Ремус столкнулся лицом к лицу и с Грейбэком, и с Тонкс в "Хогвартсе" всего год спустя, когда Орден сошелся в схватке со смертеедами, проникшими в замок. Во время этой битвы Ремус потерял еще одного человека, которого любил: Альбуса Дамблдора. Дамблдора любили все члены Ордена Феникса, но для Ремуса он был связан с добротой, терпимостью и пониманием, которых он не получал ни от кого в мире, за исключением своей семьи и своих трех лучших друзей, и был единственным человеком, который предложил ему должность в нормальном колдовском обществе.
После кровавой битвы, Тонкс, под впечатлением слов Флер Делакур о бесконечной любви к Биллу Уизли, который был изуродован Грейбэком, сделала храброе публичное признание о своих чувствах к Ремусу, и тот был вынужден признаться в собственной любви к ней. Несмотря на продолжающиеся опасения, что поступает эгоистично, Ремус тихо женился на Тонкс на севере Шотландии, свидетелями выступили посетители местной колдовской таверны. Он продолжал опасаться, что клеймо позора, лежащее на нем, перенесется на его жену, и не желал афишировать их союз; его настроение постоянно менялось от радости, что он женился на женщине своей мечты, до ужаса осознания того, что он навлек на них обоих.
Отцовство
Уже через несколько недель после женитьбы Ремус узнал, что Тонкс беременна, и все его прежние страхи выплыли на поверхность. Он был убежден, что передаст свое состояние по наследству невинному ребенку и обречет Тонкс на такую же жизнь, которую вела его мать: постоянные переезды с места на место, невозможность закрепиться на одном месте, необходимость прятать его все более агрессивного ребенка от любопытных взглядов. Полный угрызений совести и чувства вины, Ремус бежал, оставив беременную Тонкс; он разыскал Гарри и предложил сопровождать его, какая бы смертельная опасность тому не грозила.
К ужасу и досаде Ремуса семнадцатилетний Гарри не только отклонил его предложение, но еще и разозлился и стал его оскорблять. Он заявил своему бывшему учителю, что тот ведет себя, как эгоист и безответственный человек. Ремус отреагировал с необычной для него резкостью: он выбежал из дома и отправился прямиком в "Дырявый котел", где уселся в углу и стал пить и злиться.
Однако после нескольких часов раздумий Ремус был вынужден признать, что его бывший ученик преподал ему хороший урок. Джеймс и Лили, подумал Ремус, защищали Гарри даже в момент смертельной опасности. Его собственные родители, Лайалл и Хоуп, пожертвовали своим спокойствием и безопасностью ради того, чтобы их семья была вместе. Стыдясь того, что сделал, Ремус покинул паб и вернулся к жене, где он попросил у нее прощения и заверил ее, что что бы ни случилось, он никогда больше ее не оставит. Все оставшееся время беременности Тонкс Ремус отказывался от миссий для Ордена Феникса и сделал своим главным приоритетом защиту своей жены и нерожденного ребенка.
Сын Люпинов, Эдвард Ремус ("Тедди"), был назван в честь недавно погибшего тестя. К облегчению и радости обоих родителей, при рождении у него не было никаких признаков ликантропии, однако он унаследовал способность своей матери менять свою внешность по желанию. В ночь, когда родился Тедди, Ремус ненадолго оставил Тонкс и своего сына на попечение своей тещи, чтобы встретиться Гарри впервые с момента их ссоры. Он попросил Гарри быть крестным Тедди, чувствуя лишь прощение и благодарность человеку, который оправил его домой к семье, что подарила ему его самое большое счастье.
Гибель
И Ремус, и Тонкс вернулись в Хогвартс для участия в финальной битве против Волдеморта, оставив своего маленького сына с бабушкой. Оба знали, что если Волдеморт выиграет эту битву, их семью точно уничтожат: они оба были известными членами Ордена Феникса. Тонкс, в глазах своей тетки-смертеедки Беллатрикс Лестрандж, несла на себе клеймо, а их сын был прямым контрастом чистокровной идее: множество родственников-маглов и примесь крови вервольфа.
Выйдя победителем из многочисленных столкновений со смертеедами, каждый раз сражаясь с умением и храбростью и находя выход из самых опасных ситуаций, Ремус Люпин погиб от рук Антонина Долохова, одного из самых опытных, самых верных и жестоких смертеедов Волдеморта. Ремус был не в лучшей форме, чтобы сражаться, когда он бросился в бой. Многие месяцы неактивности, когда он пользовался, в основном, заклинаниями скрытности и защиты, притупили его способности дуэлянта, и когда он вступил в бой с таким опытным бойцом, как Долохов, закаленным за многие месяцы убийств и прочих зверств, его реакция была недостаточно быстрой.