После отказа Скуратова запись сексуальных развлечений "человека, похожего на генпрокурора", была продемонстрирована по государственному телеканалу РТР. Видеозапись руководителю РТР Михаилу Швыдкову предоставил лично "человек, похожий на директора ФСБ" Путина. Несколько позже пленка была также продемонстрирована по каналу ОРТ в программе Сергея Доренко.
7 апреля 1999 г. директор ФСБ Путин сообщил в своем выступлении на телевидении, что предварительная оценка экспертов ФСБ и МВД признала видеозапись сексуальных развлечений генпрокурора подлинной и вновь высказался за добровольную отставку Скуратова. Он также заявил, что "мероприятие", зафиксированное на видеопленке, оплачивалось "лицами, проходящими по уголовным делам", расследуемым генпрокуратурой, и потребовал "объединить" материалы двух уголовных дел: дела по ст. 285 УК РФ ("злоупотребление служебным положением") против Скуратова и дела по ст. 137 ("вмешательство в частную жизнь") - против лиц, незаконно следивших за генпрокурором. В конечном итоге лица, сделавшие скандальную видеозапись, остались официально неизвестными, а идентичность Скуратова и "человека, похожего на генерального прокурора", не была установлена юридически. Тем не менее Скуратов был вынужден уйти в отставку. Его сменил Владимир Устинов.
В ноябре 1998 г. большой резонанс получил скандал, связанный с именами Бориса Березовского и Александра Литвиненко. 17 ноября группа офицеров ФСБ, возглавляемая подполковников ФСБ Литвиненко, хотя в этой группе формально он не был самым старшим - старшим был полковник Александр Гусак - выступила на пресс-конференции в крупнейшем новостном агентстве России "Интерфакс", транслируемой всеми каналами российского телевидения на всю страну, с заявлением, что руководство ФСБ отдало им приказ убить Исполнительного секретаря СНГ Бориса Березовского. За несколько дней до этого, 13 ноября в газете "КоммерсантЪ" было опубликовано открытое письмо Березовского Путину, в котором Березовский сообщил о существовании внутри спецслужбы заговора партийной (коммунистической) номенклатуры, покрывающей преступников из ФСБ. Хотя эпизод с подстрекательством относился ко времени руководства предшественника Путина, Ковалева, новый директор ФСБ отреагировал на заявление Березовского крайне жестко. Он заявил, что его служба не участвует в политических играх и, напротив, защищает в рамках закона конституционный строй и безопасность личности, общества и государства. Путин осудил вмешательство любых политических сил (намекая на Березовского) в работу ФСБ, которая, по его словам, должна направляться только президентом. Любые попытки подобного вмешательства директор ФСБ расценил как дестабилизирующие обстановку в стране.
Скандал поставил под угрозу репутацию Путина и его ведомства. Свою обеспокоенность сложившейся ситуацией на встрече с Путиным высказал президент, рекомендовавший Путину разобраться с сутью выдвинутых группой Литвиненко против руководства ФСБ обвинениями. Путин на это декларировал, что "в случае подтверждения сведений о преступной деятельности наших сотрудников, независимо от званий и должностей, мы безжалостно избавляемся от них и передаем материалы в прокуратуру".
Однако общественное мнение страны и пресса, склонные приписывать российскому олигарху Березовскому контроль над высшими чиновниками государства, стали подозревать, что все происходящее является сговором между Путиным и Березовским с целью отдать контроль над ФСБ Березовскому и его людям, одним из которых считался Литвиненко. Такие настроения общественности для Путина представляли угрозу. Было известно об открытом конфликте Березовского с премьер-министром Примаковым, в кабинет министров которого входил Путин; генпрокуратура пыталась возбудить против Березовского уголовные дела по обвинению в экономических преступлениях; и ассоциирование Путина с Березовским, конечно же, шло Путину во вред. Тем более, что Березовский стал терять влияние внутри ельцинского окружения, и информация об этом не дойти до Путина не могла, так как и он входил в это окружение и был близко знаком со всеми остальными туда входящими.
Путин понял, что лучший способ защиты от подозрений в близости к Березовскому это публичная атака на самого Березовского. Он занял по крайней мере нейтральную позицию по отношению к действиям премьер-министра Примакова и генпрокуратуры против Березовского и его структур; он настоял на увольнении из ФСБ Литвиненко и всех тех офицеров, которые выступили 17 ноября 1998 г. на пресс-конференции в "Интерфаксе", и даже старшего офицера группы Литвиненко полковника Гусака, который в пресс-конференции участия не принимал, но дал показания, подтверждающие обвинения Литвиненко. Он настоял затем на аресте Литвиненко и Гусака и допустил фактическую высылку Березовского из страны. И все это прежде всего для того, чтобы отмежеваться от Березовского, близостью с которым, навязываемой Березовским, Путин тяготился.