После завоевания Ирана Чингиз-хан повернул на восток; он умер в 1227 г., до того как его империя достигла такой степени консолидации, чтобы позволить дальнейшее продвижение на исламские территории. Его сыновья направили свои силы на запад, дав Халифату последнюю передышку. Затем в 1256 г. внук Чингиз-хана Хулагу продолжил наступление. Он начал с разорения Аламута, и сунниты были ему за это благодарны. Персидских шиитов обвиняли в том, что они направили Хулагу против Ирака. Ал-Мустасим, халиф с 1242 г., упустил подходящий момент; возможно, что прошиитски настроенные сановники при его дворе намеренно дали ему дурной совет. Подавив плохо организованную оборону, монгольская армия 17 января 1258 г. ворвалась в Багдад. Монголы пощадили город; они взяли в плен халифа и заставили его отдать свои сокровища, но через несколько дней казнили. Рассказывали, что его завернули в ковер и трясли до тех пор, пока он не умер; монголы верили, что, если бы хоть одна капля его крови упала на землю, был бы потрясен весь мир.
В психологическом отношении суннитский ислам никогда не оправился после гибели истинного Халифата; в политической теории падение авторитета, который лежал в основе всякой законной власти, также оставило брешь, которую было невозможно заполнить. Однако умма уже достигла полной зрелости и независимости, которые базировались на ее собственных силах. В течение столетий община всегда оказывалась способной выпутываться из превратностей истории; политические катастрофы отодвигались на многие годы, если религии грозила опасность. Величие исламских улама, а возможно, и исламское чувство общности лежали в основе тенденции, которую идеология никогда не признавала: целиком опираться на собственные силы, независимо от государственных обстоятельств. Это был тот самый религиозный и культурный иммунитет ислама, который для мусульман служил решающим доказательством его божественной миссии. И действительно, в период политического беспорядка и слабости, в период, когда уже не было Халифата, все страны света захлестнула третья волна веры.