Завершение первой части эпопеи позволило писателю вплотную заняться работой над второй книгой, которая уже давно занимала его мысли. Он был полон сил, бодрости, больших творческих планов, считал, что после опыта первой книги вторая пойдет значительно быстрее, и времени на нее потребуется вдвое-втрое меньше. „Пугачев“ вступил во вторую книгу, работа идет прекрасно… По началу вижу, что вторая книга будет удачнее первой», — писал он Н. С. Каржанскому 1 марта 1940 года (Архив Шишкова). «Работа идет хорошо, — сообщал он и А. И. Суслову. — Пугачев получается довольно живым: в меру веселый, в меру жестокий, но довольно умный, сообразительный, с большой волей» (письмо от 20 апреля 1940 г. Архив Шишкова). Начавшаяся война, связанные с ней бытовые трудности значительно затормозили эту работу. К тому же писатель считал своим долгом посильно помогать пером всенародной борьбе против фашизма — он писал на оборонные темы, сотрудничал во фронтовой газете «На страже родины», выступал по радио, читал свои произведения у моряков и бойцов Красной Армии. Тем не менее и в эти тяжелые дни Шишков не переставал трудиться над «Емельяном Пугачевым». «Пишет он то пером, то карандашом на клочках бумаги — в зависимости от обстановки, а в более спокойные часы диктует страницы „Пугачева“ Клавдии Михайловне, пишущей на машинке… При особо сильных бомбежках или обстрелах города, спускаясь в бомбоубежище, он брал с собою все свое сокровище — пакет из плотной бумаги с рукописью второй книги „Емельяна Пугачева“» (Вл. Бахметьев, Вячеслав Шишков, изд-во «Советский писатель», М. 1947, стр. 124). К августу 1942 года (в это время Шишков уже переехал с семьей в Москву) у писателя было готово около 28 листов второй книги эпопеи и заключены договоры на ее издание (после завершения) с Гослитиздатом и на публикацию ее в журнале «Октябрь», где «Пугачев» должен был печататься в значительно сокращенном виде (25 авторских листов из предполагаемых 45). Публикация второй книги в журнале «Октябрь» началась с апреля 1943 года и закончилась в декабре 1944 года (№ 4–5, 6–7, 8–9 за 1943 год и № 1–2, 9, 11–12 за 1944 год).
Наряду с этим в 1944 году в изд-ве «Советский писатель» вышла повесть «Прохиндей», состоявшая из тех глав второй части эпопеи, в которых рассказывалась история ловкого ржевского купца Остафия Долгополова.
По настоянию писателя 27 листов рукописи второй книги, как ранее первой, были в августе месяце даны на заключение академику Е. В. Тарле. «Он дал очень хороший отзыв, — писал Шишков Л. Р. Когану, цитируя дословно текст рецензии: „Роман тов. Шишкова был прочитан мною с неослабевающим интересом и удовольствием, — и со стороны чисто эстетической я бы затруднился отметить сколько-нибудь бросающиеся в глаза неровности или погрешности. Но от меня ведь редакция и не требует критики „художественной“, но исключительно исторической. С этой точки зрения роман „Пугачев“ тоже производит очень благоприятное впечатление. Может быть, чуть-чуть идеализирован Пугачев и не оттенены тоже бесспорно присущие Емельяну Ивановичу чисто разбойничьи черты“ — и т. д. — некоторые советы, некоторые указания на ошибки (довольно спорные). И конец: „Все эти попутные мелкие замечания не могут никак повлиять на высказанную вначале положительную оценку правдивости и исторической верности изложения всего романа, такого интересного и содержательного и такого художественно ценного“. Е. Тарле. 12/VIII—1942 года» (письмо Л. Р. Когану от 23 октября 1942 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 334).
Вторая половина 1942 и весь 1943 год прошли у Шишкова в работе, связанной с написанием второй и переизданием первой книги «Емельяна Пугачева». В январе 1943 года первый том эпопеи среди ряда других произведений художественной литературы был выдвинут на соискание Сталинской премии. В печати появляются рецензии на этот том, содержащие очень высокие его оценки. Указывая на то, что «труд В. Шишкова еще не закончен», авторы статей подчеркивали, что «уже и то, что мы имеем в первом томе, дает нам огромный и яркий самостоятельно художественной ценности материал по одному из крупнейших в истории человечества народных движений» (Вл. Бахметьев «У истоков вольности», газета «Литература и искусство», 1943, № 20, 15 мая). «Этот роман значителен не только потому, что в нем правильно изображен русский XVIII век, положивший начало русскому просвещению, — писал Б. Сучков в статье „Современный исторический роман“. — Роман замечателен тем, что в нем можно увидеть черты подлинного историзма… Писатель объективно показывает ведущие противоречия эпохи в их подлинно историческом реальном содержании» («Литература и искусство», 1943, № 51, 18 декабря). Среди основных достоинств эпопеи рецензенты называли также народность ее, отмечали удачу образа самого Пугачева, в котором писателем воплощены типические черты русского национального характера — «ясный ум, живая сметка, умелость и сноровка» (там же).