При поддержке группы независимых депутатов в ЗС Санкт-Петербурга добился в начале 1995 года снятия фракцией «Любимый город» неприемлемой для мэрии кандидатуры контр-адмирала Вячеслава Щербакова и избрания спикером более нейтрального Юрия Кравцова (от «Любимого города») – в связке с заместителями спикера независимыми депутатами Сергеем Мироновым (Строительная корпорация «Возрождение Санкт-Петербурга», избран от блока «Весь Петербург) и Виктором Новоселовым.
В начале мая 1995 В.Путин возглавил оргкомитет Санкт-Петербургского отделения НДР, а на учредительной конференции регионального отделения был избран председателем его совета. На учредительном съезде НДР 12 мая 1995 в Москве был избран членом совета ВОПД НДР (из 126 человек).
Летом-осенью 1995 руководил проведением кампании НДР по выборам в Государственную Думу. Во время этой избирательной кампании ему удалось привлечь в избирательный фонд НДР 1 миллиард 100 миллионов рублей (неденоминированных), предоставленных по большей части петербургскими банками (тогда как из центрального избирательного штаба НДР было перечислено только 15 миллионов руб. («Санкт-Петербургские ведомости», 1.12.1995).
В список НДР по Санкт-Петербургу была включена супруга А.Собчака Людмила Нарусова. Кандидат, выставленный НДР в единственном (из 8-ми) петербургских мажоритарных округов, проиграл выборы; по пропорциональной системе НДР заняло в городе 3-е место (после «Яблока» и Демократического выбора России) и получило 2 мандата, один из которых достался Л.Нарусовой.
В марте 1996 года вошел в штаб Санкт-Петербургско-го регионального отделения Общероссийского движения общественной поддержки Президента (ОДОПП), в которое объединились организации, выступавшие за переизбрание Б.Ельцина Президентом РФ. По этому поводу лидер петербургского «Яблока» Игорь Артемьев направил заявление в прокуратуру Санкт-Петербурга, утверждая, что участие В.Путина в работе отделения нарушает Закон «Об основных гарантиях избирательных прав граждан Российской Федерации» и, в частности, ограничение, направленное на «воспрепятствование использованию служебного положения отдельными должностными лицами в целях создания преимуществ для отдельных кандидатов». Прокуратура не дала ход этому заявлению, приняв к сведению версию В.Путина, он вошел в ОДОПП не как первый вице-мэр Санкт-Петербурга, а как руководитель региональной организации НДР.
Весной 1996 г. В.Путин занимался (вместе с Алексеем Кудриным) избирательной кампанией А.Собчака по выборам на пост губернатора Санкт-Петербурга. В.Путину А.Собчак поручил убедить депутатов городского Законодательного собрания перенести выборы с 16 июня на 19 мая, чтобы соперники не успели провести избирательную кампанию. Ранним утром 13 марта 1996 В.Путин привез в ЗС президентский указ, разрешавший выборы мэра 19 мая, и проект решения о переносе выборов, а затем «на протяжении недели буквально «выкручивал руки» городскому парламенту: кого-то уговаривал, кому-то откровенно обещал руководящую должность в мэрии, кого-то просил смириться с неизбежным» («Известия», 12.08.1999).
Усилиями В.Путина 20 марта – в последний день, когда можно было легально перенести выборы – большинство депутатов проголосовало за перенос.
После поражения А.Собчака на выборах, В.Путин ушел в отставку со своих постов в правительстве Санкт-Петербурга и получил приглашение от управляющего делами президента Павла Бородина стать его заместителем.
На должности заместителя управляющего делами Президента РФ (с июля 1996 по март 1997) В.Путин курировал зарубежную собственность управления делами. Во время пребывания В.Путина на этой должности все бывшее имущество СССР и КПСС за границей было поставлено на учет и переоформлено – передано фактически в собственность Управлению делами президента.
26 марта 1997 указом президента В.Путин был назначен заместителем руководителя Администрации Президента РФ – начальником Главного контрольного управления (ГКУ) Президента, сменив на этом посту А.Кудрина, ставшего заместителем министра финансов.
На IV съезде НДР 19 апреля 1997 был избран членом политсовета ВОПД НДР (из 178 человек).
21 июня 1997 3-я конференция петербургского регионального отделения НДР удовлетворила просьбу В.Путина об освобождении от должности председателя совета в связи с его назначением руководителем ГКУ, оставив его представителем петербургского отделения в общероссийском политсовете НДР. Новым председателем регионального совета НДР стал президент АО «Ленинец» Анатолий Турчак (в 1999 его сменил президент ЗАО «Петербургская топливная компания» (ПТК) Андрей Степанов, а в 2000 г. – ректор Горной академии Владимир Литвиненко).