Хотя Минерва была слишком мала, чтобы помнить, что случилось после этого, последующие события оставили её с горьким пониманием всех сложностей того, что означает расти в магловом мире человеку, наделенному магической силой. Хотя Роберт Макгонаголл, обнаружив, что она ведьма, продолжал любить свою жену так же крепко, как и раньше, он был глубоко потрясен ее признанием, а также тем фактом, что она держала это от него в секрете так долго. Более того, он, кто так гордился своей правильностью и честностью, теперь был вынужден вести скрытную жизнь, которая абсолютно противоречила его натуре. Изобель, всхлипывая, объяснила, что она (и их дочь) связаны Международным статутом секретности и что они будут обязаны скрывать правду о себе, чтобы не навлечь на себя гнев Министерства магии. Роберт дрогнул от мысли о том, что будут думать местные жители - по большей части строгий, консервативный и совсем обычный народ - если узнают, что жена их священника ведьма.
Любовь выжила, но доверия между родителями уже не было, и Минерва, умная и наблюдательная девочка, видела это и страдала. У Макгонаголлов родились еще два ребенка, на этот раз сыновья, и оба с течением времени проявили магические способности. Минерва помогла своей матери объяснить Малькольму и Роберту-младшему, что им нельзя афишировать свое колдовство, и помогала своей матери скрывать от отца разного рода несчастные случаи и неприятности, которые их магия иногда вызывала.
Минерва была очень близка к своему отцу-маглу и по темпераменту была больше похожа на него, нежели на мать. Она с болью глядела на то, как ему тяжело в той странной ситуации, в которой оказалась их семья. Но она также чувствовала, как тяжело было её матери вписаться в образ жизни полностью магловой деревни и насколько она скучала по свободе жить среди таких же, как она, и по возможности пользоваться своими значительными талантами. Минерва никогда не забыла, как плакала ее мать, когда в одиннадцатый день рождения Минерве пришло письмо о том, что ее приняли в Хогвартсовскую школу колдовства и ведьмовства: она знала, что Изобель плачет не только от гордости, но и от того, что завидует ей.
Школьные годы
Как это часто случается с юными колдунами и ведьмами, которые происходят из семей, в которых им не разрешают проявлять своих магических способностей, для Минервы Макгонаголл Хогвартс стал местом, где она почувствовала свободу.
Минерва привлекла к себе огромное внимание самым первым вечером, когда она оказалась застрешляпом. После пяти с половиной минут раздумий Шляпа-сортировщица, размышлявшая, куда определить девочку, в Равенкло или Гриффиндор, в итоге определила Минерву в Гриффиндор. (Позднее данное обстоятельство оказалось предметом шуток, которыми Минерва обменивалась со своим коллегой Филиусом Флитвиком, относительно которого шляпа тоже стояла перед тем же выбором, но в итоге приняла противоположное решение. Двум главам колледжей было весело думать, что если бы не случай, они бы вполне могли оказаться на противоположных должностях).
Минерву быстро признали самой выдающейся ученицей потока, с особым талантом к превращениям. Переходя из класса в класс, она демонстрировала, что унаследовала как талант своей матери, так и твердые моральные принципы своего отца. В течение двух лет Минерва училась в школе вместе с Помоной Спраут, которая позже стала главой колледжа Хаффлпафф: две женщины поддерживали прекрасные отношения и тогда, и позже.
К концу своего обучения в Хогвартсе Минерва Макгонаголл добилась впечатляющих результатов: высшие баллы по СОВам, и ПАУКам, префект, первая ученица, победитель приза самому многообещающему молодому автору журнала "Современные превращения". Под руководством блестящего учителя по превращениям Альбуса Дамблдора она смогла стать анимагом: её анимаговая форма, с соответствующими признаками (полосатая кошка, квадратные отметины по форме очков вокруг глаз) была соответствующим образом зарегистрирована в реестре анимагов Министерства магии. Минерва, как и ее мать, была очень одаренным квиддичистом, хотя очень неприятное падение на последнем году ее учебы (результат запрещенного приема во время игры между Гриффиндором и Слизерином, которая решала то, кому достанется Кубок) привело к сотрясению мозга и нескольким сломанным ребрам, что и объясняет желание её жизни увидеть проигрыш Слизерина на квиддичном поле. Хотя после окончания Хогвартса она прекратила играть в квиддич, профессор Макгонаголл, страстная болельщица, проявляла живой интерес к успехам команды ее колледжа и сохранила острый глаз на талантливых игроков.