Одновременно с написанием новых глав второй книги писателю приходилось трудиться и над отделкой уже готового материала, который начал печататься в «Октябре» — «править, чистить, редактировать» написанное. К этому присоединилась и работа по переизданию первой книги «Емельяна Пугачева». В июле того же 1943 года Шишков сообщал П. С. Богословскому: «С редактором, моим другом Бахметьевым, начали пересматривать 700 страниц книги. Покорпели, попотели изрядно. Я работал до изнеможения. Но работа радостная. Сегодня сдал все, завтра в печать» (письмо от 30 июля 1943 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 341).
Все эти хоть и очень радостные хлопоты отодвигали срок завершения второй книги. Поначалу писатель собирался кончить ее осенью 1943 года (см. письма к Л. Р. Когану от 17 мая 1943 г., к А. И. Суслову от 25 августа 1943 г., там же, стр. 339–340, 345), но уже в октябре 1943 года он признается: «Буду изо всех сил работать над окончанием „Пугачева“, боюсь, что к новому году не закончить» (письмо к А. Ф. Пащенко от 3 октября 1943 г., там же, стр. 346). Между тем завершению этого произведения Шишков, находившийся уже на склоне лет, придавал огромное значение: «Кончу, и с народом буду в расчете; все, к чему был призван, — посильно завершено» (письмо к П. С. Богословскому от 30 июля 1943 г., там же, стр. 342). «Молю судьбу, чтоб дала мне окончить „Пугачева“, — повторял Шишков и в письме к Л. Р. Когану, — а там уж что будет, то и будет, не так уж обидно и страшно» (письмо от 2 декабря 1944 г., там же, стр. 357).
С тревогой сознавая, что «работы над романом еще много, а сил осталось мало», Шишков старается совершенно не отвлекаться от нее. Весь последний в жизни писателя 1944 год был полон самого напряженного труда над эпопеей; о ходе его писатель подробно сообщал в письмах к родным и близким. «Заканчиваю вторую (и последнюю) книгу „Пугачева“, — писал Шишков 8 января 1944 года врачу А. В. Пилипенко. — Работаю сейчас над взятием Казани» (Архив Шишкова). «Работаю много и без устали. Стал виден конец „Пугачева“: в Казани мы с ним сейчас, сожгли Казань и вот-вот будем драться с Михельсоном» (письмо к Л. И. Раковскому от 20 января 1944 г. Архив Шишкова). «„Пугачев“ подвигается к концу, скоро выйдет ловить его А. И. Суворов» (письмо ему же от 18 мая 1944 г. Архив Шишкова). «Пугачев идет. С Фатьмой я уже разделался», (письмо Л. Р. Когану от 7 сентября 1944 г, — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 352). «Пугачев уже за Казанью, перебирается на правый берег Волги, спасаясь от правительственных войск» (письмо ему же от 2 ноября 1944 г., там же, стр. 354). «Теперь дело идет к развязке, трагедия самого Пугачева, и народа, и вообще пугачевщины нарастает… Сейчас Пугачев подходит к Саратову. Тема предательства своего вождя со стороны атаманов постепенно нарастает, это должен почувствовать не только читатель, но даже всякий пролетающий над Пугачевым воробей. А в общем второй том разрастается до 60 листов! И нет возможности ничего выбросить без помехи общей картине» (письмо ему же от 2 декабря 1944 г., там же, стр. 357). Понимая невозможность «ничего выбросить без помехи общей картине», не желая «комкать» материал и события, с которыми сроднился за десять лет работы, Шишков в процессе написания второй книги задумывает перенести часть материала в третью книгу. «Решили „Пугачева“ издать в трех томах, а то второй получается чрезмерно пухлый, за 60 листов», — писал он Богословскому в декабре 1944 года (письмо от 13 декабря 1944 г., там же, стр. 359). О том, что «Пугачев во второй том не влез — высунулись руки, ноги, голова», — писал Шишков и Л. Р. Когану в феврале 1945 года: «Решил выпустить повествование в трех томах. Значит, надо было спешно… готовить рукопись к печати — редактура, правка, здесь прибавить, тут убавить» (письмо от 9 февраля 1945 г., там же, стр. 360). Второй том был сдан в издательство в декабре 1944 года. Третий и последний том должен был быть готов весной 1945 года, однако смерть писателя, последовавшая в ночь с 5 на 6 марта, помешала осуществлению этих планов.