Во-вторых, важнейшие мероприятия подготовительной работы накануне войны выполнены не были. Речь идет о подборе и обучении кадров, о разработке планов специальных операций в районах, прилегающих к советско-германской границе, о создании материально-технических запасов для оснащения РДФ - автоматического оружия, боеприпасов, минно-взрывных средств, радиостанций. Впоследствии особо негативное влияние на эффективность действий разведчиков-диверсантов оказывало отсутствие радиостанций и подготовленных радистов. Так, к лету 1942 г. из 387 РДФ, действовавших в тылу противника по линии РУ, лишь 39 (т.е. около 10%) имели переносные радиостанции для связи с командованием.
Всего за 1-2 недели до германской агрессии, когда ее неизбежность уже ясно осознавалась не только командованием РУ, но и разведывательными отделами армий западного направления, последние приступили к развертыванию внештатных РДФ. Создавались для них и пункты базирования с запасами оружия, продовольствия и снаряжения. На эти базы они направлялись непосредственно перед отходом наших войск из соответствующих районов. Однако в первые же дни войны связь практически со всеми наспех подготовленными внештатными РДФ оказалась утраченной, каждая вторая группа погибла.
Новые внештатные РДФ пришлось создавать в неимоверно трудных условиях отступления, когда оперативная инициатива полностью принадлежала врагу. Так, один только разведотдел штаба Западного фронта за июль-август 41 года отправил в тыл противника 52 таких формирования. Но из-за отсутствия подготовленных офицерских кадров, способных правильно наладить эту работу, неудачной организационно-штатной структуры разведотделов штабов фронтов и армий, их слабого материально-технического оснащения, боевые возможности РДФ продолжали оставаться низкими.
В частности, отбор людей в группы осуществлялся без учета их моральных и деловых качеств, психологической совместимости, степени физической тренированности. Подготовка, основу которой составляло минновзрывное дело, изучение методов конспирации и средств маскировки, а также стрелковое дело, проводилась слишком поспешно (от 3-х до 10-х суток). Даже командиры и комиссары РДФ не имели специального образования, а потому не могли качественно руководить своими подчиненными. Боевое взаимодействие членов групп не отрабатывайтесь заранее. Оперативную обстановку во вражеском тылу они совершенно не знали. В итоге имели место многочисленные неоправданные потери, в том числе от неумелого использования собственных мин и средств взрывания.
Вследствие отсутствия радиосвязи добываемые группами разведданные к моменту их возвращения безнадежно устаревали. Поэтому главной задачей РДФ стало оказание помощи Красной Армии своими действиями в тылу германских войск. Им предписывалось нападать на штабы, склады, аэродромы, автоколонны, небольшие гарнизоны, выводить из строя участки железных дорог, мосты, линии телеграфно-телефонной связи и электропередачи, организовывать диверсии на военнопромышленных объектах. Кроме того, они должны были создавать агентурную сеть на оккупированной территории.
Но указанные задачи летом-осенью 41 года в полном объеме решали только отдельные группы. Почти все РДФ базировались в труднодоступной для противника местности, на большом удалении от его военных объектов. Помимо отсутствия радиостанций, управление их действиями затрудняла частая передача армий из состава одного фронта в другой и смена оперативных направлений. Поэтому в большинстве случаев они, проведя всего 1-2 операции, вынуждены были в дальнейшем заниматься лишь обеспечением своей собственной жизнедеятельности.
В первые месяцы войны были также допущены ошибки организационного характера. Они заключались в том, что наряду с небольшими группами, армейские разведотделы создавали и крупные, численностью до тысячи человек и более, построенные по типу воинских частей. Столь громоздкие подразделения трудно было перебрасывать в тыл противника, они неизбежно несли значительные потери и часто уничтожались врагом, даже не достигнув района своего оперативного предназначения. Постепенно РУ поняло, что подобные формирования вообще не нужны, так как в немецком тылу имеется достаточное количество людей, готовых взяться за оружие. Для этого требуются хорошо подготовленные малочисленные группы специалистов, способных организовать вокруг себя активную часть местного населения.
В течение поздней осени и зимы 41-42 IT. те крупные формирования, которые сохранили боеспособность, стихийно распались на отдельные отряды малой численности. Эти отряды, плюс к ним ранее заброшенные внештатные малые группы, осев в тех или иных оккупированных районах, послужили основой для возникновения многих партизанских формирований. Кроме того, в большом количестве случаев партизанские отряды самостоятельно (т.е. без связи с командованием РККА) создавали патриоты из числа военнослужащих, оказавшихся в окружении или бежавших из плена, партийных и комсомольских активистов, сотрудников милиции, работников советских учреждений, не сумевших своевременно эвакуироваться из захваченных немцами населенных пунктов, либо скитавшихся в лесах.
Таким образом, диверсионная деятельность в тылу противника в течение первого года войны все больше и больше приобретала характер партизанского движения. Забрасываемые РУ разведывательно-диверсионные группы становились партизанскими отрядами вынужденно. Создаваемые патриотами отряды сопротивления превращались в РДФ стихийно. Усилия "сверху" и самодеятельность "снизу" сливались в оно целое. Уже осенью 41 года немецкое командование вынуждено было считаться с новой угрозой. Так, в директиве Ставки главного командования вермахта от 25 октября 41 года говорилось: "Русские партизаны и диверсанты направляют свои атаки и разрушительную деятельность как против небольших подразделений действующих войск, так и против отрядов снабжения, оборудования и связи тыловых районов". В указанный период немцам пришлось направить на борьбу с партизанами 78 специально выделенных батальонов регулярной армии, не считая отрядов службы безопасности СД, тайной полевой полиции ГФП, сил вспомогательной полиции из числа бывших советских граждан.