20 сентября 1642 года новым указом королева расширила эти права и привилегии, а также даровала Ниену герб – лев, стоящий между двумя реками и держащий в правой лапе меч. А вскоре, 31 августа 1646 года, город получил от королевы дополнительные торговые привилегии и право устраивать ежегодно трехнедельные ярмарки, в которых участвовали многие балтийские и европейские страны, Новгород, Москва и другие города России. Магистрат Ниена с этих пор возглавлялся тремя бургомистрами, в помощь которым придавались синдики и нотариусы. Проведенные реформы и предоставленные городу права позволили Ниену не только догнать Выборг по числу совершаемых сделок и авторитету среди прочих балтийских городов, но и стать крупнейшим торговым центром в пределах Ингерманландии, а вышеупомянутая ежегодная ярмарка обрела известность как самая богатая во всей Восточной Балтии. Его жители имели свыше ста торговых судов, как сказали бы теперь, приписанных к Ниену. Вокруг раскинулось до сорока деревень. С расположенным на левом берегу – там, где сейчас находится Смольный (Воскресенский) собор и монастырь, – русским селом Спасское (самым крупным, откуда дорога вела к Большому Новгородскому тракту) город соединялся регулярной паромной переправой.
В 1656 году царь Алексей Михайлович Тишайший в попытке завладеть Балтийским побережьем развязал войну со Швецией. Третьего июня русская армия окружила и блокировала шведскую крепость Нотебург (русский Орешек), а тысячный отряд под командованием воеводы Петра Потемкина направился к Ниену.
Город не был готов к войне и длительной осаде. Услышав о приближении русских, находившиеся в городе генерал-губернатор Ингерманландии Густав Горн и дерптский президент Карл Мернер покинули Ниен и уплыли в Нарву. Перед отъездом они приказали коменданту Ниеншанца шотландцу Томасу Кинемонду сжечь соляные и хлебные склады, чтобы они не достались противнику. 30 июня 1656 года Ниеншанц был захвачен русскими войсками и подвергся страшному разграблению. В городе было сожжено около 500 домов, захвачено 8 пушек и значительные запасы хлеба. Как сообщают шведские документы, все дома были разграблены, а жители, не успевшие скрыться, убиты, причем не щадили даже женщин и детей.
Однако отряд Потемкина не мог долго находиться в разоренном Ниене, где не осталось ни крова, ни продовольствия, так что русские оставили город и отошли к Нотебургу-Орешку.
А вскоре по условиям Кардисского мира 1661 года, по которому вся Ингерманландия и Юго-Западное Приладожье признавались шведскими владениями, Ниен был возвращен Швеции, быстро возродился и уже к середине семидесятых годов по числу населения сравнялся с крупнейшими городами Финляндии – Выборгом и Або.
По свидетельству современника, в Ниене «было много превосходных пильных заводов и там строились хорошие и красивые корабли. <…> Не один Любек, но и Амстердам стал с Ниеншанцем торги иметь; водяной путь оттуда до Новгорода весьма к тому способствовал; словом, помалу и русское купечество в Ниеншанце вошло и привело сие место в такую славу, что в последние годы один тамошний купец, прозванный Фризиус, Шведскому королю Карлу XII в начале его войны с Петром Великим мог взаймы давать немалые суммы денег, за что после пожалован был дворянством, и вместо прежнего дано ему прозвание Фризенгейм и учинен он судьей в Вилманстранде».
На традиционную трехнедельную августовскую ярмарку по-прежнему съезжались иноземные купцы со всей Северной Европы. Из Новгорода, Тихвина, Ладоги сюда привозили рожь, овес, горох, свинину, говядину, сало, масло, лососину, деготь, смолу, пеньку, лен и лес. Через Новгород сюда поступали и пользовавшиеся большой популярностью в Европе восточные ткани: шелк, плюш, дамаск, а также шкуры, кожи, меха и холсты. А из Северной Европы везли металлы: железо, медь, свинец, изделия из них – якоря, замки, ножи, иглы; везли зеркала, английское и голландское сукно, немецкие шерстяные ткани, бархат и шляпы. Здесь продавались испанские и французские вина и североморская сельдь.
Рынок размещался в центре города. Неподалеку, на берегу Черной речки (правого притока Охты), размещалась городская ратуша, вернее две: Старая, стоявшая фасадом к Охте, и Новая, построенная уже после войны и разорения, в начале шестидесятых годов, развернутая фасадом к городской площади. Перед ратушей располагалась центральная площадь, вытянутая с юга на север; вокруг нее размещались дома самых богатых горожан, а также лавки и кабаки.