Після успішного завершення Московської (Лівонської) війни, у 1582 році Стефан Баторій надав козакам низку привілеїв: особисту свободу, право на власний суд, звільнення від податків і майнові права. Це стало важливим кроком у юридичному оформленні козацького стану в Україні як стану військового, лицарського, із певними суспільними привілеями. Козаки були задоволені таким розвитком відносин із владою, але надалі все складалося не так, як вони сподівались. Польська влада широко користувалася допомогою козаків при охороні кордону, однак відмовлялась утримувати їхні військові підрозділи, а ще гірше – не визнавала їхніх станових прав. Тому козацтво вважало, що не має зобов'язань перед королівською владою та воювало й далі на степовому кордоні на свій страх і ризик. Оскільки протягом 1580-х років чисельність козацтва значно зросла, їхні походи проти турків і татар набирали дедалі більших масштабів і ставали дедалі ефективнішими. Як писав польський хроніст Рейнольд Гейденштейн, козаки, «…зміцнившись у силі, почали щоразу частіше нападати на примирені з Польщею краї». А такими краями були турецьке Придністров'я, Кримське ханство та залежна від султана Молдавія.
Уже в 1583 році козаки захопили й ущент зруйнували місто та фортецю Бендери (Тягин) – найбільшу турецьку фортецю Північного Причорномор'я. Ця подія мала особливе значення для козацтва. Насамперед вона засвідчила посилення його можливостей у прикордонній війні. Крім того, зруйнування Бендер уперше зробило козаків відомими в Західній Європі. Протягом XVI ст. османська загроза становила серйозну небезпеку для багатьох європейських країн. І будь-яка велика перемога над турками відразу привертала до себе увагу. Почувши про козаків, європейські політики почали налагоджувати контакти з ними. Європі були потрібні союзники в боротьбі проти турків, яка майже безперервно тривала на Балканах і в Середземному морі.
Першим серед західних дипломатів установив контакти з козацькою верхівкою представник Папи Римського, але справа поки що обмежилась отриманням інформації про можливості козацтва. У тому ж 1583 році вперше з'явилися скарги українських землевласників, магнатів і шляхти, на те, що козаки вимагають для себе «стацій» – права на постій і продовольче забезпечення в королівських і шляхетських маєтках. У Речі Посполитій утримували військові підрозділи на державній службі. Тобто козаки вважали себе повноправними захисниками країни й вимагали такого ж постачання, як і жовніри на королівській службі. Польська влада намагалася застосовувати до козаків метод «батога і пряника». Стефан Баторій ловив і страчував «непослушних» козаків, а лояльним до влади обіцяв зберегти привілеї. Однак така поведінка давала лише короткочасний результат. Після кількох спокійніших років козаки розпочали прикордонну війну проти турків і татар ще з більшим запалом. У 1587–1589 роках вони ходили на Очаків, Бендери, Білгород, Козлов (Євпаторію), намагалися посадити на молдавський престол свого ставленика – і це за винятком дрібніших сутичок.
Злива козацьких нападів викликала болісну реакцію в протилежної сторони. Султан використав ці напади як привід для тиску на Річ Посполиту. За його наказом кримський хан рушив у похід на українські землі. У серпні 1589 року татари ввірвалися на Галичину та Поділля, де завдали великих збитків місцевому населенню. Та не дрімали й козаки. Запорожці перестріли татар під час їхнього повернення з походу понад Дністром, недалеко від молдавського міста Сороки. На річці Кам'янці козаки несподівано напали на кіш (табір) кримського царевича, який стояв окремо від основної частини війська. Козаки знищили кілька тисяч татар і звільнили полонених. Коли ж на шум бою прийшов хан із ордою, запорожці стали табором, який обклали татарськими трупами, і відбили два наступи. Хан, під яким навіть поранили коня, був змушений відступити. Це була одна з перших переможних битв козаків проти кримської орди на чолі з ханом.
Татарський похід і загроза війни з турками змусили польську владу зайнятися підготовкою до оборони кордону. Необхідно було якось вирішувати й козацьке питання. З одного боку, турки вимагали покарати козаків, а шляхта – привести козаків до порядку. З другого – у разі війни козаки були вкрай необхідними для оборони кордону. Тому в 1590 році польська влада видала кілька документів, пов'язаних з козацтвом.
У разі війни з турками розпочинався набір козацького війська – його чисельність планувалось довести до трьох тисяч. Кілька козацьких підрозділів вдалось зібрати швидко і вони стали на кордоні Поділля. Для впорядкування козацтва на довший час було обіцяно взяти на постійну державну службу тисячу козаків. Їх називали реєстровими, оскільки записували в спеціальні списки-реєстри. Офіційним старшим над ними призначили снятинського старосту Миколу Язловецького, а поручником (чинним командиром) – Яна Оришовського, який із часів короля Стефана Баторія вже неодноразово виконував цю роль. За козацьким військом визнавали право володіння Трахтемировом і Борисполем, а трьом тогочасним козацьким командирам шляхетського походження надавали земельні володіння.