Шишков прекрасно осознавал необоснованность подобной «критики» «Пугачева», облыжность возведенных на него поклепов. «Меня некий критик К. Малахов ошельмовал как идущего в „Емельяне Пугачеве“ по стопам Салиаса. Малахов или знает Салиаса понаслышке, или просто человек бессовестный. Если б он читал Салиаса, он не посмел бы упрекать меня в подражании ему: я, худо ли, хорошо ли, веду свою работу в пределах исторической я художественной правды», — писал Шишков А. И. Суслову вскоре после появления статьи Малахова в «Правде». «Обе статьи (и в „Правде“ и в „Литературной газете“. — В. Б.) несерьезны, смехотворны, безграмотны, но с трескучим апломбом», — утверждал писатель несколько позднее в письме к тому же адресату (письма от 28 июня и 2 августа 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 297, 300). Шишков собирался ответить критику, но не успел этого сделать; к тому же вскоре в передовой «Литературной газеты» появилось сообщение о том, что статьи Малахова несостоятельны и носят клеветнический характер, что, введя в заблуждение редакции газет, он намеренно пытался опорочить патриотический роман Шишкова. Таким образом, произведение это было скоро реабилитировано.
Большую моральную поддержку Шишкову оказало отношение к «Пугачеву» московских писателей, которые во время поездки Вячеслава Яковлевича в Москву в августе 1938 года постарались успокоить его, уверить в ценности его нового труда и в необходимости продолжать работу. «Мой „Пугачев“ взяг под крепкую защиту Правления Союза писателей, — сообщал Шишков из Москвы писателю Г. И. Мирошниченко. — Тон задает, конечно, А. А. Фадеев, заслуженно пользующийся большим влиянием среди писателей. На партконференции одного из московских районов он делал доклад о текущей советской литературе, причем о „Пугачеве“ он выразился с похвалой, отнеся мою работу к разряду достижений» (письмо Г. И. Мирошниченко от 22 августа 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 304). Еще большее значение имело для Шишкова организованное по его настоянию Ленгослитиздатом в декабре 1938 года совещание специалистов-историков во главе с Е. В. Тарле, посвященное разбору и оценке опубликованной первой книги «Емельяна Пугачева». «10 декабря при Госиздате было, по моей просьбе, совещание специалистов-историков, — писал Шишков Н. С. Каржанскому. — Они предварительно ознакомились с моим „Пугачевым“. Был академик Тарле и профессор Предтеченский. Е. В. Тарле заявил, что он прочел работу с интересом, внимательно и никаких исторических ошибок не нашел, все правильно. Пугачев точь-в-точь такой, каким и он его себе представляет» (письмо Н. С. Каржанскому от 28 декабря 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1955, стр. 307).
Ободренный таким положительным отзывом о своем труде, Шишков с новыми силами берется за его продолжение. 1939 год был занят у писателя в основном доработкой и отделкой первой книги «Емельяна Пугачева». Шлифуя и оттачивая уже готовый материал, он учел также некоторые замечания и советы Е. В. Тарле и написал для первой книги несколько новых глав. «…У меня нового для первой книги: „Кунерсдорфский бой“ (без Пугачева), но с Бибиковым, Михельсоном, молодым Суворовым. „Мирная жизнь в Кенигсберге“ — там Пугачев, Болотов, раненый Михельсон и 3) „Взятие Берлина“ — там Пугачев», — писал Шишков Н. С. Каржанскому (письмо от 22 января 1939 г., там же, стр. 312). Помимо названных в письме, писатель добавил в первую книгу главы о заседании Большой комиссии, о Салтычихе, о путешествии Пугачева с Семибратовым на Волгу. По словам Шишкова, первоначальный текст первой книги был сокращен листа на два, а добавлено «против журнального текста» листов семь-восемь. К концу июля 1939 года работа над первым томом была завершена, и автор собирался отправлять его в издательство, однако исключительная требовательность к себе заставляет Шишкова не выпускать новое произведение из рук еще в течение полугода и сдать его в набор лишь в начале 1940 года, «…закончил (только что) первую книгу „Пугачева“, — сообщал писатель А. Н. Толстому в феврале 1940 года. Вспоминая о треволнениях, связанных с публикацией ее в „Литературном современнике“, о совещании историков и отзыве Тарле, Шишков добавлял: „Я еще целый год сидел над „Пугачевым“, значительно дополнил его, кой в чем сократил и лишь после тщательной обработки сдал в Государственное издательство“ (письмо от 14 февраля 1940 г., там же, стр. 320–321).