Одним из направлений работы Путина стало противодействие сложившейся тенденции, в рамках которой мэр Москвы Юрий Лужков и губернатор Санкт-Петербурга Яковлев оказывали все большее влияние на региональных руководителей ФСБ. Иными словами, Московское и Санкт-Петербургское управления ФСБ по существу подчинялись не директору ФСБ, а городским начальникам. Диктовалось это экономическими соображениями. На официальную государственную зарплату никто из офицеров ФСБ давно не жил. В дополнение к зарплате всем выдавались пакеты с наличными деньгами. Эти деньги нужно было где-то брать, и региональные управления ФСБ повсеместно вступали в непосредственные коммерческие отношения с городскими руководителями, предоставляя им за получаемые деньги определенные услуги: персональную охрану, крышевание бизнесов и прочее. Чем крупнее был город, тем влиятельнее начальники. До прихода Путина на должность директора ФСБ руководитель Управления ФСБ по Москве и Московской области по политическому влиянию в правительстве мог тягаться с директором ФСБ, а по экономическим возможностям оставлял директора ФСБ сильно позади.
Следует отдать должное Путину. С задачей реформирования ФСБ он справился блестяще. Прежде всего он показал старшему офицерскому составу ФСБ, кто в доме хозяин, причем сделал это достаточно иезуитским способом. Он вывел за штат, т. е. уволил, примерно две тысячи офицеров ФСБ, включая всех сотрудников двух экономических отделов и руководителей-генералов из Коллегии ФСБ. На освободившиеся вакансии в Коллегии он назначил выходцев из Санкт-Петербурга, бывших сослуживцев по КГБ, генералов Виктора Черкесова, Сергея Иванова и Александра Григорьева. В октябре 1998 г. своим заместителем в ФСБ он сделал старого знакомого - ленинградца Патрушева. В Москву были также переведены коллеги Путина по ленинградскому КГБ Владимир Проничев (ставший начальником Департамента по борьбе с терроризмом) и Виктор Иванов (Начальник департамента Собственной безопасности ФСБ - внутренняя контрразведка). Личным помощником и доверенным лицом Путина в ФСБ стал капитан Игорь Сечин, меньше чем за полгода дослужившийся до полковника (в ранг полковника был произведен и директор ФСБ Путин).
Вместо упраздненных управлений экономической контрразведки и контрразведывательного обеспечения стратегических объектов были созданы шесть новых управлений во главе с новыми руководителями. В эти новые управления Путин набрал старых выведенных за штат сотрудников, завершив этим реорганизацию, на которую ушел примерно месяц. Без работы никто из выведенных за штат не остался. Общее число сотрудников ФСБ Путин не сократил.
Путин сделал работу в ФСБ более привлекательной в финансовом отношении. Он добился регулярного финансирования ФСБ и - непосредственно у Ельцина, минуя бюрократическую лестницу, - повышения зарплаты сотрудникам ФСБ, которых теперь уравняли с работниками Службы внешней разведки (СВР) и Федерального агентства правительственной связи (ФАПСИ).
29 марта 1999 г. Путин был назначен секретарем Совета Безопасности РФ с сохранением должности директора ФСБ. Так что с точки зрения карьерного роста работу Путина в ФСБ следовало признать успешной. Что же касается борьбы с преступностью, то здесь возникли проблемы. В период директорства Путина в ФСБ в России были совершены следующие крупные преступления (почти все оставшиеся нераскрытыми):
Убийство на даче под Смоленском президента Ассоциации российских производителей бриллиантов Александра Шкадова (1 августа 1998 г.).
Покушение на мэра Махачкалы Саида Амирова (8 августа 1998 г.).