В течение 1934 и первой половины 1935 года у Шишкова накапливается уже такой обильный материал, что становится необходимым систематизировать его. С этой целью он сводит все собранные сведения в одну обобщающую схему. Л. Р. Коган вспоминает, что схема эта представляла собой «огромную бумажную простыню из нескольких сложенных листов». На ной «тонким и аккуратным почерком были обозначены все интересовавшие его (Шишкова. — В. Б.) события и лица, связанные с ними. В сводной схеме перечислены были события, связи и люди мира официального петербургского и — мира народного, особенно в местах, где развивалось пугачевское движение, события в Москве, в приволжских и уральских городах. Не были забыты и такие явления, как деятельность Вольно-экономического общества, Большой комиссии и др. Стали выделяться целые гнезда: екатерининских сановников, генералитета, чиновников, ученых, деятелей искусства. С другой стороны — стали группироваться лица, так или иначе связанные с пугачевским движением. Схема была очень наглядна…» (Л. Р. Коган «Из воспоминаний о В. Я. Шишкове» — «В. Я. Шишков, Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 208). Помимо схемы, Шишков составил себе «План», приблизительно намечавший развитие сюжета произведения по главам, а также «хронику пугачевского движения», основанную на большом фактическом материале, собранном Дубровиным в книге «Пугачев и его сообщники» (СПб. 1884). Кроме этого, писатель заводит картотеку с тематическими рубриками и ряд записных книжек с заголовками: «Пугачев», «Народная трагедия», «Мысли и замыслы автора», «Крестьянские бунты», «Двор Екатерины Второй», «Казань, раскольники» и др. В этом же 1935 году Шишков делает наброски первых глав (первых по выполнению, а не по ходу событий) будущего произведения и уже в апреле этого года читает эпизоды из завершенных глав по радио. Осенью состоялся ряд радиопередач по готовым главам и тогда же некоторые отрывки из «Емельяна Пугачева» были опубликованы в журнале «Звезда»: «Псковская вотчина» (этюд к роману «Емельян Пугачев») — «Звезда», 1935, № 8; «Емельян Пугачев (Отрывок из третьей части романа)» — «Звезда», 1935, № 9, 11, 12.
В ноябре 1935 года Шишков писал И. П. Малютину: «Этим (опубликованным материалом. — В. Б.) пока закончу выступление в журнале. Теперь пишу придворную жизнь со смерти Елизаветы, показываю Петра III, Екатерину» (Архив Шишкова). Несколько ранее писатель рассказывал о работе над «Пугачевым» В. П. Петрову: «Сейчас работаю над „Пугачевым“, кой-что уже написал. Работа трудная, но интересная, закончу года через два-три (письмо к В. П. Петрову от 28 июня 1935 г. — в кн. „В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма“, Л. 1956, стр. 280)». Этот предположительный срок завершения произведения — 1938 или 1939 год — Шишков называл и в письмах другим адресатам (например, письмо к брату А. Я. Шишкову от 18 декабря 1936 г., письмо к литератору Н. С. Каржанскому от 21 ноября 1937 г. и др.). Но намерения писателя в этом отношении не осуществились так быстро, как он думал. Работа затянулась на целых десять лет и не была окончательно завершена. Частично это «нарушение» сроков объяснялось большой занятостью Шишкова в 30-е годы общественной работой по линии Союза писателей (он исполнял обязанности председателя ревизионной комиссии ССП, был председателем правления ленинградского отделения Литфонда, членом редколлегий журнала «Литературный современник» и ленинградского отделения изд-ва «Советский писатель», много помогал начинающим авторам), а также его частыми путешествиями, которые он совершал, стремясь быть постоянно в курсе всего нового, происходящего в стране.