8 октября 1998 г. Скуратов возбудил уголовное дело по фактам коррупции в Управлении делами президента. Совместно со швейцарскими коллегами российские следователи выявили ряд злоупотреблений при подписании и осуществлении контрактов по реставрации Кремля и обновлении салона самолета президента, в том числе счета с многомиллионными вкладами на имя Павла Бородина, его дочери и зятя. Расследования Скуратова буквально пошатнули трон Ельцина. Все чаще и чаще в Думе звучало слово "импичмент".
Однако спустя шесть месяцев после начала расследования было возбуждено уголовное дело в отношении самого Скуратова, который обвинялся в поступках, несовместимых с его должностью и званием. Дело в том, что в распоряжении ФСБ в марте 1999 г. оказались видеозаписи, на которых "человек, похожий" на Скуратова в абсолютно голом виде занимался любовью с двумя столь же голыми "девушками по вызову". В ночь с 1 на 2 апреля 1999 г. заместитель прокурора города Москвы возбудил в отношении Скуратова уголовное дело. Поспешность в возбуждении уголовного дела объяснялась просто - швейцарские следователи быстро продвигались в расследовании незаконной деятельности швейцарских фирм, осуществлявших работы по выполнению контрактов с Кремлем, и необходимо было как можно быстрее прекратить это расследование. Сделать это можно было лишь сменив генерального прокурора, отставку которого по закону должна была утвердить верхняя палата российского парламента - Совет Федерации. Процедура была сложная и долгая.
В отличие от российских коллег швейцарские следователи довели расследование до конца. Итогом его явился получивший широкий международный резонанс арест в США Павла Бородина, прибывшего туда на процедуру инаугурации президента Джоржа Буша, с последующей его экстрадицией в Швейцарию. В ходе следствия и судебного разбирательства была вскрыта коррупционная схема, используемая Бородиным и его швейцарскими подельниками. Бородин по решению швейцарского суда был оштрафован на примерно 375 тысяч долларов, но вины своей не признал и от уплаты наложенного на него штрафа отказался. Отказалась вносить штраф за Бородина и Россия. Деньги, являвшиеся залогом для освобождения Бородина из швейцарской тюрьмы, были внесены одним из его швейцарских партнеров. В конце концов дело закончилось фарсом.
Практически совпали по времени атаки на генерального прокурора Скуратова и свидетеля швейцарской прокуратуры Филиппа Туровера, информация которого использовалась швейцарскими и российскими следователями. После отставки Скуратова в отношении швейцарского подданного Туровера прокуратурой Москвы было возбуждено уголовное дело. Вот что пишет в своих воспоминаниях "Вариант дракона" Скуратов: "Туровер нам помог более чем ФСБ, МВД и СВР вместе взятые. Все показания его, увы, подтвердились. Не зафиксировано ни одного случая лжесвидетельства с его стороны. Наши спецслужбы, защищая "кремлевских", начали разрабатывать Туровера и дискредитировать его". Он обвинялся в обмане, подстрекательстве, даче взятки и краже. В связи с возбуждением уголовного дела Туровер был объявлен во всероссийский розыск, а затем и в розыск по линии Интерпола. Правда, обвинения российской стороны против Туровера не подтвердились и со временем дело было закрыто.
В операции по дискредитации и снятию Скуратова самая главная роль была отведена Путину. Именно его агенты сняли и оплатили квартиру, в которую приехал Скуратов для встречи с девушками. Именно его агенты произвели запись развлечений генерального прокурора. Именно в распоряжении Путина оказалась пленка, на которой "человек, похожий на генерального прокурора", как писала, в соответствии с законом российская пресса, не имевшая права утверждать, что на пленках запечатлен именно Скуратов, находился в компании двух проституток. И именно Путин публично озвучил требование президента Ельцина к Скуратову добровольно уйти в отставку во избежание скандала.