Уже с середины 30-х годов письма Шишкова позволяют судить, насколько его творческое воображение было занято личностью Пугачева, как волновал его вопрос о принципах построения этого центрального образа эпопеи. Работая еще над первой книгой эпопеи, где образ Пугачева занимает значительно меньшее место, чем в двух последующих, писатель постоянно размышляет о том, «каким был Пугачев, как его показать. Его природные возможности, его политическая и стратегическая одаренность. Он ли руководил Военной коллегией или Военная коллегия руководила им? Были ли у него какие-нибудь идеалы, исторические перспективы или на 75 % все шло самотеком?» (письмо к А. И. Суслову от 2 августа 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 300), «Как показать Пугачева, этого замечательного вождя восставшего народа, еще не знаю, — признавался Шишков в другом письме к тому же адресату в сентябре 1938 года. — Ежели показать его со всеми человеческими слабостями — в свободное время он любил и винишка попить и бабенками увлекался, — боюсь разгневать критику; ежели показать его беспорочным, опять закричат: „Лакировка действительности“». В конце концов писатель принял единственно правильное и возможное решение, при котором образ Пугачева строился с учетом наиболее оригинальных индивидуальных черт этого персонажа, но вместе с тем на основе его социальной сущности, причем, именно черты, которые автор считал определяющими для национального и классового образа Пугачева, выдвигались им на первый план и особенно акцентировались. «Да, он, Емельян Иванович, добропорядочным человеком получается, — писал Шишков Л. Р. Когану в марте 1944 года, когда личность Пугачева приняла на страницах эпопеи уже совершенно определенные и яркие очертания. — Милостью своею подкупал народ, силой воли всех держал в руках, искусством воевать побеждал царицыных генералов» («В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 350).
Параллельно с этими раздумьями, с решением общих творческих вопросов шла и усердная работа по написанию очередных глав произведения. О ходе ее писатель сообщал брату А. Я. Шишкову в конце 1936 года: «Царский период (листов 6–7) у меня закончен от смерти Елизаветы до убиения Петра III. Показан Пугачев молодым 18-летним казаком на Прусской войне (Семилетняя война). Теперь думаю изобразить моровую язву в Москве и бунт (1770–1771), а затем странствия Пугачева и при каких обстоятельствах он объявляет себя Петром III. Возможно, что 1-я часть романа будет закончена набело, для печати, в конце 1937 года (и написана будет начерно 2-я часть)» (письмо от 18 декабря 1937 г., там же, стр. 285). О завершении первой половины первой книги «Емельяна Пугачева» Шишков писал А. И. Новодворовскому в начале марта 1937 года: «…Мы с А. Н. Толстым сидим, работаем: он кончает первую часть романа о защите Царицына („Хлеб“), я закончил вчерне первую половину „Емельяна Пугачева“. Полгода положу на выверку, на консультации с историками-специалистами, и тогда можно будет печатать» (Архив Шишкова), «Выверяя» и отрабатывая очередные главы первой части первой книги, Шишков, по мере готовности, сдавал их в журнал «Литературный современник» и одновременно заканчивал и вторую часть первой книги, которая (а следовательно, и вся первая книга в целом) была готова в основном к началу 1938 года. «13-го (марта. — В, Б.) сдал в журнал 2-ую часть. Страшно много над ней работал, она очень сложна…» — писал Шишков брату (письмо к А. Я. Шишкову от 16 марта 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 288–289). В письме от того же года и числа писатель сообщал А. И. Новодворовскому: «Все превозмог я своим усидчивым трудом, забросил гулянья в парке и все-таки сделал первую книгу „Пугачева“ (1-я и 2-я части — без малого 600 страниц на машинке). Первая-то часть была готова прошлым летом, а вот вторая… штука трудная! Ну, да я сам усложнил себе задачу: в повествование ввел всю литературную того времени „литию“. Литературная „лития“ в романе: Сумароков, Фонвизин в Петербурге, Херасков и его группа — в Москве. И старик Ломоносов показан у меня. Словом, для читателя, желающего ознакомиться с тем временем, книга будет полезная» (Архив Шишкова).
Публикация первой книги «Пугачев» в «Литературном современнике» (1938, №№ 2–8) еще не была завершена, когда в газете «Правда» (1938, 17 июня) появилась статья К. Малахова «По проторенной дорожке Иловайских». Автор статьи называл работу Шишкова «суррогатом подлинно художественного произведения», построенным по рецептуре «пошляка Салиаса на анекдотах». Шишков обвинялся также в квасном патриотизме и шовинизме, которым якобы он учится у реакционного историка Иловайского. Эти же обвинения, рассчитанные на то, чтобы опорочить крупного писателя и его творчество, были повторены К. Малаховым в «Литературной газете» (1938, 26 июля), где рецензент выступил на этот раз под псевдонимом «К. Миронов» со статьей «Об исторических и псевдоисторических романах».