лечения. Например, в восточной части страны, в районе современной провинции Шаньдун, лечение осуществлялось с применением каменных игл; в западной части, там, где теперь находится провинция Шэньси, – лечебными травами; на севере, на территории современной провинции Хобэй, – прижиганием; на юге, в районе современной провинции Хубэй, – металлическими иглами, а в Центральном Китае, на месте современной провинции Хэнань, – массажем. Конфуцианцы осуждали все методы, связанные с магией и предсказанием судьбы. Бянь Цяо усовершенствовал технику определения пульса, а философские учения также сыграли свою роль в искусстве врачевания.
Патриархальная аристократия постепенно обнаружила опасного врага в лице аристократической элиты небольших городов. Аристократы богатели и рвались к власти. Именно они поддержали Цинь Шихуана, который объединил царства в 221 году до нашей эры и в 213 году сжег книги конфуцианцев с целью помешать патриархальной аристократии прийти к власти (однако книги по медицине и сельскому хозяйству избежали уничтожения, так же как и гадальные книги).
Династии Цинь было суждено пасть, поскольку ни культура, ни товарное производство в городах не получили развития, достаточного для поддержания ее власти. Тем не менее пришедшая ей на смену династия Хань (206 год до нашей эры – 220 год нашей эры) смогла возродить патриархальную аристократию и сохранить единство Китая. Чжан Чжун Цзин, а также первый анестезиолог Хуа То жили именно в тот период.
Вступление Китая в Средние века, так же как и в Европе, было отмечено нашествием кочевых племен. Важным поворотным пунктом в духовной жизни этой эпохи было распространение буддизма, и в этот же период появились переводы важных медицинских трудов с различных языков Индии. В период династии Тан (618—907 годы нашей эры) процветали торговля и культура. И хотя государство опиралось на патриархальную систему правления, феодальные землевладельцы также имели привилегии, что означало, что их класс уже набрал силу в противовес императору. Последний, издавая указы, стремился вернуть их в лоно патриархальности и укрепить таким образом власть правящего центра, стабильное положение которого привело к значительному развитию торговли и культуры в городах. Однако крестьяне угнетались, и только те из чиновничьей среды, кто поддерживал центральное правительство, чувствовали себя в безопасности. Такие резкие социальные контрасты продолжали существовать и при династии Сун (960—1276 годы нашей эры). Развивались производство и торговля в городах страны, и создавались учреждения, подобные современным банкам. Изобретение компаса способствовало мореходству, и китайские купцы, таким образом, получили возможность захватить в свои руки часть торговли в районе южных морей, которая до этого была монополией арабов. Появились денежные купюры, которые первоначально печатались на пропитанном духами шелке. Публиковались объемные труды и энциклопедии. Жестокая борьба разгорелась между врачами по поводу различных изменений, которые вносились в древнее, передаваемое из поколения в поколение искусство врачевания. Возрождение философии также повлияло на развитие медицинской теории.
Неоконфуцианская литература излагает базовые материалистически ориентированные принципы объяснения явлений природы на основании учения об инь-ян и приписывает взаимодействию этих естественных принципов появление пяти первоэлементов (земля, огонь, вода, металл и дерево), составляющих все мироздание. Эти идеи нашли свое отражение у философа Чжоу Цзы, или Джоу Дуни (1017—1073 годы нашей эры). Другой философ того времени, Чжан Цай (1020—1077 годы нашей эры) утверждал, что начало и конец всех вещей определяются борьбой между противоположными силами инь и ян и что всякое действие в природе является результатом столкновения этих двух антиподов.