Наконец, голландцы стали подумывать о штурме в случае провала переговоров. В те годы в стране существовал антитеррористический отряд в составе полиции, организованный менее чем за год до событий. Отряд еще только проходил обучение. Поэтому сделали ставку на армию. Вблизи авиабазы Рийин поставили аналогичный поезд и начали тренировки. Операцию поручили группе специального назначения ББЕ (которую называли "Виски"), принадлежавшей к морской пехоте. "Виски" вместе с ГСГ-9 и САС была хорошо подготовлена как к специальным войсковым, так и к антитеррористическим акциям. Кроме ББЕ, к операции привлекли коммандос из 7-й голландской группы подводных пловцов СБС. Их возможности пригодились из-за положения поезда. Он стоял на открытом пространстве, но вблизи проходило несколько столь типичных для Голландии осушительных каналов. Ночью по ним подплыли аквалангисты, доползли до вагонов, и в полной тишине смонтировали под поездом специальные устройства. Это была высокочувствительная подслушивающая аппаратура, реагирующая также на тепло, движения и металл. Она позволяла фиксировать разговоры, оценивать перемещение людей и оружия. Коммандос из СБС разместили в нужных местах взрывчатку, чтобы при необходимости обеспечить коллегам из ББЕ вход внутрь вагонов.
К концу 3-х недель бесплодных переговоров доктор Мюльдер сообщил о возникновении очень опасной ситуации. Из-за длительной изоляции у заложников начал формироваться так называемый "стокгольмский синдром". Это психологический процесс, который способствует возникновению симпатии жертв к своим преследователям. Заложники забывают, по чьей вине царит атмосфера страха и видят выход только в выполнении требований террористов. Зная, что все это в противном случае может плохо кончиться, они подсознательно желают успеха террористам, беспокоятся о них, а впоследствии сочувствуют им. Во время антитеррористической акции такая ситуация очень опасна. Известны случаи, когда, увидев коммандос, заложник криком предупреждает бандита и даже заслоняет его. Бывает, что террорист прячется среди заложников, и никто его не разоблачает. Подобные ситуации иногда заканчиваются общей бойней, поскольку солдаты дезориентированы, а преступник вовсе не отвечает взаимностью на чувства заложников.
Другим поводом беспокойства Мюльдера стало поведение похитителей. Они весьма нервничали из-за затягивания переговоров, перестали верить в их успех и, отчаявшись, были способны убить всех заложников.
На 19-й день голландцы приняли решение ввести в действие ББЕ, поскольку дальнейшая затяжка времени только ухудшит ситуацию. Атаку назначили на следующее утро - 11 июня 1977 г. Ночью, используя специальные очки ночного видения, десять групп по пять человек в каждой скрытно приблизились к поезду и заняли исходные позиции. Поезд был оккупирован уже почти 3 недели, поэтому жизнь заложников как-то стабилизировалась: ведь людям необходимо есть и спать. Это и использовали для выбора времени атаки. Известно, что к утру у человека наступает самая глубокая фаза сна и, будучи вырванным из нее, он не сразу приходит в себя. Кроме того, у проснувшегося на рассвете вначале создается впечатление, что вокруг довольно темно. Напротив, внешний наблюдатель видит в это время гораздо лучше. Из сообщений информаторов, которые в качестве персонала Красного Креста доставляли в поезд еду, полиция знала численность террористов. Электронные приборы подтвердили эти данные и показали размещение молукцев. В 4.50 снайперы направили прицелы своих винтовок на окна вагонов: до времени "X" осталось 180 секунд.
В 4.53 из-за горизонта выскочили 6 истребителейштурмовиков Ф-104 Старфайтер голландских ВВС и с оглушающим грохотом пролетели на небольшой высоте над поездом. Перепуганные заложники непроизвольно наклонились и закрыли головы руками, а террористы подняли головы, глядя на потолок. Именно этого и добивались. В ту самую секунду, когда первый Старфайтер пролетал над поездом, трое коммандос привели в действие взрывные заряды, которые мгновенно вырвали наружу двери вагонов. Еще не стих гул самолетных двигателей, а солдаты ББЕ уже ворвались внутрь, стреляя из своих "Узи". Дополнительный эффект создавали очереди из пулеметов МАГ, которые группа прикрытия дала в направлении электровоза. К сожалению, повторилась ситуация в Энтеббе: несмотря на предостерегающие окрики солдат, передаваемые через мощные мегафоны, двое заложников, в том числе одна женщина, вскочили на ноги и погибли на месте. Погибли 6 террористов, 3 сдались. Последний успел выстрелить в заложника, но, к счастью, только ранил его.
Одновременно со штурмом поезда вторая группа морских пехотинцев атаковала школу в Бовенсмилде. Обе акции следовало синхронизировать, поскольку расстояние между двумя объектами было невелико, и звуки выстрелов могли иметь катастрофические последствия там, где действия еще не начались. Здесь также проводилось подслушивание и полное электронное наблюдение. О поведении террористов многое рассказали освобожденные дети. Коммандос располагали подробным планом школы. В тот момент, когда вылетели двери вагонов, бронетранспортер М-113 пробил одну из стен школьного здания. Под его прикрытием, забрасывая помещение гранатами со слезоточивым газом, коммандос ББЕ ворвались внутрь. Атака была бескровной: полная внезапность позволила захватить живыми всех четырех террористов, тем более, что трое из них беззаботно спали раздевшись. Четверо заложников пострадали только от страха. В обеих акциях коммандос не понесли каких-либо потерь.