След това Тун се прибра у дома си и няколко години работи като преподавател по програмиране в Университета за наука и технологии, преди да оглави програмата за докторанти в компютърните науки в престижния Пекински университет.
Сега изследванията му се съсредоточаваха върху интернет и новата световна мрежа — по-конкретно, уязвимите й места и значението им при бъдещ конфликт със Запада.
През 1995 г., вече на тридесет и пет години и кандидат за докторантура, написа труд, озаглавен „Световната война в условията на информатизация”. Почти веднага от китайските академични среди този документ замина в Народната освободителна армия и в Министерството на обществената сигурност. Китайското правителство класифицира документа като свръхсекретен и незабавно операторите от Министерството на обществената сигурност се заеха да издирват институциите за висше образование, сред които беше разпространен този документ, и да прибират хартиените му копия и дискетите, на които е записан, както и да провеждат дълги, напрегнати и сплашващи разговори с всеки професор или студент, видели документа.
Извикаха Тун в Пекин незабавно и само след няколко седмици той вече преподаваше на военни и разузнавачи как да използват кибероперациите срещу враговете на Китай.
Генералите, полковниците и шпионите не разбираха лекциите на Тун, защото трудно следяха непознатите термини, е които работеше този блестящ млад учен, но осъзнаваха, че в негово лице имат ценен ресурс. Дадоха му докторат и го поставиха начело на малка, но мощна група за изпитания, обучение и разработки в областта на кибервойната, подчинена на Министерството на обществената сигурност, като му възложиха отговорността за компютърната отбрана на Народната освободителна армия и на министерството.
Но Тун не искаше да ръководи групи оператори на държавни компютърни мрежи. Виждаше по-голям потенциал в индивидуалния и независим китайски хакер. През 1997 г. сформира организация от независими китайски хакери, която нарече Лига на зелената армия. Под негово ръководство те проникваха в сайтовете и мрежите на враговете на Китай, като реализираха успехи и нанасяха известни щети. Макар и малък, ефектът от това показа, че академичният му труд има приложение в реалния свят, и засили престижа му още повече.
След това Тун създаде Информационната военна милиция — група цивилни лица от технологичната индустрия и академичните среди, които работеха независимо, но под ръководството на Трети отдел („Разузнаване по сигнали”) на Народната освободителна армия.
Освен тази група Тун сформира и Лигата на червените хакери. Чрез ухажване или заплахи на стотици от най-добрите програмисти в Китай в обитаваните от тях сайтове той успя да ги организира в целенасочена сила, която използваше за проникване в мрежите на предприятия и правителства по целия свят и за да краде тайни за Китай.
Но Тун и армията му разработиха начини да вършат и други неща освен кражбата на цифрови данни. По време на един обществен спор между държавната нефтопреработвателна организация на Китай и една американска нефтена компания за договор за тръбопровод в Бразилия Тун се изправи пред ръководството на Министерството на обществената сигурност и запита простичко дали желаят неговата Лига на червените хакери да унищожи нефтената компания.
Шефовете го запитаха дали възнамерява да унищожи пазарното надмощие на американската фирма.
— Не това имам предвид. Питам за физическото им съсипване.
— Искате да спрете компютрите им?
Безстрастният глас на Тун прикри мнението му за тези глупави чиновници.
— Не, разбира се. Компютрите им са ни необходими. Ние придобихме контрол върху управлението на тръбопроводите и нефтените им сондажи. Имаме кинетични възможности на място. Можем да причиним реално унищожение.
— Като чупите неща?
— Като чупим неща или ги взривяваме.
— И те не могат да ви спрат?
— За всяко нещо в обекта има системи за ръчно управление. Разбира се, това е мое предположение. Но някой човек може да иде и да затвори дадена помпа или да спре тока на някоя станция за управление. Но аз мога да направя толкова много неща за толкова малко време, че хората им не могат да ме спрат.
Не предприеха физически действия срещу нефтената компания. Но китайското правителство осъзна колко важен е Тун със своите способности. Той не само беше ценен ресурс, а и силно оръжие и не биха искали да го пилеят за съсипването на една-единствена фирма.
Вместо това той и екипът му проникнаха в сайта на нефтената компания и прочетоха вътрешните съобщения между директорите, отговорни за търга за бразилския тръбопровод. Тун предаде информацията на държавната китайска Национална нефтодобивна корпорация, която успя да даде по-ниска оферта от американците и да спечели договора.