Первое восхождение Волдеморта к могуществу
Минерва Макгонаголл не учила юного Тома Риддла, но была в курсе опасений и подозрений Дамблдора в его отношении. Минерва не была членом Ордена Феникса во время первого восхождения Волдеморта к могуществу (в то время Орден Феникса рассматривался Министерством, как подрывная организация; последующие министры опасались харизмы и магического таланта Дамблдора и были склонны подозревать, что он желает сместить их). Однако способности Минервы как анимага оказались полезны в эти темные периоды колдовской истории: в тайне от своих учащихся, она проводила многие ночи в качестве шпиона Министерства в образе полосатой кошки, доставляя аврорам важнейшую информацию о деятельности последователей Волдеморта.
Как и многие в колдовском сообществе, она перенесла личные трагедии во время первого периода могущества Волдеморта. Среди самых ужасных была потеря её брата Роберта; двух её любимых учеников Лили Эванс и Джеймса Поттера; и Дугала Макгрегора, который был убит вместе со своей женой и детьми во время одного из рейдов смертеедов против маглов. Новости об этой последней трагедии стали ужасным ударом для Минервы, которая спрашивала себя, могла ли она спасти жизнь Дугала, если бы вышла за него замуж.
Женитьба
В течение нескольких первых лет своей карьеры в "Хогвартсе" Минерва Макгонаголл сохраняла дружеские отношения со своим старым начальником в министерстве, Элфинстоуном Урквартом. Однажды он, проводя отпуск в Шотландии, навестил ее и, к ее огромному изумлению и смущению, предложил ей выйти за него замуж (в чайной мадам Паддифут). Все еще любя Дугала Макгрегора, Минерва отказала ему.
Элфинстоун, однако, продолжал любить ее и периодически делать ей предложения, несмотря на то, что она каждый раз отказывала ему. Хотя гибель Дугала Макгрегора и оказалась для нее очень тяжелым испытанием, в результате трагедии Минерва обрела свободу. Вскоре после первой победы над Волдемортом Элфинстоун, уже поседевший, опять сделал ей предложение во время летней прогулки вокруг озера на территории Хогвартса. В этот раз Минерва ответила согласием. Элфинстоун, уже в отставке, был вне себя от радости и приобрел в Хогсмиде маленький домик для них двоих, откуда Минерва легко могла ходить на работу в школу.
Известная последующим поколениям студентов как "Профессор Макгонаголл", Минерва - всегда немного феминистка - объявила, что сохранит после женитьбы свою фамилию. Традиционалисты фыркали: почему Минерва отказывалась принять чистокровную фамилию и захотела оставить себе фамилию своего отца, магла?
Их брак (имевший ранний и трагический конец, пусть это и было предначертано судьбой) был очень счастливым. Хотя у них не было своих детей, племянники Минервы (дети ее братьев Малькольма и Роберта) часто гостили у них в доме. Для Минервы это был очень удачный период.
Безвременная гибель Эльфинстоуна от укуса ядовитых щупальцев три года после женитьбы стала горем для всех, кто знал эту пару. Минерва не могла остаться жить в их доме в одиночестве и после похорон Эльфинстоуна собрала вещи и вернулась в свою бедно обставленную спальню в Хогвартсе, вход в которую был через потайную дверь в стене ее кабинета на первом этаже. Будучи всегда очень храбрым и скрытным человеком, всю свою энергию она направила в свою работу, и лишь немногие - за исключением, возможно, Альбуса Дамблдора - догадывались, насколько сильно она страдала.
Вторая колдовская война
Ко времени Второй колдовской войны Минерва больше не была готова выступать министерским шпионом, которое, как она считала, разложилось и стало опасным. Её отношение к происходящему, без сомнения, изменилось с приходом в Хогвартс Долорес Джейн Амбридж, министерского инспектора и учителя по защите от Темных сил, с которой Минерва сталкивалась более яростно, чем с кем-либо из других её коллег за долгую и разнообразную карьеру. После конфронтации со смертеедами, которые проникли в Хогвартс во время гибели Альбуса Дамблдора, Минерва стала полновесным членом Ордена Феникса, который теперь больше чем когда бы то ни было превратился в подпольную организацию.
После того, как Северус Снейп был повышен до директора после её краткого замещения поста директора, Минерва Макгонаголл осталась на посту, чтобы защищать учащихся по мере своих сил и возможностей от зловещего внимания супругов Карроу, смертеедов, которых Волдеморт навязал школе в качестве учителей. Несмотря на свою хорошо известную лояльность профессору Дамблдору, Волдеморт и его последователи считали, что Минерва слишком одаренная, чтобы терять её, и слишком умна, чтобы не присоединиться к ним после того, как их победа будет гарантирована.