В последний раз читатель находит Пугачева в шестой главе второй части третьей книги эпопеи, где Емельяна Ивановича в августе 1774 года встречает посланец приволжского городка Василий Захаров. В седьмой главе имя Пугачева упоминается еше раз, но здесь его образ дан уже опосредствованно через восприятие капитана Галахова, участника «комиссии» по поимке «злодея». Судя по материалам, оставшимся в архиве Шишкова, писатель намеревался нарисовать также встречу уже плененного Пугачева со знаменитым полководцем Суворовым, причем весь смысл этого эпизода заключался в прямом сочувствии вольнолюбивого и прямого Суворова «мужицкому царю». Автор хотел показать и еще одну встречу Пугачева — с графом Паниным, который пощечиной «благодарит» Емельяна, спасшего его в Семилетнюю войну. Особенно широким планом собирался Шишков изобразить самую казнь Пугачева 10 января 1775 года и горе народа, который со смертью своего вождя остается «сиротой», но «с немеркнущей волею к борьбе и победам». «Дать ярко казнь, — читаем мы в „Памятках“ писателя, — затем, постепенно удаляясь, удаляясь, — настроение в народе, в палатах, в канцеляриях, среди знати, духовенства, помещиков, купечества, лабазов, лачуг, крестьянства, горнорабочих, башкирцев… все дальше, дальше. Когда узнают якуты да тунгусы — через полтора года после казни Пугачева, — и как они будут об этом говорить».
«Екатерина въезжает в Москву и, чтоб заглушить темную страницу истории, тешит жителей белокаменной торжественными зрелищами» (Архив Шишкова).
Намеченные эпизоды так и не получили осуществления под пером писателя, однако и без этих заключительных аккордов историческое повествование «Емельян Пугачев» явилось крупнейшим вкладом Шишкова в советскую литературу, оно заняло видное место в ряду лучших произведений исторического жанра.
В 1946 году эпопее «Емельян Пугачев» была присуждена Сталинская премия первой степени, книга эта многократно переиздавалась в нашей стране и за ее пределами; ею, как и мечтал писатель, он достойно завершил свой творческий путь, выполнив свой долг перед народом.