По мнению многих журналистов и чиновников, Березовский, со своей стороны, тоже вел войну против Примакова. Первой жертвой этой войны мог стать Путин, а последней - сам Примаков. Бывший руководитель ФСБ Ковалев утверждал, например, что Березовский с помощью скандала, вызванного пресс-конференцией Литвиненко, пытался подорвать влияние ФСБ и связано это было с тем, что уже с октября 1996 г., когда Березовский стал заместителем секретаря Совета безопасности (СБ) России, он пытался создать подконтрольную СБ спецслужбу, во главе которой хотел поставить Литвиненко. В этих планах, если они и были, было больше утопического, чем реального. Тем не менее в проектах энергичного Березовского Путин мог усмотреть для себе угрозу. Рисковать своей карьерой он не собирался. Арест Литвиненко и Гусака и выдавливание Березовского за границу были намеренными превентивными ударами.
В Совете Безопасности России
Еще в октябре 1998 г. Путин был введен в состав Совета безопасности РФ в качестве постоянного члена, а с марта по август 1999 г. занимал пост секретаря этой структуры. В числе претендентов на этот пост, который ранее занимал Николай Бордюжа (ранее уволенный с поста главы президентской администрации), фигурировали Сергей Кириенко и Виктор Черномырдин. После того как ни с одним из них не удалось достичь приемлемой для Кремля договоренности, круг кандидатур ограничился руководителями силовых ведомств. Выбор из их числа делался по принципу наименьшей лояльности премьер-министру Примакову. Так, из-за близких с Примаковым отношений отвергли кандидатура директора СВР Вячеслава Трубникова. Путин же, с Примаковым не ссорившийся и поддерживавший с ним ровные формальные отношения, в то же время ориентировался на подчинение не Примакову, пытавшему контролировать работу "силовиков", а Кремлю - Ельцину и ближайшему его окружению.
Не исключено также, что выдвижением Путина в СБ Ельцин пытался уравновесить назначение на пост главы президентской администрации Александра Волошина, которого считали человеком Березовского. Волошин начинал свое восхождение в политике из структур Березовского и считался его подопечным. Назначение Волошина на должность руководителя администрации президента не могло не рассматриваться в стране абсолютно всеми иначе, как усиление влияния Березовского на Кремль.
Совмещавший должности директора ФСБ и секретаря Совета безопасности Путин получил в свои руки серьезные рычаги давления и власть, соизмеримую, пожалуй, лишь с властью премьер-министра Примакова. К этому времени относится начало открытого противостояния Примакова Кремлю. Используя поддержку парламентского большинства и скандальные разоблачения генпрокурора Скуратова, Примаков по существу перетягивает на себя одеяло власти. В стране происходит что-то похожее на ползучий переворот. В Государственной думе коммунисты пытались повернуть против Ельцина волну антиамериканских настроений из-за югославского кризиса и вынашивали планы импичмента президента. В правительстве Примакова левые получили ключевые посты. Власть постепенно оказалась в руках старых прокоммунистических сил. Оплотом президента Ельцина оставался лишь Кремль, который практически бездействовал, так как был бессилен. Примаков же, стоявший во главе этого переворота, умело создавал впечатление, что является дамбой, сдерживающей коммунистический напор, последней преградой на пути к свержению Ельцина.
В этот критический для страны и своей власти момент Ельцин совершает поступок, на который, казалось, он никогда не сможет решиться. 19 мая он подписывает указ о снятии Примакова, находившегося в зените своей власти и популярности, с поста премьер-министра России. Как карточный домик рушится виртуальное коммунистическое могущество. Затихает оппозиция в Думе. Прекращаются разговоры об импичменте. Уходит в отставку Скуратов. Однако, избавившись от премьер-министра - бывшего директора СВР, Ельцин делает новым премьер-министром бывшего директора ФСК (бывший КГБ - будущая ФСБ) - Сергея Степашина. Из этой сети Ельцин выбраться уже не мог. Выбирать премьер-министров России он мог теперь только из числа офицеров ФСБ. Это была плата за собственное нахождение у власти и за передачу власти преемнику, который гарантирует иммунитет Ельцину и его семье от судебных преследований Думы и генпрокуратуры.