После съезда, новый руководитель страны расставил на основные позиции своих людей. Вышинский стал наркомом иностранных дел, Межлаук, оставаясь наркомом тяжёлой промышленности СССР, был назначен первым заместителем председателя СНК, фактически возглавив всю тяжелую, добывающую и оборонную промышленность. Берия, теперь безапелляционно поддерживающий Жданова, кроме поста секретаря союзного ЦК получил назначение первым секретарем ЦК Украины с задачей чистки республики от сторонников Косиора.
Постышев, также ставший секретарем ЦК и одновременно наркомом госконтроля, курировал по партийной линии спецслужбы. Однако, опасаясь роста его влияния, глава партии подстраховался. В госконтроль не входил Комитет партийного контроля, занимавшийся надзором за членами партии. КПК остался при Центральном комитете, его председателем Жданов поставил Шкирятова, отличившегося еще во время сталинских чисток. Шкирятов должен был служить противовесом Постышеву, подбирающему под себя все контролирующие органы государства.
Мануильский, единственный из числа руководителей майского переворота, получил на съезде полное прощение и остался "серым кардиналом" Коминтерна, главой которого формально являлся Димитров. Впрочем, активность этой организации постепенно сворачивали, основной задачей Коминтерна становилась поддержка внешней политики СССР, вместо попыток экспорта революции.
Из Ленинграда, бывшей вотчины Жданова, в Москву перетаскивали людей "новой команды". Вознесенский стал председателем Госплана СССР, Кузнецов, ближайший помощник Жданова, занял место расстрелянного еще в мае Маленкова, получив должность завотделом руководящих парторганов ЦК. Смородина, второго секретаря Ленинградского обкома, избрали первым секретарем Московского областного и городского комитетов партии.
Чуть позже ждановцы получили и комсомол. Бывшего секретаря ЦК ВЛКСМ, Косарева, сняли с поста за "грубое нарушение внутрикомсомольской демократии, бездушно-бюрократическое и враждебное отношение к честным работникам комсомола, покровительство морально-разложившимся, спившимся, чуждым партии и комсомолу элементам и укрывательство двурушнических элементов". Обвинения в пьянстве и разгульной жизни были правдой, знали об этом многие. Но, кроме того, Косарев слыл сторонником Косиора и Чубаря, и во время ноябрьских событий даже попытался организовать выступления комсомольцев в их защиту. Вот этого ему прощать не собирались. Уже 11 ноября его арестовали косиоровца, а его место получил редактор "Комсомольской правды" Михайлов, быстро сориентировавшийся и организовавший кампанию по травле арестованных "убийц Сталина, заговорщиков, вредителей и изменников Родине", а также успешно, не забывая оговорок про преемственность и коллективное руководство, начавший воспевать нового вождя: "верного ленинца, решительного последователя Ленина-Сталина товарища Жданова".
Руководство партией и страной стабилизировалось. Межлаук фактически стал заместителем Жданова по тяжелой, добывающей и оборонной промышленности, Микоян – по легкой промышленности и торговле. Новый генеральный прекрасно понимал недостаток своих знаний, и не собирался тягаться с профессионалами. Вышинский начал проводить осторожную внешнюю политику, зондируя отношение ведущих и граничащих с СССР стран к сложившейся ситуации, и не предпринимая пока серьезных шагов.
Буденный, закончив чистку в своем наркомате (ограничившуюся в основном высшими руководителями преданными лично Якиру и почти не затронувшую командиров ниже командующего корпусом), занялся развитием армии. Первым замнаркома обороны, как и договаривались, стал Уншлихт, вторым Седякин. Сменилось девять командующих округов, но в целом вала перестановок не произошло.
При этом сыгравший одну из главных ролей в перевороте маршал, практически полностью вывел военных из-под контроля госбезопасности. Теперь за лояльностью армии наблюдали собственные контрразведчики, в наркомат обороны перешли чекисты из Особых отделов, ставших III Главным (военной контрразведки) Управлением НКО СССР, начальником которого стал комиссар ГБ 3 ранга Чернышев, получивший, вместо специального чекистского, воинское звание комкор.
Жданов вынужден был согласиться. Но согласившись, сделал свой ход и пошел дальше: разделил НКВД еще на две части.
Реформа снижала роль чекистов, получивших за последние пару лет чересчур большие полномочия. Собственно союзный НКВД который возглавил Кручинкин, состоял теперь из трех Главков – ГУРКМ, ГУПВВ и ГУЛАГ, а также Следственного управления, специального оперативного отдела при наркоме внутренних дел СССР (выделенного из ряда отделов ГУГБ и ГУУР РКМ при разделении НКВД на два наркомата в самостоятельное подразделение, на отдел возлагалось наружное наблюдение и установка, оперативное внедрение, опертехника а также оперативное сопровождение по делам особой важности или общественной значимости), учетно-регистрационного отдела, особых конструкторских бюро, Дальстроя, управления пожарной охраны, и ряда других отделов.
В новый наркомат государственной безопасности, НКГБ СССР, главой которого стал Заковский, после реформы вошли Первое Главное, разведывательное, управление, Второе Главное – контрразведывательное, Третье – секретно-политическое, Четвертое, занимавшееся охраной руководителей партии и правительства, а также ряд специальных управлений, Управление коменданта Московского Кремля, Следственная часть, и Группа особого назначения (ГОН) при наркоме госбезопасности СССР (проведение террора и диверсий за границей) во главе со Шпигельгласом.
Заковский, ставший шефом нового наркомата государственной безопасности, сил возражать против ослабления органов пока не имел, не так крепко еще укоренился на вершинах власти. А Кручинкин, ставший главой лишенного функций политической полиции, но сохранившего войска наркомата внутренних дел, после такого карьерного взлета окончательно стал человеком Жданова.
Оценив роль Вышинского в перевороте, Жданов, в поисках поддержки в переориентации с партии на госорганы, создания противовеса Госконтролю Постышева, и, пусть разделенным, но, тем не менее, все еще мощным наследникам "большого НКВД", решил повысить роль прокуратуры. Прокуратуру формально переподчинили Президиуму Верховного Совета, что на практике означало лично Жданову. Полномочия прокуроров увеличили, однако для баланса лишили следствия, передав его НКВД, а по делам о государственных преступлениях НКГБ. Новым прокурором Союза стал Аралов, член партии с 1903 года, фронтовой офицер первой мировой войны, первый начальник советской военной разведки, успевший потом послужить заместителем командующего Украинским военным округом, дипломатом, а с конца двадцатых трудившийся в Наркомате финансов. Семён Иванович был человеком честным, сильным и решительным. Жданов знал, что в случае конфликта с любой партийной инстанцией, новый прокурор полномочиями не поступится, и сможет превратить прокуратуру в организацию, контролирующую соблюдение закона. В том числе, соблюдение закона и постышевским наркоматом госконтроля.
После съезда, достаточно быстро сложилась группа твердых сторонников Жданова, разделивших между собой сферы деятельности. Новый генеральный прекрасно понимал недостаток своих знаний в хозяйстве огромной державы, и не собирался тягаться с профессионалами. Кроме того, Жданов осознавал, что пока его положение неустойчиво. По воспоминаниям брата его жены, Щербакова, занявшего должность начальника Управления агитации и пропаганды ЦК, Андрей Андреевич оценивал ситуацию сдержанно:
— Вот смотри – разъяснял он. Нас поддерживают бывшие руководители второго уровня. Отраслевики люди сильные, авторитетные, но на первое место в стране рассчитывать никак не могут. В промышленности это Межлаук и Микоян, в армии Буденный, у чекистов Кручинкин с Заковским… и так везде. Для них нынешние посты потолок. Нет, сами по себе они, подчеркиваю, сильны и политически, и по должности, вес имеют, но на первое место – не пройдут. Я для них человек удобный, на положение не посягаю, в их работу почти не вмешиваюсь.
— За поддержку против Косиора расплатился – поддакнул Александр Сергеевич. Межведомственные вопросы координируешь, чтобы не передрались. Но ты еще один момент учти, тебя молодые поддержат. Которые уже при тебе выдвинуты, а то и лично тобой. У них сейчас рост и перспективы, ориентируются они на тебя или твоих замов, больше не на кого. Да и забот на новых должностях хватает, вникнуть же надо, а работы полным-полно.