Отож, бригадир Вельямінов, прибувши до Глухова, відразу почав демонструвати зверхність своєї влади над місцевою, вимагати від наказного гетьмана й генеральних старшин звітності у фінансових справах тощо. Бригадир зобов'язав Генеральну військову канцелярію надсилати йому для ознайомлення геть усі універсали й листи, які виходять у полки. На всі засідання генеральної старшини обов'язково потрібно було запрошувати Вельямінова та членів присутності Малоросійської колегії. Аби придушити в самому зародку можливий спротив козацької старшини, бригадир розіслав по всіх українських полках своїх довірених осіб із закликом до рядового козацтва й поспільства безбоязно скаржитись на свою старшину й державців, обіцяючи зі свого боку повний захист і сприяння.
Прагнучи стримати навальний наступ на українську автономію Малоросійської колегії, Полуботок відмовляється виконувати розпорядження нахабного бригадира, які принижують гідність української влади, а сам тим часом наполегливо апелює до Сенату з приводу протиправних, на його погляд, дій та розпоряджень президента колегії. Наказний вправляється у казуїстиці, закидаючи Сенат і Кабінет Його Імператорської Величності скаргами на протиправні дії Вельмінова в Україні, доводячи їх посиланнями на відповідні положення гетьманських статей чи попередніх указів і розпоряджень імператора.
З початку бригадир Вельямінов не звернув уваги на протидію з боку наказного гетьмана. Коли ж під час чергового звернення до Полуботка з наказом Вельямінов отримав чергову відмову опонента, котрий умотивовував своє рішення тим, що дії бригадира виходять за межі повноважень, окреслених у маніфесті Петра І про заснування Малоросійської колегії від 16 травня 1722 р., президент колегії спересердя і вигукнув свою сакраментальну фразу: «Я вам указ! Что вы такое предо мной? Ничто! Вот я вас согну — так, что и другие треснут. Государь указал переменить ваши давнины и поступать с вами по-новому».
Попри нерівність сил Павлу Полуботку все-таки вдалось відчути смак перемоги. За тривалої відсутності в Петербурзі Петра І, котрий на чолі військ улітку 1722 р. вирушив на Північний Кавказ, наказному гетьману вдалось таки відшукати в царському оточенні «найслабшу ланку» і, вхопившись за неї на певний час, приструнити бригадира Вельямінова, заборонивши йому зверхньо ставитись до українських старшин і, що головне, руйнувати державний уклад Гетьманату. І, як це не фантасмагоричне звучить, тим, хто виступив на захист українських давнин, був сумнозвісний в Україні погромом Батурина восени 1708 р. генерал Меншиков. Знаючи про неймовірну слабкість князя в питаннях особистого збагачення за рахунок державної казни, Полуботок виявив йому сприяння під час межування його маєтностей в Україні. У відповідь Меншиков допоміг наказному гетьману отримати в Сенаті позитивні резолюції на подані ним клопотання «в загально малоросійських потребах».
Задобрений підтримкою наказного гетьмана у вирішенні власного майнового інтересу, Меншиков у надісланому до Глухова листі запевнював «и впредь оное патронство на народ малороссийский оказывать». І це неабияк надихнуло Павла Леонтійовича. Проте повернення імператора з походу розставило все по своїх місцях. Прибувши до Москви в другій половині лютого 1723 р., президент Малоросійської колегії представив проект поглиблення реформи устрою Гетьманату, який отримав схвальні відгуки в Сенаті. А шістнадцятого квітня після особистої зустрічі президента колегії з імператором було видано указ, який перетворив Малоросійську колегію з контролюючої установи Російської держави, розміщеної в Україні, на власне місцеву владну інституцію. Зокрема, колегія отримувала право безпосередньо зноситись з місцевими органами влади Гетьманату, причому могла це робити і «мимо генеральной старшини». Натомість наказний гетьман і генеральна старшина позбавлялись права надсилати в полки будь-які розпорядження, не узгодивши їх попередньо з колегією. Підтверджувались усі заведені Вельміновим збори й податки. Крім того що в полкових містах напередодні з'явились російські коменданти, передбачалась можливість призначення російських офіцерів безпосередньо козацькими полковниками.
Указ від 16 квітня був грубим порушенням автономії Гетьманату. Власне, з цієї автономії залишалась лише бліда тінь. Отож, остерігаючись можливого вибуху невдоволення українського суспільства, передовсім старшинської верстви, у російських владних колах розробили складну модель реалізації указу. У відповідності з нею оприлюднення відбувалось поетапно: спочатку оголошувались положення, які могли сподобатись широким козацьких верствам, оскільки обмежували всевладдя старшини, а вже згодом спливали деталі, які стосувались практично кожного. Водночас, з Петербурга надійшов до Глухова наказ гетьману Полуботку, генеральному судді Івану Чарнишу і генеральному писарю Василю Савичу прибути «для ответа» до столиці імперії.
«Как всем известно, что со времен первого гетмана Богдана Хмельницкого, даже до Скоропадского, все гетманы явились изменниками»
Поки Полуботок і генеральні старшини долали шлях з Глухова до Петербурга, 23 червня 1723 р. імператор видав новий указ, що стосувався українських справ. Цього разу Петро І був вельми відвертий у своїх намірах і безпощадний в аргументах: «Как всем известно, что со времен первого гетмана Богдана Хмельницкого, даже до Скоропадского, все гетманы явились изменниками, то и надлежит приискать в гетманы весьма верного и известного человека, о чем и имеем мы непрестанное старанне; а пока оный найдется, для пользы вашего края определено правительство, которому велено действовать по данной инструкции; и так до гетманского избрания не будет в делах остановки, почему о сем деле докучать не надлежит». Тобто імператор фактично ліквідовував гетьманський уряд. Більше того, смертельно небезпечним відтепер ставало саме нагадування про проведення нових гетьманських виборів.
Тим не менше 6 серпня під час особистої зустрічі з Полуботком, Савичем та Чарнишем Петро І демонстрував неабияку привітність до козацьких зверхників, і це підбадьорило наказного. Попри декларовані імператорським указом заборони, 13 вересня він подав нові чолобитні, де серед іншого містилося прохання «вместо Малороссийской коллегии учинить генеральний суд в седьми персонах». Як стверджував автор «Чернігівського літопису», подача чолобитної неабияк роздратувала Петра, і з того часу «бачили монарха розгніваним». За його наказом Полуботка, Савича та Чарниша почали викликати на допити в Таємну канцелярію. Тим часом Теофан Прокопович передав імператору донос чернігівського єпископа Ірадіона з приводу нібито таємних контактів наказного гетьмана з гетьманом Орликом, коли той приходив разом з татарськими ордами в околиці Києва, під Васильків. Аби розслідувати обставини справи, Петро І віддав наказ про відрядження в Україну лейб-гвардії майора Олександра Румянцева.
Коли ж 10 листопада гонець з України передав імператору колективну чолобитну від імені всього Війська Запорозького щодо відміни запроваджених Малоросійською колегією нововведень і, що саме головне, надання дозволу на проведення нових гетьманських виборів, Петро прийшов у неймовірну ярість й «изволил приказать своими устами з великим гневом взять под караул обретающуюся в Петербурге генеральную старшину и всех, кто им ассистовал». Виконуючи імператорський наказ, 10 листопада («по полночи в 11 часу») начальник Таємної канцелярії генерал-майор О. І. Ушаков особисто доставив у Трубецькой каземат Петропавлівської фортеці Полуботка та ще п'ятнадцять козацьких старшин — генерального суддю Івана Чарниша, генерального писаря Василя Савича, полкового суддю Григорія Граб'янку, наказного полковника Петра Корецького, військового канцеляриста Миколу Ханенка та інших.