В Управлении делами президента Путин прежде всего занялся решением квартирных вопросов в Москве для себя и своих соратников, перевозимых им из Санкт-Петербурга (квартира в Москве это очень важный момент в карьерном росте и финансовом благополучии чиновника). В Управлении делами Путин курировал внешнеэкономические связи и всю договорно-правовую деятельность Управления. В его ведении было создание компаний, призванных управлять собственностью Кремля за рубежом.
В Управлении догадывались и о лояльности Путина другим людям и структурам, и о намерениях Путина сменить Бородина. Ошибки Собчака Бородин повторять не собирался. Путина не пустили даже в основной офис Управления в Никитском переулке. Кабинет засланного Путина находился на Варварке. Правда, на три дня Путин все-таки оказался в кресле Бородина. Ельцин, по совету дочери, взял и Бородина уволил. Но через три дня Ельцина уговорили Бородина восстановить. Увольнения этого никто, кроме Бородина, не заметил. Но Бородин о нем помнил и вскоре после восстановления в должности попросил Путина от него забрать. Мстительный Путин Бородину тоже отплатил: как только Путин стал исполняющим обязанности президента, он снял Бородина с должности и назначил его секретарем Российско-Белорусского союза - главой бессмысленной структуры.
Руководитель главного контрольного управления
Как принято в российской бюрократической машине, Путина перевели с повышением. В марте 1997 г. Чубайс стал первым заместителем премьер-министра (место руководителя Администрации президента занял будущий зять Ельцина Валентин Юмашев). Поддерживавшие Путина Чубайс и Юмашев быстро сумели провести через президента новое назначение Путина. 25 марта 1997 г. Путин стал заместителем руководителя администрации президента и начальником Главного контрольного управления (ГКУ). На этом посту он сменил другого представителя "петербургской команды Чубайса", бывшего заместителя Собчака и старого знакомого Путина Алексея Кудрина, назначенного заместителем министра финансов. Собственно, именно Кудрин рекомендовал назначить вместо себя Путина, и так как Путина поддержали еще и Чубайс с Юмашевым, назначение на высокую должность прошло. В числе причин, по которым Юмашев одобрил кандидатуру Путина, называют преданность, продемонстрированную Путиным по отношению к бывшему начальнику - Собчаку, и отсутствие у Путина излишней политизированности.
Из тесного офиса на Варварке Путин перебрался на Старую Площадь, в роскошный кабинет, который некогда принадлежал председателю Комитета партийного контроля при ЦК КПСС члену советского политбюро Арвиду Пельше. Рассказывая о планах на новой должности, Путин сообщил о планируемых им проверках различных государственных структур, естественных монополий, вооруженных сил и военно-промышленного комплекса. Он рассчитывал выявить в этих структурах злоупотребления и, таким образом, улучшить ситуацию с государственным бюджетом. Путин подчеркнул, что деятельность ГКУ носит консультативный характер и сведения о выявленных правонарушениях будут передаваться в Генеральную прокуратуру, а сами проверки должны будут осуществляться в сотрудничестве с Генпрокуратурой и другими правоохранительными органами. Основным направлением работы ГКУ под руководством Путина была борьба с нецелевым использованием бюджетных средств в регионах страны и в федеральном центре. Первым документом, подписанным Путиным на посту руководителя ГКУ, было распоряжение о начале проверки именно в этой области.
На новой должности Путин активно собирает информацию о 89 субъектах Российской федерации, прежде всего о губернаторах. При Путине из недр ГКУ в Кремль стали поступать толковые сводки о положении дел в регионах. Участились и более жестко стали проводиться центром организованные ГКУ региональные проверки. Некоторые губернаторы справедливо предполагали, что Путин таким образом собирает на них компромат, что было не сложно. В региональных прокуратурах за ельцинские годы скопилось много незавершенных дел о коррупции местного руководства. Нецелевое использование бюджетных средств происходило повсеместно. Может быть, именно эти компрометирующие губернаторов материалы стали золотым ключиком к их сердцам: за год работы в ГКУ Путин ни с кем из губернаторов не разругался, со всеми нашел общий язык, даже со строптивым губернатором Красноярского края Александром Лебедем.
В мае 1998 г. в администрации Ельцина прошли крупные кадровые перестановки. 25 мая Путин был назначен заместителем руководителя администрации, ответственным за региональную политику. В отличие от своей предшественницы - старой соратницы Ельцина Виктории Митиной, - Путин получил должность первого заместителя главы администрации. Однако он не долго совмещал обе должности. 1 июня на посту руководителя ГКУ его сменил генерал-лейтенант госбезопасности Николай Патрушев, также выходец из Санкт-Петербурга, которого в Москву перетащил Путин. Он же рекомендовал назначить Патрушева своим преемником.